【どこで見れる？】アニメ「名探偵コナン」が見れる動画サイト4選！一覧と特徴

段ボール箱の穴から覗いて見える町並みは全然知らない景色だ。ここまできたら、犯行の全容を突き止めなければと、３人は荷台に潜んで様子をうかがう。郊外に出た軽トラックは川を越える鉄橋を渡り、真っ暗な山林に乗り入れた。トラックが止まり、犯人が荷台から死体を下ろす。血だらけのシャベルで穴を掘る音が聞こえる。そして、死体を埋めている音。トラックは町に戻り、３人は信号待ちで停車した隙に荷台から飛び降りた。歩美たちは電話ボックスからコナンに軽トラックのナンバーを伝えた。

翌朝、コナンと小五郎も加わって犯行現場の廃ビルを調べ、小五郎が突き止めた軽トラックを所有する倉田運輸を訪れる。事務所に飾ってある社長の肖像写真を見て、歩美たちは「この人が犯人よ！」と叫ぶ。そこへ鈴木専務が昨夜から行方不明になっているという連絡が入る。鈴木専務は無断欠勤などしたことのない真面目な人柄だと事務員に聞いて、コナンたちは倉田社長が鈴木専務を殺害したと考える。昨夜の軽トラックの荷台は片づけられ、証拠は残っていなかった。子供たちの勘違いだと決めつけて、小五郎はさっさと帰ってしまう。コナンは「遺体が見つかれば、全てが証明される」と、被害者が埋められた場所を探すことにする。トラックに乗っていた時間から走行距離を推定し、段ボール箱の穴から垣間見えた景色や、聞こえてきた音からルートを探していく。元太が隣の車の液晶テレビで見た「仮面ヤイバー」の必殺技、その時何本も電車が通過したという記憶から、倉田運輸を出た40分後に高架線と交差し、信号待ちをする街道を地図で捜し出す。コナンたちはバスで目指す山林に向かい、林の中に新しいタイヤ痕を発見する。

社長宅の母屋には、縁側に面して白砂が敷きつめられた見事な石庭があり、1日に３回、庭内に作られた滝の水が白砂の上に流れ込む仕掛けになっていた。この日は木山家具が 1号店を出した記念日で、関係者が集まり、晩餐会が開かれる事になっていて、コナンたちも招待される。

豪華な邸宅に泊めてもらえる上に、美味しい食事と酒にありつけるとあって、小五郎は上機嫌。晩餐会までくつろいでくれという馬島の勧めで別棟の洋館のサロンに案内されたコナンたちは、移動の途中で親切な馬島が部下を罵倒する声を聞く。

サロンには晩餐会に出席する関係者が集まっていた。先程馬島に罵倒されていた木山家具社長秘書の橋本、木山インテリア社長の遠藤、フリーライターの木山智則だ。

橋本と遠藤は身内だけの集まりのはずの晩餐会に見知らぬ客が加わることに戸惑い、コナンたちは気まずい思いをする。！

そんな険悪な雰囲気を智則がとりなした。智則は遠藤がアーチェリーの国体出場選手だったと紹介し、自分はフリーライターだと名乗る。智則の著作を読んでいた蘭は感激してサインをねだり、写真展のチケットを貰って感激する。智則は昨年交通事故で亡くなった先代の木山家具社長の息子で、母屋の石庭は父が心血を注いで作った自慢の庭だと言う。

晩餐会が終わり、馬島が退席したのに続き、智則もビデオを見ると言って食堂を出て行った。残った橋本は遠藤が智則のためにビデオを見つけてきたと言うのを聞いて、「そんなもんに夢中になっているから、会社を乗っ取られるんだ」と悪態をつく。なだめる遠藤にも、親会社の損益を押しつけられて業績不振を理由に首になるそうだと指摘し、「あの調子じゃ馬島を殺しかねないと、みんなが心配していた」と言い放つ。橋本だけではなく、遠藤も、智則も、馬島に恨みを抱いているらしい。

遠藤を相手に酒を飲み続け、ヘベレケになった小五郎が遠藤に送られてきた。コナンと蘭は泥酔し高いびきをかいている小五郎を残して、智則に案内されて夜景の絶好ポイントだという見晴らし山に行く。戻ると、家政婦の綾佳が厳しい顔をして写真のようなものを見ていた。翌朝、コナンたちは綾佳の悲鳴で目を覚ます。

馬島はこの石庭の真ん中に横たわっていたが、白砂の川模様に乱れはなく、足跡もついていなかった。馬島とコナンたち以外に社長宅にいたのは、昨夜の晩餐会に出席した先代社長の息子・木山智則、社長秘書の橋本、木山インテリア社長の遠藤と家政婦の綾佳の４人だけだ。おそらく犯人はこの４人の中にいる。だが、犯人はどうやって足跡もつけずに遺体を庭の真ん中まで運んだのだろうか？

コナンが見つけた手掛かりは縁側近くについた擦れたような跡と、馬島の服に残った針のようなもので刺した跡だけだ（前回まで）。 小五郎の通報で横溝刑事が駆けつけ、捜査が始まった。鑑識の結果、死因は絞殺による窒息、死亡推定時刻は午後８時から午前１時までの間と判明。小五郎は遺体の背中だけが濡れていたことから、遺体が庭に運ばれたのは石庭から水が流れ出た朝9時以降と考え、いきなり「犯人が分かった！」と言い出す。小五郎は４人のアリバイ証言から、犯行時刻に洋館にいた遠藤とコナンたちと一緒にいた智則を除外し、橋本が犯人だと決めつける。自信満々の小五郎は犯人が遺体を石庭の真ん中に運ぶのに掃除用の取り竿を使ったと推理するが、実験中に取り竿はあっけなく折れてしまう。面目を失った小五郎をよそに、事件のトリックを考え続けるコナン。

遠藤と智則が帰りたいと言い出した時、ごみ箱に捨てられていた脅迫状が発見される。それは馬島を洋館の屋上に呼び出すものだった。そして、先代社長と一緒に転落死した運転手の娘で真相を探るために馬島家に入り込んだと告白した綾佳が、昨夜の10時40分から11時の間に、遠藤に脅迫されたと言い出す。その間、洋館の出入りを綾佳はチェックできなかったことになる。小五郎は今度は遠藤が馬島を殺害し、アーチェリーの矢に紐をつけて遺体を運んだと決めつける。コナンが心配しながら見守っていると、捜査員が小五郎の推理通り、紐のついた矢とアーチェリーを発見する。だが、小五郎の推理通りだとすれば必ずあるはずの跡がどこにもないことを確認したコナンは、滝の排水口からあるものを発見する。それは、この事件の遺体運搬のトリックと真犯人を指し示すヒントとなるものだった。

目的の店に着き、食事券を使おうとした小五郎は、従業員に断られてしまう。納得のできない蘭と小五郎は従業員と口論になり、蘭は思わず空手の蹴りを繰り出し、説明を求める。コナンたちは日曜祝日は使えないと小さく書いてあるのを見逃していたのだ。

３人が途方に暮れていると、店内で食事中の客が声をかけてきた。川端という映画プロデューサーがコナンたちを自分たちの席に招待し、食事をご馳走してくれるという。訳の分からないまま招待に応じた３人に、川端は蘭を映画のヒロインにスカウトしたいと言い出す。映画に出てスターになれば芸能人や有名スポーツ選手にも会えるし、世界中にロケで行くこともできるという川端の口説き文句に、小五郎とコナンは乗り気になり、蘭もその気になってくる。必死で蘭を口説く川端とは逆に、同席している監督の磯上、原作者の北浦、助監督の伊東は「やるなら覚悟を決めたほうがいい」と、映画出演の厳しさを口にし、蘭のやる気を削ぐようなことを言う。体調が悪そうな蘭を心配して、コナンは早く帰ろうと言うが、蘭にも聞き流されてしまう。

と、突然、北京ダックを食べた川端が喉元を押さえて苦しみだし、円卓の上に倒れ込んだ。川端は死亡し、死因は青酸カリによる窒息と推定される。

捜査に当たったのは、静岡県警の横溝警部の弟で、神奈川県警の横溝重悟警部だった。横溝警部は探偵を目の敵にしているようで、小五郎にも冷たい態度をとる。横溝警部は川端と一緒に食卓を囲んでいたメンバーの中に犯人がいると断定し、小五郎が一番怪しいと決めつける。

川端は蘭を映画のヒロインにスカウトしたいと言い出し、同席している監督の磯上、原作者の北浦、助監督の伊東と映画の話をしながら食事を共にする。蘭の体調が悪く、心配するコナンだったが、食事中に川端が倒れ、死亡してしまう。死因は青酸カリによる窒息と推定され、捜査に当たった静岡県警の横溝警部の弟で、神奈川県警の横溝重悟警部は川端と一緒に食卓を囲んでいたメンバーの中に犯人がいると断定し、小五郎が一番怪しいと決めつける（前回まで）。

川端の死因となった青酸カリは料理からは検出されず、川端が使用していた皿とおしぼりから検出された。横溝警部は川端の隣に座っていた小五郎が毒物を仕込んだと疑っているのだ。

青酸カリが入っていたと思われる容器がトイレで発見され、コナンは店に入ってからトイレに行っていない小五郎は犯人ではないと指摘するが、横溝警部は小五郎を疑い続ける。体調の悪い蘭を気遣い、早く事件を解決しようとコナンはあせる。食事中に回転テーブルに載っていた醤油が取りにくかったこと、川端が卵アレルギーで玉子料理を毛嫌いしていたことを思い出したコナンは、事件のトリックに気づく。

鑑識課員にある場所の毒物検査を依頼し、川端が使っていたと思われているおしぼりから青酸カリとスープのシミだけが付着していたことを確認する。コナンは小五郎に麻酔銃を撃ち込み、推理ショーを開始する。横溝警部は兄から聞いていた通りに、奇妙な声と踊りを合図に小五郎が“眠りの小五郎”に変身するのを目の当たりに見る。コナンは食卓を囲んでいたメンバーと横溝警部に事件を再現しながら、食事中に何が起こったのか、その真相と真犯人について、謎を一つ一つ解き明かしていく。

蘭は以前に赤井に会ったのがニューヨークで、新一と一緒にシャロン・ヴィンヤードと事件に遭遇した時だったのを思い出す。あれは新一と二人でアメリカに住む新一の両親に会いに行ったときのことだった。ニューヨークの街を新一の母・有希子の運転するジャガーが疾走していた。有希子がブロードウェイで評判のミュージカル「ゴールデンアップル」のチケットを入手し、劇場に向かっているのだ。

突然、有希子が焦り出す。サマータイムになっていたのを忘れていたというのだ。開演１時間前に劇場で待ち合わせをしているという。「ゴールデンアップル」の開演は夜８時、１時間前といえば、もう間もなくだ。有希子は蘭と新一に覚悟を促し、猛スピードでジャガーを飛ばす。ニューヨークの街には若い女性を襲う通り魔が出没し、警戒のためパトカーが走りまわっている。有希子は構わず爆走を続け、ファントムシアターに到着した。「問題なくちゃんと着いたじゃない」と微笑む有希子だったが、追ってきたパトカーに捕まり、スピード違反をとがめられる。窮地に陥った有希子は、知り合いのニューヨーク市警のラディッシュ警部に救われる。

が、ラディッシュは変装した女優・シャロン・ヴィンヤードだった。有希子のジャガーが猛スピードで暴走しているという警察無線を聞いたシャロンが一計を案じ、映画のロケと偽って有希子たちを救出したのだという。シャロンはアメリカの大女優で、有希子の昔なじみでもあった。蘭は感激し、「神様に感謝しなくちゃ」と叫ぶが、シャロンは「神様なんているのかしら？」と表情を曇らせる。「私の人生は不幸の連続」とシャロンは言い、女優デビューした当日に両親を火事で失い、アカデミー賞のオスカーを取った翌日に夫が病死、娘のクリスとも仲違いしたまま疎遠になっていると話す。

シャロンの案内で楽屋を訪れた新一たちは、有希子がテレビの特捜番組にゲスト出演したのがきっかけとなり、『ナイトバロニス』と呼ばれる女探偵として評判になっていることを知る。

新一の母・有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ブロードウェイで評判のミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた。有希子の親友でアメリカの大女優、シャロン・ヴィンヤードの案内で開演直前の舞台裏を見学していた時、衣装がクギに引っかかって身動きの取れない女優・ローズめがけて鎧が天井から落ちてくる。蘭が間一髪でローズを救う（前回まで）。だが、ローズは蘭に助けられたことより、何者かが自分の命を狙っていると怯える。開演時間が迫り、俳優たちは舞台の準備を始めた。有希子たちと一緒に舞台を鑑賞するはずだったシャロンは、なぜか帰ってしまい、蘭と新一、有希子の３人だけで鑑賞する。

ミュージカルは、ギリシャ神話の「金の林檎」を題材にしたもので、人気男優、ヒースが演じる主人公が３人の美女の中から一人を選ぶというものだ。舞台はクライマックスにさしかかり、天使に変身したヒースが舞台中央に現れ、空中を舞うはずだった。だが、舞台に現れたヒースは左胸を銃で撃ち抜かれ、ぐったりとして天井から吊り下げられていた。

ニューヨーク市警察のラディッシュ警部らが捜査に当たり、ヒースは上のほうから銃で狙われたことが判明する。有希子はヒースが撃たれた時、テラス席からレーザーライトが当てられていた事から、犯人はテラス席にいてヒースが登場する瞬間を狙撃したと推理する。だが、ラディッシュ警部は遺体についていた二つの奇妙な痕跡の意味が分からないと言う。一つは首もとについている火傷のような跡、もう一つは右の手のひらについた血痕がかすれていることだという。

新一は事件直後にテラス席に行ってみたが、そこに落ちていた薬莢は熱を帯びていなかったと証言する。犯人はテラス席から撃ったのではない。新一は舞台にいた４人の女優たちの中に犯人がいると断言する。だが、長身のヒースを上から撃つのは、４人の中の誰にも不可能だと思われる。

が、その直後、ミュージカルの上演中に主演男優・ヒースが何者かに射殺される。犯人は舞台上にいた４人の女優の中にいると考えた新一は、舞台を点検し、ヒースの衣装についていた羽根が舞台装置に挟まっているのを見つける。舞台中央に設置されていた大鏡に傷がついていること、しかも、殺される直前まで長身のヒースが身を隠していたにしては大鏡が小さ過ぎることに気づく（前回まで）。 新一は舞台のスタッフに舞台装置について問いただす。だが、見知らぬ日本人の少年に秘密を打ち明けるはずがない。

スタッフの口を開かせたのは、"ナイトバロニス（闇の男爵夫人）"としてアメリカの人気者になっていた有希子だった。ニューヨーク市警の現場検証が続く中、ラディッシュ警部は事件は外部犯の仕業と考え、容疑者の女優たちを解放しようとしていた。

突然、舞台が暗転し、スポットライトに照らされて有希子が登場する。ナイトバロニス・有希子はラディッシュ警部に向かい、「舞台と事件を覆い隠していた謎めいた霧は晴れたわよ」と宣言し、新一の推理を披露していく。蘭は有希子の謎解きショーを見ながら、新一に事件の謎を一つ一つ説明してもらう。関係者が舞台の守り神と信じていた大鏡に傷がつき、スタッフはみんなに動揺を与えないように鏡の割れた部分を切り取って修復した。だが、鏡が小さくなって、裏に身を隠す事になっているヒースの体がはみ出してしまうことがわかる。スタッフは出演者にも内緒にして上演中に奈落のふたを開け、ヒースの身を隠すことにする。ヒースは奈落の中で身を潜めて出番を待っていた。犯人は立てた鏡の下の隙間と奈落の鉄格子の蓋の間に拳銃を握った右手を入れ、ヒースを射殺した。有希子は奈落にヒースが隠れることを知っていて、大鏡の隙間に手を入れることができるのは一人しかいないと指摘する。

事件が解決し、蘭と新一は二人でホテルに戻る途中、廃ビルの中で銀髪の通り魔と遭遇する。そこで新一が通り魔に言った言葉が蘭の心にしみる。蘭の心の中で封印されていたニューヨークの嫌な思い出も大切な思い出も、全てが甦ってくる。

心配した阿笠博士とコナンたちは光彦の家を訪れる。光彦の姉の朝美は、光彦がラジオ体操の後、みんなでキャンプに行くと言って早朝に家を出たと言う。デイパックに笹団子をいっぱい詰め、朝美の日焼け止めローションを借りて、財布を持って行ったようだ。光彦の部屋に残されていたラジオ体操の出席カードから、光彦がラジオ体操を休んだのは日曜日だけだと気づいたコナンは。光彦が以前から計画してどこか遠くへ行ったと考える。

光彦が話していたというフラワーショップの女の子に聞くと、光彦が先週の日曜日にバス停でおじさんたちに怒られていたのを見かけたと言う。今朝も帽子をかぶってデイパックを背負い、レモンのような香りをさせてバスに乗り込む後ろ姿を見たが、声をかけても無視されたという。コナンたちは、バスの運転手、米花駅員らに聞き込みを重ね、光彦が群馬県内の小さな駅に降り立ったことを突き止める。山の中に入って行ったという駅員の話から、コナンは追跡メガネで光彦の探偵バッジの位置を追うことにする。だが、真面目で協調性を重んじる光彦が、コナンたちに背を向けて単独行動を取る理由は何なのか？ たった一人でこんな山奥に来るには、それなりの理由があるに違いない。探偵バッジの呼びかけに応答を返さない光彦の身を案じ、コナンたちは森の中へ入っていく。森の中で数人の人影を見つけた子供たちが駆け寄ってみると、群馬県警の山村刑事がいた。

現場検証中に連続殺人犯・沼淵己一郎が逃亡したという。沼淵といえば、浪花の連続殺人事件でコナンが包丁で刺された相手だ。光彦にこのことを知らせようと焦るコナンだったが、山村刑事はコナンたちの話を探偵ごっこと思い込んで信用しない。そのころ、光彦は探偵バッジの呼び出し音から、コナンたちが探しに来たことに気づくが、今応答したらここに来た意味が無くなってしまうと、必死にこらえていた。

光彦はリュックに笹ダンゴと日焼け止めローションを詰め、姉にキャンプに行くと言って家を出たという。聞き込みを重ね、群馬県のある森の中までやって来たコナンたちは、近くに光彦がいることを突き止めるが、光彦は探偵バッジの呼びかけに応答しない。コナンは森の中で群馬県警の山村刑事と出会い、連続殺人犯・沼淵が森の中に逃亡したことを知る（前回まで）。

光彦との連絡は依然として取れないままだ。沼淵は故郷のこの森にもう一人の被害者を埋めたと供述し、群馬県警の刑事たちはそのための現場検証をしていたという。だが、沼淵の記憶があやふやで遺体は見つかっていない。自分も子供のころにこの森で遊んだという山村刑事に、コナンたちは光彦を捜す3つの手掛かりを教える。

レモンの香りと、武将の名前、そして、笹ダンゴ。コナンはレモンの香りは、日焼け止めローションに含まれている虫よけの香料だと見当をつける。残る笹ダンゴと武将の名前の謎を考えていると、木の上から沼淵が飛び下りてきた。沼淵はあっと言う間に森の中に消えた。コナンは光彦の身を案じ、探偵バッジで呼びかける。「凶悪犯が森の中に逃げ込んでいる」と叫ぶコナンだが、この時光彦は沼淵に捕まっていた。

「お前は俺と一緒やな…」と沼淵は光彦に声をかける。コナンは光彦が小川沿いのどこかにいると推理し、付近を捜すが、光彦の帽子が落ちていただけだった。光彦は沼淵に捕まってしまったらしい。探偵バッジの呼びかけに光彦が返事をしないのは、手がふさがっているからなのか？

コナンたちは沼淵を捜すことにするが、沼淵の特徴がよくわからない。その時、哀が「薄い眉にくぼんだ瞳…」と、沼淵の特徴を詳しく描写する。哀はコナンに、沼淵が黒の組織の末端メンバーだったこと、哀の実験材料になるのを恐れて組織を逃げ出し、追手と勘違いして3人の人を殺してしまったことを告げる。コナンは、とにかく光彦を捜すことが先決と、捜索を再会しようとする。が、元太と歩美が森の中から探偵バッジの発信音が近づいてくるのに気づく。

小五郎にどうしても負けたくない平次は、ロケの下見に行くというスタッフに同行することにする。平次とコナン、蘭と和葉の４人はスタッフ６人とともにクルーザーに乗り込む。　船上でディレクター以外の５人の地元スタッフは、コナンたちに「日が暮れるとグソーの使いがマブイを取りに来る（あの世の使いが魂を吸い取る）」という言い伝えを教える。

無人島に到着して、コナンたちは廃墟の前の柱に案内された。ここが遺体発見現場であり、謎の文字が刻まれた柱だった。柱には「姫眠るるは甲なりて乙にあらず」と彫ってある。廃墟はこの島の町長・金城の別荘で、台風の被害にあってから手入れをしていないようだという。 　クルーザーに戻り、コナンと平次は謎の文字の意味を考えていた。この時、スタッフの１人・伊江がまだ戻ってきていないことに気づく。スタッフが船に戻ってから１時間以上たっている。まだ海に潜っているのだろうか？

コナンと平次は海岸沿いに伊江を捜し、船着場の真裏に当たる浜辺で伊江を発見する。伊江の絞殺死体は波打ち際に仰向けに横たえられ、顔の横の部分の砂に文字が書かれていた。「我はグソーの使いなり」。 集まったスタッフに、平次は推理を披露する。遺体の状況から、伊江は森の中で殺され、わざわざこの浜まで運ばれてきた。殺害されたのは約２時間前、犯人はコナンたちが来る直前に逃亡したと思われる。砂に書いた文字が波で消えたときのために、平時はデジカメで遺体と砂浜の写真を撮った。平次は証拠を見つけるために海に潜り、海底に沈んだ碇を発見する。海から上がると、乗ってきたクルーザーが船長とともに消えていることに気づく。

ロケの下見に行くというスタッフに同行することにした平次とコナン、蘭と和葉の４人はスタッフ６人とともにクルーザーで無人島に渡る。だが、スタッフの１人・伊江が絞殺死体デ発見され、乗ってきたクルーザーも船長とともに消えていることに気づく（前回まで）。 廃墟のような金城家の別荘で救助船を待つ間、コナンたちはスタッフから金城家に立て続けに起きたという不幸な事件の話を聞く。

4，5年前、金城町長の娘・都が誘拐され、その1年後強盗グループに家宝の金屏風を盗まれた。誘拐事件は町長夫人が死亡した頃に起き、町長が身代金の支払いも屏風の代償金の支払いも拒否したため、娘も屏風も行方がわからずじまいだという。

強盗事件で家政婦が殺され、執事も辞めて行った。町長は冷血漢と陰口をたたかれ、1年前に餓死した男と別荘の柱に刻まれた奇妙な文字が発見された。そして、今回の殺人事件。ディレクターは金城家がグソーの使いに魅入られてしまったのではないかと思うという。話をしていくうちに、地元のスタッフが全員、金城家と関わりのあることがわかる。コナンたちとスタッフは手分けをして別荘の内部を探索する。

その結果、町長の娘・都が幼い頃に書いたと思われる文字を発見する。「わたし」、「ママ」、「ちよにい」、「かあちゃん」。ちよにいとかあちゃんとは誰のことなのか？　コナンと平次は事件の謎を検討し続け、奇妙な音を聞く。外に出てみると、船の姿が見える。桟橋に走った行ったコナンたちは、船が乗ってきたクルーザーで、船体の側面に船長・下地の遺体が吊るされていた。遺体の横には血文字で「我はグソーの使いなり」と書いてある。

島の町長・金城の周辺で起きた事件の数々は、今回の事件と関わりがあるのか？　コナンと平次は伊江と下地の殺害方法に違いがありすぎること、別荘にあった椅子に子供の字で書かれた名前に不自然なところがあること、あるはずの名前が２つ足りないことに気づく（前回まで）。

島に取り残され、殺人犯の影におびえながら、コナンたちは廃墟のような金城家の別荘で救助船を待って夜を明かした。平次はダイニングルームで見つからなかった「ちよにい」と「かあちゃん」と書かれた椅子をキッチンで見つける。

和葉は「かあちゃん」が家政婦の松本嘉子のことではないかと推測し、コナンと平次も納得するが、「ちよにい」の正体がわからない。コナンは「ちよにい」と書かれた文字の下に「どじょうさん」と書いて消した跡があるのに気づく。だが、それが何を意味するのかはわからない。蘭と和葉との会話から、コナンと平次は伊江を殺した犯人のトリックに気づく。

犯人のメッセージが波に消されてしまったように見える浜辺には、コナンの小さな足跡が見落とされ、くっきりと残っていた。消されていたメッセージ「姫眠るるは甲なりて乙にあらず」は、もう証拠として使えない。二人は一計を案じ、犯人を森に誘い出し、証拠を持ち出させようと考える。別荘に戻り、二人は残った４人のスタッフに「犯人のトリックと、その犯人が俺らとずーっと一緒におったということも、わかってしまった」と告げる。「犯人が誰かということは、１人ずつ話を聞いてから決める」と言い、平次は久米を部屋の外に連れ出す。

30分後、ほかのスタッフと和葉、蘭が待つダイニングルームに平次の叫び声が聞こえてくる。久米が逃げたという。「自殺でもされたら、洒落にならんで」という平次の言葉に、全員で手分けして島の捜索を始める。森の中に走りこんだ男の影が何かを見つける。シートが被されたボートとその中に隠されていた金属ケースのようだ。その時、男の背後からロープが首に回され、後ろに引っ張られる。何者かが男の首を締め上げる。男は口にくわえていたナイフでロープを切り、犯人に向き直る。「あんたを罠にかけたんや」。平次とコナンは犯人に二人の推理を突きつけ、町長の娘・都の誘拐事件に始まる事件の全貌を明らかにしていく。

明日11時に待っている」とある。園子は自分と同名のその子の恋の手助けをしようと、交番には届けず、携帯電話を直接待ち合わせ場所に持って行き、メールの差出人に渡そうと考える。 待ち合わせ場所はテニス大会の会場の近くらしい。蘭の心配をよそに、園子は「明日はテニスと恋の行方の二本立て！」と、すっかりその気になっている。コナンたちが出場するテニス大会は、「第１回火の国カップ・慈善テニス大会」と言い、汚職疑惑の渦中にある国会議員・成増健三の主催だった。コナンたち少年探偵団の４人はジュニア部門だ。

彼らは意外に強く、ついに準決勝まで勝ち進む。蘭と園子は、会場を抜け出し、メールに指定されていた喫茶店に来た。それらしい男性の姿はない。が、園子がトイレに立った直後に蘭は「その子、遅いな」という声を聞く。姿は見えないが、二人の男の声が「その子が来なくても、あいつはあの男を殺す」と言っている。警察に通報しようと喫茶店を抜け出した蘭の前に二人の男が立ちはだかる。「聞いたな、俺たちの話」。蘭は男が「このまま帰すわけにはいかない」というのを聞き、とっさに空手の構えをする。この時、３人目の男が蘭を棍棒で殴り倒した。

市内観光中に携帯電話を拾った園子は、大会当日、蘭を誘い、試合会場を抜け出して携帯電話を届けに行く。だが、蘭は何者かに誘拐され、倉庫のようなところに監禁されてしまう。隙を見て、園子に電話をして犯人たちが殺人を計画していると伝えた蘭だったが、監禁されている場所がヒマワリの咲いている場所であることと、「ヒルコマチ」と書いてある看板の見える場所ということしかわからなかった。

犯人は熊本県警に身代金を要求する電話を入れ、小五郎と熊本県警は誘拐事件の捜査を始める(前回まで）。 　犯人の狙いも動機も不明のまま、あせるコナンだったが、テニス大会は進行していた。テニス会のホープ・立川正人も順調に勝ち進み、決勝戦を残すのみとなっていた。少年探偵団の2組のダブルスも、準決勝を控えている。

蘭を誘拐した犯人は、身代金を持って２時間後に遊覧船で天草・松島に来るよう要求していた。身代金の運搬役は小五郎が引き受けた。コナンは身代金要求の電話に不審を抱き、身代金は小五郎に任せて、自分は独自の捜査をすることにする。蘭が伝えてきた"殺人計画"は進行しているに違いない。計画の全容をつかむためにも、蘭の居場所を早く突き止めねば…。

コナンと哀はインターネットで「ヒルコマチ」を捜そうとするが、見つからず途方にくれていた。そこへ、歩美、元太、光彦も合流した。コナンは園子に電話をして、拾った携帯電話に他に手がかりになるようなものがなかったかと聞く。園子は待ち合わせの喫茶店に着く直前にもう１回、メールが入ったことを思い出す。そのメールには、「ヨコマチの工場の裏に咲いたヒマワリ」という言葉があったという。コナンと少年探偵団の子供たちは、「蛭子町」と書いて「ヨコマチ」と読む町の存在を電話帳で見つけ、蘭が監禁されている倉庫にたどり着く。コナンたちは倉庫に踏み込み、犯人たちを取り押さえることに成功する。蘭からもう１人の犯人が大会に出場していると聞いたコナンは、県警に連絡する。が、大会は中止にならず、テレビ中継が続いていた。

米花湾の中程に錨を下ろし、コナンたちは対岸の夜景と花火を楽しみながら料理をごちそうになり、河井と山崎は舳先で釣りをしていた。釣り好きらしい山崎はシャツを脱ぎ捨て、ランニング姿になって裸足で釣り竿を握っている。河井の用意したカーボン製の竿が気に入ったらしく、上機嫌だ。

蘭とコナンが夢中になって見物していた花火大会も第1部のフィナーレに突入し、夜空いっぱいに花火が咲き乱れた。一瞬、船内の電灯と船縁の提灯が点滅し、すぐに回復した。

花火大会が休憩に入り、夜空も暗くなり、静寂が戻る。河井たちにビールを届けに行った船長の娘・サヨリの悲鳴が聞こえる。船の舳先への出入り口のガラス戸に顔を密着させて、山崎と河井が折り重なるようにして倒れている。河井は程なくして意識を取り戻したが、山崎は死亡していた。山崎は竿を両手で握ったまま硬直しており、手のひらに火傷のような傷がある。山崎の竿の、ネックレスに触れた部分と竿先に焦げ跡があった。船縁の提灯の明かりをともすための電線が、３cmほどビニールの被覆がはがれて裸線になっているのを小五郎が見つけた。山崎は素手で竿を握り、裸足で立っていた。足元の床はバケツからこぼれたのか、海水で濡れている。釣り竿は通電性の高いカーボン製だ。山崎は、感電によるショック死だと推測された。

当時、海は波がなく、穏やかで、船も揺れていなかった。それなのになぜ、二人は倒れたのか？

河井は、自分の竿に大物がかかり、山崎に助けを求めたと説明する。その瞬間、釣り糸が切れ、二人でガラス戸の方に倒れ込んだという。その時の様子は、20ｍほど離れて停泊していた船の船長が目撃していた。目撃証言によると、二人とも素手で竿を握り、裸足で立っていて、同じように倒れ込んだことになる。コナンは山崎だけが死亡したことに疑問を持つ。

「私は運がよかった」と言う河井のポケットから、肌色のものがはみ出しているのに気づいたコナンは、一人で屋形船の周りを調べてみる。船上に引き上げられた錨にからんだ藻をかき分けてみると、意外なものが出てくる。舳先に回ってみると、切れた釣り糸が二重に絡まっていて、糸の先は鋭利なもので切断されたようになっている。これは偶然の事故ではない、と確信したコナンは、小五郎の首筋に麻酔銃を発射し、謎解きショーを始める。

事件は不動産業の事務所で社長の他殺死体が発見されたというもので、室内に残されていた指紋と遺留品から事務所荒らしの常習犯の井上隆志が逮捕されたというもの。井上は空き巣の現場を社長に見つかり、争いになり社長の頭をガラスの灰皿で殴ったと自供。単純な傷害致死事件と思えるが、コナンは九条が強盗殺人罪で井上を起訴していることに疑問を持つ。英理も九条がこんなことで初歩的なミスを犯すとは思えないといぶかりながらも、被告に面会する。

井上は社長の大津を殴ったことは認めるが、金庫から奪ったとされる1,200万円の現金については知らないと言い、殺意はなかったと主張。英理は井上の言葉を信じ、傷害致死罪が相当として九条と争うことを決断する。

公判が始まり、九条は被告が殺意はなかったと主張するのを真っ向から否定。偶然大津不動産に盗みに入っただけで、大津社長に何の恨みもなかったというのは間違いで、被告の20年前に離婚した妻との間に一人娘がおり、その紀子と大津社長は愛人関係にあったことを明かす。　九条は井上がこのことで大津を恨んでおり、現場のビルに侵入したのは偶然ではないと主張する。九条は傍聴席に紀子を呼んでいて、必要とあらば証言させる用意があると言う。九条の隠し玉はこれだったのだ。英理にライバル心をむき出しにする九条は、英理に向かって「弁護を引き受けたことを後悔させてあげます」とでも言うように微笑を浮かべる。

公判の後で、英理は紀子に話を聞き、井上が紀子と大津との関係を知っていたことを確認した。紀子は「父は盗人のろくでなしだけど、人を殺せるような人じゃない」と言い切るが、この裁判で英理が圧倒的に不利な立場に立っていることに変わりはなかった。

蘭は何とかして父の小五郎に英理の手助けをしてほしかったが、小五郎は「動機、物証があって、金庫のダイヤルに指紋まで残している。これでどうやって弁護するって言うんだ!?」と、そっけない。だが、散歩だと外出した小五郎をコナンがつけていくと、現場のビルに入っていく。そこには英理もいて、コナンと3人で殺害現場を検分し、管理人から話を聞いた。

管理人の秋山は、大津の娘婿・有馬と一緒に社長室のドア上部にあるのぞき窓から大津が殴られる瞬間を見たという。コナンたちは有馬が持ってきた鍵で社長室に入る。

コナンは、井上が大津を殴り倒した位置に小五郎を立たせ、のぞき窓から中を見てみる。

事件は不動産業の事務所で社長の他殺死体が発見され、事務所荒らしの常習犯の井上隆志が逮捕されたというもの。井上は空き巣の現場を社長に見つかり、争いになり社長の頭をガラスの灰皿で殴ったと自供。九条は単純な傷害致死事件ではなく、強盗殺人罪で井上を起訴した。英理は殺意はなかったという井上の言葉を信じ、傷害致死罪が相当として九条と争う。 　公判が始まり、九条は井上に大津を殺害する動機があることを明かし、英理を窮地に追い込む。コナンは小五郎と共に殺害現場に行き、ビル管理人と大津の娘婿・有馬が目撃したという大津殺害の瞬間にトリックが存在したことに気づく（前回まで）。

英理と小五郎、コナンが事件現場の社長室を調べるのに立ち合った有馬は、３人を自分が経営するレストランに招待した。有馬は、大津の遺体を発見することになったとき、大津がレストランに忘れた老眼鏡を届けに行ったと言う。コナンは事件の証拠品リストの中に眼鏡の留めネジがあったことを思い出し、事件の真相に思い当たる。

英理を心配しながらも憎まれ口をきく小五郎に、コナンは事件の特別弁護人になって法廷で名推理を披露して見せてと、けしかける。これを聞いた英理は弁護の邪魔になるだけだと反対する。コナンは英理を事件現場に連れて行き、ビルの管理人に目撃証言と同じようにしてのぞき窓から中を見るように促す。

社長室をのぞいた管理人は、びっくりして絶句。英理も信じられない思いでのぞき窓から見える光景に見入る。

目撃証言のトリックを再現して見せたコナンは、英理に「おじさんが真相は法廷ではっきりさせるって」と言い、小五郎の特別弁護人を了承させる。

第２回公判が始まり、証言席に立った有馬に、小五郎は質問を開始する。自信満々で臨む小五郎だったが、例によって小五郎の推理は迷走し、弁護人席で英理と小五郎の争いが始まってしまう。コナンは小五郎に麻酔銃を撃ち込む。

井上が大津を殴って逃走した後、何者かが社長室にやってきたと、小五郎の声で事件の謎解きを始める。有馬は大津が老眼鏡がないとメニューも読めなかったと証言したが、検察の起訴状では、被害者は犯人に脅されて金庫を開けたとなっている。

コナンはこの矛盾をつき、事件の真相を明らかにしていく。

４人は地元の高校のクラスメートで、高校３年生のときに自殺したもう一人の仲間、本堂和行の13回忌と、大坪と茜の婚約を祝うために集まったのだという。その夜、コナンたちは４人の案内でふぐ料理店で食事をした。ここへ針尾という男が現れ、秋田谷に会社を手放せと迫る。針尾も同じ高校のクラスメートで、栄子の恋人だった本堂を自殺に追い込んだ張本人だという。

針尾はコナンたちが新幹線の車中で見かけた携帯電話で話しながら通路を歩いていた男だ。針尾は秋田谷の会社をゴミのようなものと言い捨て、栄子の恋人だった本堂のことを聞いたこともないとうそぶく。針尾の傲慢な態度に腹を立てた大坪と茜がたしなめようとするが、大坪の手を振り払うようにして、針尾は出て行った。残された秋田谷と栄子は怒りに震え、コナンたちにも辛い会食となってしまった。

翌日、小五郎が「我が先祖・毛利元就公の子孫のお屋敷・毛利邸を訪ねる」と言い張り、コナンたちは長府行きのバスに乗る。海岸沿いの道を走っているバスの中から、関門橋のたもとに数台のパトカーが停まっているのが見え、３人は途中下車して事件現場を見学する。シートをかぶせられた遺体らしきものを見ている刑事たちが「被害者は針尾清治さん、30歳」と言うのを聞いて、小五郎は驚き、身分を明かして前夜の経緯を説明する。針尾は後頭部を石で強打され、脳挫傷で死亡していた。小五郎は前日に知り合った4人を事情聴取することを提案し、下関警察署に集められた4人は、針尾が死亡したと思われる午前９時から11時ごろまでのアリバイを説明する。

その翌日、コナンたちは針尾の殺害現場に遭遇し、小五郎は前日に知り合った4人を事情聴取することを提案する。下関警察署に集められた4人は、それぞれアリバイを主張。4人のアリバイが確認された午前11時ごろに「人道トンネル」の監視カメラに針尾の姿が映っていることが明らかになる。

警察は4人をシロと結論を下し、釈放するが、小五郎はトンネルの監視員から、針尾の顔を確認したわけではないということを聞き出した（前回まで）。

針尾に変装して犯行時刻を午前11時ごろと思わせるのが犯人の狙いだ。関門橋のたもとで針尾を殺害した犯人は、針尾の服を脱がせて針尾になりすまして人道トンネルでパニックを起こしたように振る舞い、11時ごろにまだ針尾が生きていたと思わせた。その時刻には4人ともアリバイがある。だが、それ以前のアリバイには4人とも、1時間から2時間の空白がある。あの4人の内、誰にでも針尾の殺害は可能だ。

だが、この偽装工作は一人ではできない。謎を解く突破口を見つけたコナンは、4人の中で誰が犯人なのかを突き止めようと、聞き込みを始める。小五郎は4人のアリバイを確認し直す作業を始め、秋田谷のいたという唐戸市場と、大坪のいた桟橋、栄子と茜がいた海響館も、すぐ近くにあることに気づく。コナンは車を運転をするときに眼鏡をかける栄子が、水族館で眼鏡をしていなかったことを確認する。栄子が見たはずの大坪は替え玉だったかもしれない。栄子は他の3人のアリバイ工作に利用されたのか？小五郎が山口県警の刑事に推理を披露しているころ、下関署を栄子が訪れた。

栄子は蘭と二人で思いでのデートコースをたどり、蘭は新一への思いを馳せた。このあとで下した栄子の決断は、コナンと小五郎の推理を覆すような告白をすることだった。

コナンたちの目の前で高木刑事の車が爆発し、目暮警部らは３年前の連続爆破事件と同一犯人と考えて捜査を開始。爆発の直前に近くでビデオ撮影していた光彦が何者かにカメラを奪われている。幸いテープを入れ換えたばかりで、撮影済みのテープは手元にあった（前回まで）。

コナンたちはこのなかに犯人の手がかりを探すことにするが、それらしき不審人物は発見できない。コナンはビデオに映っているものではなく、映っていないものに事件のカギがあるとにらむ。　光彦は郵便ポストの近くで撮影をしていた。テープに残された撮影時間表示によると、光彦は午後2時23分から2時38分までポストのそばにいたことになる。そのポストの郵便回収時刻は2時30分となっていて、この時間に集配車は来ていなかった。コナンは少年探偵団の子供たちに指示を出し、全員でパレードのコースにあるポストの郵便回収時刻を調査する。

調査の結果から、コナンたちがいたポストに集配車がこなかった理由は渋滞や事故などの可能性は低い事がわかる。犯人の狙いがスピリッツへの嫌がらせでも、警察官への恨みを晴らす事でもなく、別のものだと考えたコナンは、ある郵便局を特定する。

人通りのない住宅街で手がかりを探していると、傍らのマンションから女性の悲鳴が聞こえてきた。コナンたちがその部屋に駆けつけると、部屋の主・細野早苗が腰を抜かし、ソファを指さしている。シートの外れたソファの中を覗き込んだコナンは、老女の他殺死体を発見する。

老女は後頭部を鈍器で殴られており、腕時計が壊れて2時45分で止まっていたが、身元を特定できる物は所持していなかった。目暮警部は死亡推定時刻を前日の2時45分と見て捜査を開始。早苗は昨日の夕方リサイクルショップでソファを購入し、今日の朝、10時ごろに配達されたと説明する。外れかけたシートを直そうとして遺体を発見したという。早苗は死亡推定時刻には一人で映画を見ていたと主張するが、目暮警部は第１発見者の早苗を容疑者と考える。

早苗の隣室の住人・徳永が「言い争う声を聞いた」と証言したことで、早苗は不利な立場に立たされる。目暮警部が早苗を疑う様子を見て、歩美は「あの人、本当に驚いていたもの。お芝居なんかしていないよ」と、早苗の無実を訴える。子供の目をだますのは簡単だと取り合わない目暮警部に、高木刑事は逆の場合もあると子供たちをかばう。目暮警部は高木刑事に早苗の証言に沿って捜査をするように命じ、高木刑事と子供たちはリサイクルショップに聞き込みに行く。

聞き込みの結果、ソファは担当者が買い取ってきたものではなく、ゴミ置き場から拾ってきたものだと判明。ソファが捨てられていたゴミ置き場は、早苗のマンションのすぐそばだった。老女の遺体はこのゴミ置き場からリサイクルショップを経由して、また元の場所に戻ってきたのだ。

またしても爆弾予告電話があり、捜査にきた白鳥警部はこのことを高木刑事に話す。「佐藤さんがまだ彼のことを引きずっているなら、我々には勝ち目はないよ」と言う。今日は11月 7日、７年前と３年前に爆弾事件が起きた日だ。捜査を終え、一人で車に乗りこんだ白鳥警部の車が佐藤刑事やコナンたちの目の前で爆発。コナンは犯人が刑事を予告電話でおびき出し、その隙に車に爆弾を仕掛けたと考える。白鳥警部は車内に貼られていたメッセージが３年前の連続爆破事件の犯人からだと気づき、ドアを開けると爆弾が爆発すると予知する。それなのに、危険を冒してすぐにドアを開け外に出ようとした。白鳥警部は佐藤刑事に犯人のメッセージを早く見せたかったと言う。それは、佐藤刑事を悩ませている消せない記憶を吹っ切るチャンスだと考えたからだ。

重傷を負った白鳥警部が佐藤刑事に手渡した犯人のメッセージは、「俺は剛球豪打のメジャーリーガー　さあ延長戦の始まりだ…」とあり、３年前の連続爆破事件で送られてきた犯人の予告状と酷似した文面だった。同じメッセージが警視庁管轄内の警察署にも一斉に送られていた。警視庁では、ＦＡＸの文面から爆弾は 2つ、爆発時刻は明日正午と午後 3時と推測し、緊急配備を敷く。

コナンと少年探偵団の子供たちは、佐藤刑事と高木刑事の車に乗りこみ、両刑事と一緒に爆弾の在りかを推理しようとする。1,200 万人の東京都民を人質に警察への恨みを晴らそうとする犯人にコナンも刑事たちも怒りを燃やすが、発見される爆弾は偽物ばかりで、捜査員は犯人に翻弄されているようだった。

朝になり、佐藤刑事は高木刑事の身を案じ、コナンたちを家に帰すことを口実に高木刑事を捜査の現場から遠ざけようとする。もう二度と身近な人間を死に神に連れて行かせない、佐藤刑事はこう決意していた。だが、車中で１個目の爆弾が東都タワーのエレベーターに仕掛けられていると気づいたコナンは、高木刑事と共に現場に急行する。東都タワーでは、小さな爆発が起きエレベーターが止まっていた。電話でこれを聞いた佐藤刑事は３年前と同じように警察を誘い込むための犯人の罠だと気づく。佐藤刑事は高木刑事にそのまま待機するよう命じるが、少女がエレベーター内に閉じ込められていると知った高木刑事は佐藤刑事の制止を振り切りエレベーターに駆けつける。高木刑事も佐藤刑事を守ろうと必死なのだ。小さな体を利用してコナンが少女を救出するが、コナンと高木刑事はエレベーター内に閉じ込められてしまう。

佐藤刑事の推測どおり、これは犯人の罠だった。エレベーターのケージの上に登ったコナンが爆弾を発見する。起爆装置が作動するのを防ぐには、コナンが一人で爆弾を処理するしかなさそうだ。爆弾処理班から解体のための道具が届き、指示を仰ぎながら解体を始める。作業は順調に進むが、あと少しのところで犯人のメッセージが現れる。もう一つの爆弾の在りかをこの爆弾の爆発３秒前に表示するというのだ。コナンはすでに予告文の暗号を解読し、２つ目の爆弾の設置場所を推理していた。だが、都内に該当する400 カ所の内、どこに仕掛けられているかがわからない。その場所にいる全員を確実に助けるには、松田刑事がやったようにメッセージが現れる爆発３秒前まで待たねばならない。松田刑事と同じように、コナンは高木刑事の携帯電話に自分の推理をメールに打ち込んでもらい、メッセージが表示されるのを待つ。設置場所が判明すると同時に送信してもらうつもりだ。コナンもまた、この世で一番死なせたくない大切な人を守ろうとしていた。

推理ドラマの出演者の中に元癒し系女優ナンバーワンと言われた雨城瑠璃がいると聞いて大喜びする小五郎だったが、小五郎を今回の代役に指名したのは瑠璃だと知らされる。小五郎はいそいそと初対面の挨拶をしに行くが、瑠璃は「初めてじゃないでしょう」と小五郎に話しかける。

瑠璃は小五郎と英理の中学の同級生だったのだ。美人女優に変貌した瑠璃に小五郎はデレデレ、蘭のことも他人のふりをしようとする。娘ですと自己紹介した蘭に、瑠璃はお母さんの英理とは幼稚園からずうっと一緒だったと話し、学校一の才女の英理とやんちゃ坊主の小五郎がラブラブで、結婚までしたというのが未だに謎だという。

ドラマの撮影が始まり、コナンたちは見学をする。主役の探偵役を演じる風見良輝が台本を無視し、小五郎に事件の謎を解いてもらおうと言い出す。コナンはとっさに小五郎に麻酔銃を撃ち込み、眠りの小五郎に謎を解かせて、小五郎の窮地を救う。

小五郎の(実はコナンの)推理に感心する一同だったが、風見はなぜか機嫌が悪く、共演者たちに口論を吹っ掛け、いさかいが始まってしまう。風見は現場から立ち去り、中断された撮影は休憩になる。その間を利用してコナンたちと洋館の探検をしていた瑠璃は雪が降っていることに気づき、スタッフたちを外に誘う。コナンが瑠璃の姿が見えないと気づいたとき、突然、瑠璃の悲鳴が聞こえる。コナンと小五郎は声のした洋館の二階へ駆けつける。二階の一室で、手を血だらけにした瑠璃が一点を凝視して悲鳴を上げ続けていた。瑠璃の視線の先に血まみれの風見の遺体があった。

須貝は囲碁、内藤はチェス、相馬は将棋のソフトだ。板倉は別々に話を持ちかけた３人に「今はどことも契約をしてないから任せろ」と言って開発を請け負ったが、１週間前に「同時に３つは疲れる。事務所を離れてのんびりやらせてもらう」というメールが送られてきたという。このメールで掛け持ちに気づいた３人は、板倉を見つけて文句を言いたいというのだ。

3人は板倉が自分で行方をくらませた可能性もあり、警察に届けたくはないが、誘拐されたとも考えられるという。 コ ナンが手がかりを追い続けている黒ずくめの組織のメンバー・テキーラとそっくりの風貌の男を見かけたという話が出て、コナンはこの事件に黒ずくめの組織が関係しているのではないかと考える。

メールの画像に映っている部屋の様子から、小五郎はホテルニュー米花の2004号室を突き止める。３人の依頼人と小五郎、コナン、蘭は板倉が潜伏していた部屋を訪れる。コナンの機転でマスターキーで室内に入った６人は、そこに板倉の遺体を発見する。板倉は部屋の奥の机に突っ伏して、机の上にはパソコンと薬瓶からこぼれた錠剤が散らばっている。警察の捜査で、板倉は心臓病が悪化していて、この仕事が終わり次第手術を受けることになっていたことが判明する。持病の心臓発作を起こし、薬を飲むまえに息絶えたと思われた。

遺体は死後２日ほど経過していて、ホテルの従業員が気づかなかったのは、仕事場に他人が入るのを極端に嫌う板倉の性格が災いしたと考えられた。だが、コナンは板倉の死は自然死を装ったもので、３人の依頼人の内の誰かが犯人の可能性が高いと直感する。

コナンが手がかりを追い続けている黒ずくめの組織のメンバー・テキーラとそっくりの風貌の男を見かけたという話が出て、コナンはこの事件に黒ずくめの組織が関係しているのではないかと考える。小五郎がホテルニュー米花の2004号室を突き止め、3人の依頼人と小五郎、コナン、蘭は板倉が潜伏していた部屋を訪れる。

が、板倉は部屋の奥の机に突っ伏して死亡していた。持病の心臓発作を起こし、薬を飲むまえに息絶えたと思われた。コナンは板倉の死は自然死を装ったもので、３人の依頼人の内の誰かが犯人の可能性が高いと直感する（前回まで）。

コナンの指摘で板倉が何者かに縛られて放置され、心臓の薬を飲むことができなくて死亡したことが分かり、目暮警部は事件を心臓発作に見せかけた殺人事件と断定する。容疑者は小五郎に調査を依頼した3人のゲーム会社の社員と考えるが、証拠はなかった。

コナンは板倉の持ち物の中に日記とタイトルがついたMOディスクがあることを警部に教える。MOの中身はやはり、板倉が5年前から毎日つけていた日記だった。最後の記録は3日前で、事件に直接関係のありそうな書き込みはなかった。

だがコナンには、黒ずくめの組織の手がかりがつかめるかもしれない貴重な資料だ。警察の証拠品として押収されてしまっては、２度と見るチャンスはめぐってこない。早く３人の容疑者の中から犯人を見つけ、日記が事件と関係のないことを証明しなくてはならない。あせるコナン。検視官が遺体の右足に靴下の跡がないことを発見し、縛られていた板倉が自分で右足の靴下を脱いだことがわかる。コナンは板倉が右足でダイイングメッセージを残すために靴下を脱いだと気づく。小五郎に麻酔銃を撃ち込み、眠りの小五郎の推理ショーを始めたコナンは、碁盤に板倉が書き記したダイイングメッセージの説明に取りかかる。

パソコンの操作には、囲碁などと同じく特別の用語があり、普通の動作であっても作業中にしてはならない"禁じ手"があることを理解させようとする。その間にコナンは目暮警部にパソコンの操作を説明するふりをしてＭＯのコピーを作成する。禁じ手で碁石が配置されている碁盤には意味があったのだ。視力が低下していた板倉は、最近、点字を覚えだしたという。碁盤に並んだ白黒の碁石は、点字のメッセージが託されていた。「犯人は…。証拠は…」。犯人が戻ってきた時に、気づいて消してしまわぬよう、犯人には理解できない点字と囲碁の禁じ手を使ったのだ。

コナンは赤井と蘭がニューヨークの事件の時に会ったこと、その時にＦＢＩのジャケットを着た男と一緒だったので怪しい人とは思わないと聞かされるが、却って不審な思いを抱く。だが、今は２年前に黒ずくめの組織のメンバー・テキーラと接触した板倉の日記の方が優先だ。 　 阿笠博士の家に泊まると書き置きを残し、コナンは阿笠博士の家に行く。パソコンでＭＯを開くと、２年前の３月７日に「関西弁の男が訪ねてきた。開発中のシステムソフトが目当てだったらしい」という記述があった。「上から下まで真っ黒な男…、二度と会いたくない…」ということ以外、日記に黒ずくめの組織に関する記入はない。がっかりするコナンだったが、その７日後から、あぶり出しのように細工された白黒反転の画面にもう一つの日記が現れる。

そこには黒ずくめの組織との接触の経過が詳しく記されていた。板倉は視力が低下してシステムソフトの開発を断念し、ゲームソフトの開発を手がけるようになった。その開発中のシステムソフトを１年で完成させたら高額で買い取ると組織が言ってきた。脅迫に屈した板倉は組織の要求を受け入れるが、板倉は悩んでいた。「あのソフトは目を悪くしたためだけでなく、我々人間のために断念したのだから…」。板倉はソフトを完成させるのを中止し、未完成のソフトと報酬にもらった金額と同額の小切手を用意した。別荘のパソコンのそばにそれをかくし、受け渡しの時間を稼いで海外に逃亡するつもりだったようだ。受け渡しの期限は、今夜の０時。コナンは板倉の別荘に行き、別荘のパソコンで組織からのメールを受け取ることを考える。時間はない。阿笠博士の車でコナンは群馬県にある別荘に急ぐ。

予定通り、組織から板倉のパソコンにメールが送られてきたが、パスワードがわからずに開くことができなかった。不審に思った組織のメンバー・ウォッカから電話が入り、留守番電話のスピーカーからウォッカの声が別荘に響いた（前回まで）。

コナンは意を決して受話器を取り上げ、変声器で板倉の声を再現し、ウォッカとの交渉を始める。ウォッカはソフトの受け渡しを翌日の午前０時、工事中の東京の地下鉄新設駅・賢橋のコインロッカー前と指定する。コナンは明日は都合が悪いと会話を誘導し、今から４時間後の午前４時に変更させる。夜が明けたら、板倉が死亡したことがニュースで流され、ウォッカたちに何もかもバレてしまう可能性がある。今のところ、ニュースは宝石強盗犯逃亡の情報だけしか扱っていない。

雪の山道を群馬県から東京まで戻るのは容易ではない。阿笠博士のオンボロ車でコナンたちは急ぐ。コナンは車中でノートパソコンを使い、板倉のソフトの中身を確認しようとするが、こちらもパスワードが設定されていて開けなかった。組織と板倉の間でパスワードが決められているらしい。しかも、コピーガードがかかっていて、コピーも不可能だ。これでは警察が動いてくれる見込みはない。コナンは自ら組織と対決する決意を固める。その時、車のタイヤがパンクし、コナンと阿笠博士は通りかかった車に乗せてもらうことになる。

車には男女のカップルが乗っていて、運転している男はセンターラインを越えて対向車とぶつかりそうになったりと、乗りあきた車だと言っていたのに運転がおぼつかない。車検の期日も知らないようだ。コナンが不審に思っていると、群馬県警が検問をやっていた。逃亡中の宝石強盗犯を捜しているらしい。

雪の山道を群馬県から東京まで戻るのは容易ではない。阿笠博士のオンボロ車のタイヤがパンクし、やむなくコナンと阿笠博士は通りかかった車をヒッチハイクした。車には男女のカップルが乗っていて、どうやら逃亡中の宝石強盗犯らしい。先を急ぐコナンは検問をわざとやり過ごし、目的地に向かう（前回まで）。

賢橋駅が近づいた。コナンは車を降りる前にやっておかなければならないことができたと言い出す。車に乗せてくれたカップルが宝石強盗犯だと暴き、運転がおぼつかなかったのは、逃走用に盗んだ車だったからだろうと指摘する。　 検問の警察官の話から、もう一人の仲間が負傷してトランクの中に潜んでいることも見抜いていた。宝石強盗犯たちは検問を抜けるためにコナンと阿笠博士を利用し、コナンたちも先を急ぐためにわざと協力したのだと明かす。　 麻酔銃で運転手の男を眠らせ、女の方は阿笠博士の新兵器・ボール射出ベルトを使って車の中に閉じ込める。宝石強盗犯たちの処理は阿笠博士に任せ、コナンは一人で取引現場へと向かう。

黒ずくめの組織のメンバーたちも配置について板倉を待ち構えている。コナンは暗闇の中、地下通路を走る。取引相手のウォッカは懐中電灯を手に歩いてくる。ウォッカが取引場所に指定したコインロッカーに先回りするコナン。板倉が用意した小切手をロッカーの扉に貼りつけ、セロハンテープで固定したケースの中に発信機をつけたソフトを入れた。物陰でコナンが見守る。ウォッカは小切手を見つけ、中のソフトを出そうと素手でセロハンテープを剥がし始める。すべてはコナンの読みどおりに進んでいく。そこへ拳銃を手にしたジンが現れた。

元太は昨年、歩美の女雛(めびな)を壊したことをすっかり忘れてしまっていたのだ。うろたえる元太だが、歩美は泣くのをピタリとやめると、実は知り合いの人からさらに大きい七段飾りの人形がもらえるんだとケロリとした様子。ただし、何も見ずに人形を並べられることが条件だという。歩美はコナン、哀、元太、光彦を誘って皆で知り合いのマンションに向かった。

早速、コナンたちが目的のマンションに付くと出迎えたのはその家の主婦・観野節子。部屋一杯に並べられた木箱に元太と光彦がびっくりしていると、節子の夫の母・弥生が部屋へ入ってくる。弥生は人形を大事にしてくれる子がどうか見定めるために出した条件だと明かした。

コナンの助けも借りて、七段飾りの雛人形を見事に並べた歩美を節子はほめ、人形を譲ることを約束。そこへ玄関のチャイムが鳴り、同じマンションの住人である津曲水貴が骨董品鑑定士の三重芳春を連れて現れる。

津曲は数千万円の価値があるという「雷神」の掛け軸を譲ってほしいという。「雷神」は江戸時代の絵師・鉄山が描いたもので自分は、この掛け軸と対(つい)となっている「風神」を持っているのでどうしても２つそろえたいというのだ。しかし、弥生はいくら金を出しても掛け軸を売る気はないと断ると２人を追い返した。気を取り直した弥生は歩美たちに甘酒を御馳走しようとするが、酒かすがないことに気づく。そこでコナンたちはスーパーに酒かすを買物に外に出た。

間もなく、買物から帰ってきたコナンたちはマンションで鑑定士の三重とばったり出会う。三重は携帯電話を忘れてしまい取りにきたが、家にはだれもいないと打ち明けた。おかしいと思った歩美がドアのノブに手をかけると鍵が開いている。中からはファックスの音が。しかも、リビングにはいろいろな物が散乱し、部屋の中は空き巣に荒らされ、「雷神」の掛け軸も消えていた。そこへ帰ってきた節子は部屋の様子を見て驚き悲鳴を上げる。すると、その声を聞いた津曲が訪ねてきた。

所轄署の刑事・百瀬は全員の事情聴取の結果、犯人はベランダから侵入したと断定。しかし、コナンはファックスの送信時刻からあることに気づき…。

所轄署の刑事、百瀬は観野家の主婦、節子と彼女の夫の母、弥生、さらに事件直前に訪ねてきた同じマンションの住人である津曲水貴と骨董鑑定士の三重芳春の事情聴取を行った。その結果、４人とも動機がありアリバイがない上、全員が犯行可能なことが発覚。コナンは盗まれた掛け軸があった和室に犯人を突き止めるカギがあると推理する。早速、和室へ向かったコナンは雛人形の男雛と女雛の位置が左右逆になっていることを事件前に映したデジカメの写真から証明した。

そこで、元太が雛人形の並べ方を知らない津曲が犯人だと推理。百瀬刑事も津曲の部屋を調べるため、観野家を後にした。しかし、別に犯人がいると推理するコナンだが、今一つ確信が持てない。そんな中、歩美の「階段…」という言葉でついに事件の謎を解きあかす。その言葉を聞いた歩美は津曲の部屋へ百瀬刑事を呼びにいった。だが、階段の踊り場で夕陽を見る歩美はなぜか落ち着きがない。

そして観野家に戻ってきた百瀬刑事にコナンは掛け軸を持っていった犯人も、その在り処も判明したと断言する。コナンは、犯人が掛け軸を盗んで逃げるときに人形を落してしまい、置き直すときに男雛と女雛の位置を間違えたという推理は逆で、実は男雛と女雛の置き場所は間違えていなかったと語り始める。

間もなく、疲れ切った小五郎を置いて頂上に近付いたコナンたちは展望台の崖の突端で作業着姿の男性が標識ロープを持ってウロウロしているのを見つける。作業着の男はコナンたちがきたのに気づくと、急にロープを持って崖の端に行きしゃがんだ。その瞬間、突然の風にあおられてバランスを崩し崖から落ちてしまう。途中の山道で休憩していた小五郎も蘭の悲鳴を聞き、崖の方を見ると上から作業着の男が落ちていくのを目撃する。

慌てて登山道を下りてきたコナンたちは同僚の男が崖から落ちたことを事務所にいる近藤に知らせた。近藤は平井に柵の修理を命じたが、自分が行けばよかったと泣き崩れる。

いっぽう、駆けつけた警官は「また事故…」と顔をしかめた。実は１か月前にも女性職員が墜落死したばかりだというのだ。警察は事故として処理しようとするが、崖下の茂みの中で標識ロープと登山用具のカラビナを見つけたコナンだけは、なぜか納得できない。さらに頂上の崖の突端にハーケンが打ちつけられているのを発見したコナンは、けもの道の木に樹皮のはがれた部分を見つけ事故に疑問を持つ。その隣にはメジロが巣を作っていた。

崖下では救急隊員がやってきて平井の遺体を搬送しようとしている。それを見守っていたコナンは遺体の脇に蜘蛛の糸が付着していたことを知ると、ついに事件のトリックに気づき…。

早速、静山がいる竹林にコナンたちが行くと、静山は竹林のスケッチを描いていた。その時、ウグイスがケキョ、ケキョと鳴く。これはウグイスが警戒して鳴く「谷渡り」だと説明を受けた小五郎たちは竹林を早々に引き上げた。

静山が小五郎たちと別荘に戻ってくると、反対側から手伝いの山本典子が息子の健一郎を連れて現れる。母が急に熱を出して息子の面倒をみれないため連れてきたというのだ。しかし、健一郎の姿を見た静山は突然、態度を変え激昂。健一郎を突き飛ばし家の中に入っていった。

夜になり小五郎とコナン、蘭は別荘のアトリエで静山と談笑していた。そこで小五郎が静山に蘭の似顔絵を書いてほしいと頼むが、静山はきっぱりと辞退。気分を害した静山を取りなすように黒木は翌日、釣りに行くことを提案する。

翌朝、静山は参加を見合わせるが、小五郎たちは黒木に誘われ船に乗って釣りに出た。午後１時ごろ、黒木の携帯電話に典子から静山が書き置きを残して姿を消したとの連絡が入る。慌てて警察に知らせ、小五郎たちも港へと急いだ。間もなく、うっそうと生い茂る竹林の中で静山の遺体が発見される。静山は２メートルほどの竹の先端にロープを結び首を吊っていたが、その周囲の竹は切り倒されていた。これに気づいたコナンは踏み台の位置もずれていることから、自殺に疑問を抱く。間もなく、釣りに出かける前に竹林でウグイスの「谷渡り」を聞いたことを思い出したコナンは事件の真相を突き止める。

負けたらマスクをぬぐと公約し、デビューしてからシングル65戦無敗のウルフェイス。その試合直前、コナンたちは観客席で大神敬晴というプロレスラーと出会う。大神は実は自分がウルフェイスだと告白した。彼女が眠りの小五郎の大ファンで、色紙にサインをもらいたいのだが、ただの若手レスラーではサインがもらえないと思い、自ら正体を明かしたのだという。

ウルフェイスの対戦相手は最近、人気と力をつけてきた永瀬豹太。しかし、永瀬はマスクを剥いでウルフェイスを引退させ、帝都プロレスの人気を半減させることと引き換えにライバル団体に移籍するという裏取引きをしていた。そんな永瀬のドアの前で、聞き耳を立てているシルエットが…。

ウルフェイスの試合直前、コナンがトイレに行くと、永瀬の控え室前でちょっとした騒動が起こっていた。永瀬が控え室から出てこないのだ。そこで、無理やり中へ入ると部屋の奥で永瀬が血を流して壁にもたれている姿を発見。どうやら何者かに刺殺されたらしい。控え室の中で変な音に気づいたコナンは日売テレビが仕掛けた隠しカメラを見つける。間もなく現場に到着した目暮警部は隠しカメラの存在を知り、早速再生を開始。だが、そこに映っていた犯人はウルフェイスのマスクを被っていた。

ウルフェイスに見せかけた犯行の可能性が強いとにらんだ目暮警部はウルフェイス（大神敬晴）以外に、ウルフェイスと同じような体格をした牛込巌、佐熊浩之、ネガウルフの４人のレスラーを容疑者として事情聴取。だが、犯行時刻と思われる７時20分ころには４人全員にアリバイがない。間もなく、目暮警部に控え室から追い出されたコナンは、ウルフェイスのマスクの紐を見ているうちに、あることに気づく。

そんな中、トイレで発見され、犯行に使われたと思われるマスクに付いていた血痕が被害者の血液と一致したことが鑑識の結果、判明。しかもマスクの内側に残っていた毛髪や眉毛はすべて大神のものと断定され、小五郎と目暮警部は大神が最もあやしいとにらむ。だが、犯行直後、ナイフを持っている犯人の後ろ頭をビデオで確認したコナンは小五郎たちに犯人が被っているマスクの後ろが何か違うとアピール。それに対し、トンチンカンなことをいう小五郎にあきれたコナンは、いつものように小五郎を眠らせ、小五郎の声で推理ショーを開始した。その前にコナンは、４人の容疑者を再び部屋を呼び戻すと、全員にマスクを被らせ、自分の元へ歩み寄るように指示を出し…。

山荘の中には平松と中野のほかに、第二開発部部長の笠原英伍と社長の梅谷四郎がおり、ちょうど３人の開発した新製品マッサージシートの社内コンペ中であった。小五郎が有名な私立探偵だと知った社長の梅谷は、小五郎に新製品のモニター役を頼む。中野、笠原、平松の作ったそれぞれの新製品を試した小五郎は、最後に座った平松の卵形シート「ＡＩＭＳ」を絶賛。そこで梅谷社長は平松の「ＡＩＭＳ」を採用することに決め、笠原にリストラを言い渡した。

間もなく、梅谷社長と平松をテストルームに残し、応接間にコナンたちが戻ってくると、車が急発進する音が聞こえてくる。コナンたちがテストルームに駆け込むと、血まみれの梅谷社長がぐったりとしていた。梅谷は「ＡＩＭＳ」に座ったまま、ナイフを突きたてられていたのだ。シートカバーを開けた小五郎は梅谷に脈があることを確認し、救急車を呼ぶように蘭に叫ぶ。さらに車で逃げた平松を追おうとするが、ほかの車のタイヤはすべてパンクさせらていた。ナイフを胸に刺されたと思われていた梅谷だが、ポケットのシガーケースがナイフを食い止め、命に別状はない。意識を取り戻した梅谷は、平松が突然、ナイフで襲ってきたと明かした。

いっぽう、逃走した平松の車はガードレールを突き破りがけ下へ転落。平松は死んでしまった。静岡県警の横溝刑事は事故と判断するが、コナンは事故現場で意外なことに気づき…。

間もなく、平松の部屋からスタンガン、ロープ、そして梅谷社長の遺書が発見される。平松が梅谷を自殺に見せかけて殺そうと計画していたと推理する小五郎と横溝刑事は、さらに梅谷から平松に刺されたときの詳しい状況を聞こうとした。そこで梅谷はテストルームに設置していたビデオがあることを明かし、刺されたときのビデオを再生する。白黒のモニター画面は音声がないので会話は聞くことができない。

梅谷によると、平松は新製品「ＡＩＭＳ」を渡す代わりに退社させろと条件を出してきた。そこで梅谷は「ＡＩＭＳ」よりも平松を選んだのだが、突然、平松がナイフで斬り付けてきたというのだ。だが、コナンは笑顔だった平松が、突然形相を変え、梅谷を刺すシーンから真実を見出す。早速、小五郎を腕時計型麻酔銃で眠らせたコナンは関係者をテストルームに集め、眠りの小五郎で推理を始める。

間もなく、久坂は前日の午後９時ごろ、米花町の月形宅へ新作原稿を持参する予定だったことが判明。さらに久坂は８時10分ごろ帝都駅で、これから電車に乗るという伝言を月形の留守番電話に入れていた。帝都駅から米花駅までは約30分。死亡推定時刻が７時から９時ということから目暮警部らは犯行時刻を８時40分から９時と断定する。しかし、コナンだけが、なぜか留守番電話に違和感を持っていた。

小五郎は月形らが事務所に訪れたとき、久坂と猿橋が弟子の座を争ってもめていたことを思い出し、猿橋を怪しいとにらむ。そして遺体の側に落ちていたライターも猿橋のものであることが判明。早速、猿橋を取り調べるが、猿橋は８時まで米花駅周辺の喫茶店におり、８時30分からは飲み屋にいたことが確認された。空白の時間は８時からの30分間。しかし、帝都駅から米花駅までは30分かかるため、犯行は不可能。初めは青くなって震えていた猿橋だったが、突然「嘘はついていない」と笑いだす。

懸命に考え込むコナンは、本屋の店頭で平積みになっている本を目にする。それは月形の著書で、本の帯には「逆転に次ぐ逆転」という文字が…。そこで、やっと事件の真相に気づいたコナンは２日後、小五郎の声を使って関係者全員を探偵事務所へ呼び集め、推理ショーを始める。

片岡たちが病院を後にすると、純がゲームセンターに行きたいと言い出したため、仕方なくコナンが12時の回診まで身代わりになることとなった。だが、コナンは白衣を着てマスクをした男・吉沢正に突然、クロロホルムをかがされ誘拐されてしまう。間もなく、目を覚ましたコナンは純と間違われて誘拐されたことを悟り、純になりすまして状況をうかがう。

いっぽう、病院では純が病室から消えたことで大騒ぎになっていた。すると片岡の携帯に誘拐犯から電話がかかってくる。誘拐犯の吉沢は身代金として古い紙幣で３千万円を要求。さらに金の受け渡し役に幸子を指名してきた。大事なファッションショーを今夜に控えていた幸子だが、純のために幸子はショーを差し置いて金の渡し役を引き受ける。

私服警官の見守る中、犯人の指定してきた公園で待つ幸子に１台の不審な軽四輪が接近してきた。車には蜜蜂便の派手なマークが描かれている。そして、車は幸子から身代金のバッグを受け取って逃走。警察は車とヘリコプターで追跡を開始する。しかし、高速道路のトンネル内に入った蜜蜂便の軽四輪が忽然と消えてしまった。 　その頃、廃ビルの地下室に閉じ込められたコナンは…。

間もなく、病院を抜け出してゲームセンターで遊んでいた純が病院に戻ってきた。さらに廃ビルからの脱出に成功したコナンも帰ってくる。そこで初めて警察も純と間違われてコナンが誘拐されていたことに気づく。

勝手に病院を抜け出していた純に対して江崎幸子は純に反省を促す。だが、父親・茂の再婚相手に反発する純はどうしても素直になれない。無視して部屋を出ようとする純に幸子の平手が飛ぶ。ようやく幸子が本気なことに気づいた純は、素直に警察に謝った。

そんな中、駐車場に止めてあった軽四輪の中で男の絞殺死体が発見される。被害者の鼻の横には小豆大の黒子があり、コナンが証言した誘拐犯と人相が一致。死亡推定時刻から、金を奪ってすぐに殺されていたことが判明した。さらに現場に幸子のイヤリングが落ちていたことから、警察は３千万円の借金を抱える幸子が誘拐事件の黒幕ではないかと疑うようになる。

誘拐犯の吉沢正が殺されていた軽四輪を直接見たコナンは、蜜蜂便のマークはないが、自分を運んだ誘拐逃走車だと確信。しかし、そのトリックが分からない。だが、ペットボトルからヒントをつかみ、事件の真相を見破ったコナンは、吉沢の声で犯人を呼び出し…。

いっぽう、コナンと蘭は小五郎の事務所で平次と和葉がくるのを待っていたが、時間になっても平次たちが現れないので心配していた。そこで、蘭は平次たちが探偵の楠川に会うと言っていたことを思い出す。早速、楠川の探偵事務所に問い合わせると、今朝、平次たちが訪れ、楠川の住所を聞いていったのだという。探偵事務所から、その住所を聞いたコナン、蘭、小五郎は平次たちを捜して楠川のアパートを訪れた。

楠川の部屋の前で、平次たちの痕跡を見つけたコナンは不審に思い、誰もいない部屋の中へ入っていく。すると、メモ用紙の下の紙に筆圧で残った字を鉛筆でこすって浮かび上がらせた跡を見つける。そこから、「賢橋町　伊藤」という手掛かりをつかんだコナンたちは、賢橋町で数件の伊藤という名前の家を訪ねて回った。間もなく、コナンたちは弁護士・伊藤美沙里の家にたどり着く。しかし、彼女から平次たちのことは全く知らないと聞かされたコナンたちはあきらめて帰っていく。

だが、平次と和葉は美沙里の屋根裏部屋に監禁されていたのだ。コナンに助けを求めるため大声を出そうとした平次は、顔を殴られ顔中をあざだらけにしていた。さらに反抗的な態度を取る平次に業を煮やした美沙里は…。

だが、平次と和葉は楠川の残した暗号文の解読を強要され、彼女の家の屋根裏部屋に監禁されていた。美沙里の脱税指南の証拠が収められているテープを銀行の貸し金庫に預けていた楠川が、その暗証番号を１枚のメモに暗号文として残していたのだ。

そのころ、レストランで昼食を取っていたコナンたちの携帯に平次から電話が入る。平次は楠川が出した暗号を解かないと帰してもらえないから、これからメールで送る暗号文を解いてくれと言うのだ。監禁された平次が美沙里に脅されながら取った苦肉の策だった。

ところが、美沙里がメールで暗号を送ろうとすると、暗号を書いた紙が平次の血で汚れ、下半分が読めなくなってしまっている。そこで平次が覚えているという49個の数字とアルファベットの暗号を、美沙里はメールで送った。

そのメールを見たコナンは、平次の送ってきたメールを解読。あることに気づき、ニヤリとする。いっぽう、楠川が生きていたことを美沙里たちに気づかれてしまった平次は、ついに拳銃を突きつけられ…。

実は探偵の楠川から、最近夜中に家の周りで怪しい人影を見たため調査してほしいという依頼を平次は受けていた。そして、この家があるのが杯戸町四丁目だった。

翌日、早速コナンと平次、小五郎は依頼のあった諸角邸を訪れる。すると、玄関の中から主婦の諸角亮子の声が聞こえてきた。骨董品店店長の玄田隆徳が品物を売りにきていたのだ。だが、亮子に軽くあしらわれ、玄田は肩を落として帰っていった。

屋敷を訪れた小五郎たちは楠川に頼まれて調査にきたと亮子に用件を告げるが、気のせいだったと亮子に追い返されてしまう。何か不自然さを感じたコナンたちは諸角邸の前で張り込むことに。次に現れたのは風水アドバイザーの曾我操夫。彼は亮子との不倫を証明するビデオテープを探しにきていた。さらに占い師である亮子の姉・権藤系子が金の無心に現れる。そして精神科医である主人の諸角明も帰宅するのだが、明は曾我を誘って飲みに出かけてしまう。何事もないと判断したコナンたちは諸角邸を後にするが、その直後、諸角邸から出火し、焼けた家の中から逃げ遅れた亮子の焼死死体が発見される。さらに赤い馬の人形も見つかり…。

間もなく、コナンたちは警視庁で放火現場に残されていた赤い馬の写真を検証した。そこで１件目に残されていた赤い馬の裏に"兎"の文字を発見したコナンたちは、馬の正体が三国志に出てくる赤兎馬だと推理。さらに、コナンたちが張り込んでいるときに、諸角邸を訪れた風水アドバイザーの曾我操夫、亮子の妹・権藤系子、そして亮子の夫・諸角明らそれぞれに殺害動機があることが明らかになる。だが、３人には７時30分ごろアリバイがあった。

そんな中、赤兎馬に乗っていたのが関羽だと気づいたコナンたちは、始めに諸角邸を訪れた骨董品店店長の玄田隆徳が、商売繁盛のキーホルダーを渡そうとしていたことを思い出す。そのキーホルダーこそ、赤い馬に騎乗した関羽だったのだ。しかも一件目の事件のときにも、玄田の名前が上がったことから、大きく捜査線上に浮かび上がってきた。

いっぽう、蘭と和葉は昼間、玄田から関羽のキーホルダーをもらっていた。そのことを電話で蘭から聞いた小五郎たちは慌てて探偵事務所へ戻る。すると、探偵事務所の前にパトカーが止まっており、玄田が警察官に連行されていた。連続放火事件の犯人は自分だと玄田は自供。一件落着かと思われたが、コナンと平次は、さまざまな事件の要素がアガサ・クリスティの「ＡＢＣ殺人事件」に酷似していることに気づき、さらに調査を進めると…。

間もなく、コナンたちは担当刑事の弓長警部に事件の経緯を明かして玄田宅を捜査することになった。玄田以外にあやしい人物は、亮子の夫で精神科医の諸角明、風水アドバイザーの曽我操夫、亮子の姉で占い師の権藤系子の３人。全員が諸角邸に出入りすることができるので、犯行は可能だ。

玄田の家に入ると、廊下には玄田の靴跡が付いていた。ごみ箱には泥付きの靴下と焼け焦げたシャツ。やはり玄田は夢遊病なのかと思われたが、偶然、下駄箱の上に置いてある陶器から盗聴器を見つけ出す。さらに水晶の座蒲団の中からも盗聴器が出てきた。そのとき、亮子が握っていた座蒲団も同じ物だと気づき、中を調べると、ついに事件の確信に迫る物証をコナンたちは発見する。

コナンと平次に頼まれた弓長警部は諸角明、曽我操夫、権藤系子にこれまでの捜査結果を知らせ、明日、玄田の家を徹底的に調べると報告した。

その夜、玄田宅に忍び寄る３人の影。１人は玄関の陶器の置物を狙い、もう１人は水晶玉を手にした。そして最後の１人が電気スタンドに何かを仕掛けようとする。その瞬間、部屋の証明がつき、コナン、平次、弓長警部が現れる。

会場となる居間では大きな細長いテーブルが中央に置かれ、富樫順司がパーティーの準備をしていた。蘭も彼女たちを手伝っていると、今日のパーティーの主役・圭子が野中一樹と現れる。早速、パーティーが始まり、全員が席につくと、富樫がワイングラスを持ってきた。野中が先日、ドイツ旅行をしたときに買ってきた高級ワインを開けようというのだ。由貴の音頭で乾杯をし、皆がワインを半分ほど飲んだとき、富樫の座っていた椅子が妙な具合に傾き、思わず圭子のワインをこぼしてしまう。すでにボトルが空になっているため、富樫は半分飲んだ自分のワイングラスを圭子に差し出した。グラスは由貴、野中に手渡され、圭子の元へ運ばれる。

間もなく、照明が消されケーキのロウソクを圭子が吹き消した。一瞬、部屋が真っ暗になり、すぐに部屋の照明が点く。そして圭子が一口ワインを飲むと、突然苦しみだし、その場に倒れ死んでしまった。明らかに毒がワインに混入されていたのだ。 　目暮警部が現場に到着し、捜査が始まる。鑑識の結果、毒は圭子の飲んだワインから検出された。しかし、圭子に渡す前、ワインを飲んだ富樫には何の異常もみられない。警察は圭子の隣に座っていた野中に疑いを持つ。しかも野中のバッグの中から毒物の入ったビンが発見された。だが、それを見たコナンは、真犯人の正体を看破し、犯人の仕掛けたトリックを見破るのだった。

当日、林道を走っていた阿笠博士はコナンとの話に気をそらし、止まっていたキャンピングカーにぶつかりそうになってしまう。そこで知り合ったのが大学のアウトドア同好会に所属する福浦玲治、白藤泰美、天堂晴華、飯合拓人の４人だ。キャンピングカーはお嬢様である晴華の車である。そして彼らからバーベキューに誘われ思いっきり楽しんだコナンたちは、晩ご飯でお礼をすることになった。

日が沈み、キャンプ場でカレーを作ったコナンたちは早速、４人を呼びにいく。だが、泰美の姿だけが見当たらない。携帯自転車で花火の見える高台に１人でいったと予想した拓人たちはコナンたちを連れてキャンピングカーで山道を登り高台へと向かった。途中、何かが路上に転がり、危うくぶつかりそうになったところを玲治はたくみな運転技術で切り抜ける。玲治は泰美かと一瞬、冷や汗をかくが、壊れた木の柵だった。

高台に到着すると、夜空に打ち上げられていた見事な花火が見える。そこで壊れた木の柵を見つけたコナンは、さらにタイヤの跡も発見。しかし、結局、高台でも泰美を見つけることはできなかった。帰り道、キャンピングカーの突然の急ブレーキに驚くコナンたち。道の真ん中に泰美が倒れていたのだ。しかも、もう息はない。しばらくして目暮警部たちが到着し、現場検証をした捜査陣は事故と判断するのだが…。

アウトドア同好会の福浦玲治、飯合拓人、天堂晴華を事情聴取した目暮警部は、キャンピングカーを運転していた玲治をあやしいとにらむ。ドライバーなら、あらかじめ泰美の遺体を道に放置し、行きに気づかないふりをして通りすぎれば、帰り道で初めて遺体に気づいたふりもできるからだ。しかも玲治が運転していたとき、助手席にはだれもいなかった。

いっぽう、キャンピングカーのサンルーフに付着した血痕を見つけ、さらに血のついたビニールシートも発見したコナンは、殺人のトリックを解明するが、いまだ犯人を特定することはできない。そこで、３人が血のついたシートを見たときの、反応をみようとする。しかし、だれの反応も変わらなかった。そのとき、３人を見つめていたコナンは犯人が返り血を浴びていたことに気づき、ついに犯人の正体を突き止る。

そんな雨の中、テニスコートにたたずむインストラクターの明石寛人と出会う。テニスを教えてくれるという寛人の誘いを丁寧に断った蘭たちは、小五郎の提案で魚釣りをすることになった。だが、増水した川に荷物ごと車を流されてしまい、コナンは川に落ちて手をくじいてしまう。さらに森の中で道に迷い、コナンたちは山奥にある明石巌夫の家にたどり着く。そこで、先ほど合った寛人と偶然にも再会。巌夫は寛人の義理の父親だったのだ。蘭たちは寛人の勧めでカレーをご馳走になり、寛人は巌夫の部屋にカレーを持っていった。

園子が別荘に電話をかけると、土砂崩れのため道がふさがっていて迎えにくることができないという。この日、コナンたちは明石家に余儀なく泊まることになる。ところが、巌夫の部屋に食器を取りにいったコナンと蘭は首を吊って死んでいる巌夫を発見。間もなく、群馬県警の山村刑事が到着し、捜査を開始した。現場の状況と全員にアリバイがあることから、山村刑事は自殺と推定する。だが、コナンだけは寛人に疑いの目を向ける。

群馬県警の山村刑事の捜査と小五郎の推理の結果、巌夫は自殺と推定された。だが、首吊りをした巌夫が口から血を流していたこと、彼の寝室にある電灯のひもが不自然に短いこと、巌夫が虫歯の治療をしたにもかかわらず、寛人は食事にカレーを出したこと、さらに蘭に巌夫の食器を下げにいかせたことやカレーの量が多すぎることなどからコナンは寛人に疑いを抱くようになる。

間もなく、巌夫のカレーライスの中から、歯を見つけたコナンは、ついに巧妙に仕組まれた首吊りトリックの謎を見破った。

そして、いつものように小五郎を眠らせ、推理ショーを繰り広げようとしたコナンに思わぬ事態が起こる。風邪をこじらせたコナンは声が全く出せなくなってしまっていたのだ。昼間、川に落ちて手首を捻挫してしまったため字を書くこともできない。コナンは仕方なく蘭たちにトリックの謎をジェスチャーで伝えようと悪戦苦闘するのだが…。

事情を聞いた英理は蘭とコナンを連れて早速、依頼主の家を訪れる。命を狙われているのは資産家の令嬢と結婚し、あまり良いうわさを聞かない藤枝幹雄。しかし、令嬢は半年前、病気で亡くなっていた。依頼主は再婚したばかりの藤枝素華、26歳で幹雄とは32歳も年が離れている。藤枝家の門前でコナンたちを出迎えたのは執事の植木草八。また、庭園で庭の手入れをしている庭師の土肥耕造と、亡くなった令嬢の弟、つまり幹雄の義理の弟に当たる藤枝繁ともコナンたちは挨拶を交わす。

間もなく、幹雄が身内に狙われている証拠の品をコナンたちは見せてもらった。それは「楽にしてやる」「後ろに気をつけろ」とワープロで書かれた文字に弾丸が一発。これらが３日連続で寝室の枕の下に置いてあったという。そこへコナンの母親・工藤有希子が現れた。推理作家の繁がコナンの父親・工藤優作に事件の謎を解いてくれと頼んだところ、優作に代わり有希子がきたのだ。

早速、英理たちは幹雄に命を狙われる心当たりがあるかを聞こうとするが、今はオーディションルームに入っているので、邪魔はできないと止められてしまう。そこで部屋に取り付けた監視カメラで部屋の様子をうかがうと、突然、幹雄が拳銃に脅されたように手を挙げ倒れてしまった映像が映る。撃たれたと思ったコナンたちが急いで部屋へ向かうと、さらに２発の銃声が響きわたり…。

集められたのは、幹雄より32歳年下の妻・藤枝素華、執事の植木草八、幹雄の義理の弟・藤枝繁、そして庭師の土肥耕造だ。 　幹雄が１発目を撃たれたのは皆が監視カメラで見ていたときで、部屋に駆けつけたときに２、３発目の銃声が鳴り響いた。だが、素華と執事は１発目のときはコナンたちと一緒にいたが、２、３発目のアリバイがない。土肥も１発目のときは監視カメラに移っていたが、２、３発目のときは姿が写っていない。いっぽう、繁は一発目のときにアリバイがなく、２、３発目のときはコナンたちと合流して幹雄の部屋に駆けつけている。コナンは、一発目と二発目の間が３分近くあいていたこと、幹雄が撃たれる直前まで、読んでいた本にしおりがはさんであったことを不審に思う。

そのころ、有希子は卓越した演技力で、気難しい土肥から事件の謎を解くカギを聞き出すことに成功していた。どうやら、銃声が聞こえたのはガラスが割れる音がした数秒後だったらしい。さらに、有希子から電話で事件の経緯を聞いた工藤優作は"間違った道しるべ"というヒントをコナンに言づけた。これを聞いたコナンは犯人が巧妙に仕組んだアリバイトリックの真相に気づく。

間もなく、東都現像所に到着した有希子たちを出迎えたのはタイミングマンの唐田敬善。まだ、試写を見るまでに時間がかかるというので、コナンたちは現像マンの根上慶彦と、焼き付けの穂島朗に現像所の中を案内してもらった。

ところが、現像所の中で会った営業の古村徳宏は、試写が出来上がるのは早くても夜11時ごろになるという。有希子は飛行機の時間に間に合わなくなるので、穂島にコナンたちをたくして帰ってしまった。

試写まで時間があるので、仮眠をとろうとコナンたちは古村、根上と一緒に穂島のマンションを訪れる。だが、壁際にはフィルム缶が高く積まれ、机の周りはＣＤの山でパソコンが埋もれていた。あまりの部屋の汚さにコナンたちは呆然となり声もでない。そんな中、古村がビデオカメラに向かって挨拶をする自分の姿を録画している。最近、古村はビデオで日記を付けるのが習慣になっているのだ。

コナンたちにベッドを提供した穂島はソファで仮眠をとり、根上は仕事が残っているので現像所へ戻っていった。コナンたちもベッドに並んで横になっていると「ぐあっ！！」という叫び声がリビングから聞こえてくる。慌ててリビングに駆けつけると、そこには古村の刺殺死体が…。

捜査陣が現場に到着。目暮警部は古村のすぐ側で寝ていた穂島と、部屋の合鍵を持っているタイミングマンの唐田、現像マンの根上の事情聴取を始めた。そんな中、古村が殺されたとき、その後に犯人の音が全くしなかったのは変だとコナンが言い始める。穂島の部屋は足の踏み場もないほど散らかっており、しかも電気を消すと真っ暗になってしまうので、この状況で犯人が音をたてずに逃げるのは不可能だというのだ。さらに古村が日記がわりにつけていたビデオカメラにも犯人の逃げる音は残っていなかった。

間もなく、３人には古村を殺す動機があったことが判明。以前、「親バカ日記」の完結編を古村に台無しにされたことがあったのだ。当時、フィルムチェックをしていた古村はフィルムの傷を見逃してしまい、撮ったシーンをだめにしてしまったことがあった。

リビングを見回すコナンは、遺体のシャツの第３ボタンが取れていたことなどから、ついに犯人を見破る。だが、証拠がない。そこへコナンの連絡を受けた阿笠博士が現れた。コナンから事情を聞いた阿笠博士は犯行が可能なのは穂島しかいないと告げる。目暮警部も納得し、穂島は連行されていった。 　その夜、穂島のマンションに忍び込む１つの影が…。

間もなく警察の現場検証が始まった。警察の調べによると被害者の中年男性は古田という会社員で、ケンカの相手、杉本も都内に務める会社員。杉本と目撃者の証言によると、杉本がリュックを網棚に置いたままトイレに行っている間に、古田がそれを忘れ物だと思い、持って電車を降りたらしい。トイレにいた杉本はそれに気づかず、置き引きされたと勘違いし、古田を追いかけてケンカになったようなのだ。

初めは誤解が生んだ悲劇と思われていたが、杉本のリュックから現金が盗み取られていた。どうやら古田は落とし物を届ける振りをして金を抜き取る窃盗の常習犯だったのだ。起こるべくして起こった事故だと警察も小五郎も納得。事件は解決したと思われたが、コナンだけはリュックの中身から「着信あり」の携帯電話を確認する杉本を見て不審に思う。さらに杉本の下車位置や自動販売機、揉み合い現場を再確認したコナンは事故に裏に隠された事件の真実に気づく。

目の前には３台ものポルシェが並んでいる。その時、１台のポルシェに目がとまった哀が動揺した。ポルシェ356Ａ、黒の組織のジンと同じ車だったからだ。だが、ジンの車とは色が違うことをコナンが指摘する。そこへ、３台並ぶポルシェの間の空いているスペースに、さらにもう１台、４人の男性が乗るポルシェが駐車してきた。

興味を抱いたコナンが、このポルシェを運転していた暮木に聞いたところ、どうやらポルシェのオーナーたち４人は暮木の車に同乗してゴルフに行ってきたというのだ。先ほどのポルシェ356Ａのオーナーが布袋、そして泰山の車はポルシェボクスター、暮木の車はポルシェ911で、この911の中で泥酔している伴場の車はポルシェ928だという。泥酔して眠っている伴場を残し、暮木たちは東都デパートの中に入っていった。

コナンたちも具合の悪い哀を車に残してレストラン街へ向かっていく。そこで偶然、蘭と園子、そしてジョディ先生と出会う。驚くコナンたちに行列のできる店を取材にきた女性のテレビレポーターが声をかけてきた。テレビカメラに自分の姿を映されたコナンは身の危険を感じ、慌てて地下駐車場へ戻っていく。すると暮木の悲鳴が駐車場内に響き渡った。ポルシェの中で伴場が絞殺されていたのだ…。

間もなく、警察が到着し目暮警部たちの現場検証が始まる。被害者の伴場は細い糸状の物で首を絞められており、第一発見者は暮木であった。暮木はポルシェ仲間である布袋、泰山、そして被害者の伴場とゴルフの帰りに東都デパートに寄り、伴場の酔いがさめるまでデパートで時間を潰していたのだ。途中、車の中に携帯電話を忘れたことに気がつき、取りに戻ったところで伴場の死体を発見したという。

検死の結果、死亡推定時刻は午後１時。ちょうど４人が駐車場にきた時間だ。３人は暮木、布袋、泰山の順番で車を降りているが、あやしいところはない。布袋の車から電動リール、泰山の車からはラジコンカーが発見されるが、２つとも人の首を絞めるほどの力はなかった。

３人を取り調べている間にコナンが監視カメラを発見。警備室で監視カメラの映像を見たところ、布袋と泰山は車を降りたあと１度、自分の車に戻っていたことが判明した。だが、不審な動きはない。さらに誰も車には戻ってないことから３人のアリバイが成立した。 　そこで鑑識課員が撮った３人のポルシェの車内写真を見たコナンは、ついに犯人が使ったトリックに気がつく。

デザイン事務所に到着したコナンたちは社長の出島と、デザイナーの財津、今井、夏堀の３人と会う。だが、出島も宮野博士とは30年も会っていないと打ち明けた。しかし、この事務所は元々、宮野博士から借り受けているということを知り、両親と姉が住んでいた家だと知った哀は胸に熱いものを感じる。

そんな中、財津が20年ぐらい前に宮野博士と奥さんが娘を連れて現れたことを思い出す。そのとき、出島は留守中で出島さえ知らないことであった。しかも、外にはスモークガラスの黒い車がいたという。

さらに先日、宮野博士の娘・明美が訪ねてきてトイレを借りていったというのだ。コナンと哀はトイレに駆け込んでいく。何かを組織の目を盗んで隠しにきたと思ったからだ。だが、目ぼしいものは何もない。そして、その後に空き巣に２回も入られたと出島は明かす。

間もなく、昼食にハンバーガーをたべていた出島が突然、苦しみだし死んでしまった。警察が到着し、現場検証の結果、毒殺ということが判明するが…。

警察が調べたところ死亡の原因は毒殺であることが判明。しかし、食べ物から毒物は検出されず、出島の左手とズボンのベルト近く、ハンカチから毒物反応が見つかった。初め哀は黒ずくめの組織の犯行ではないかと疑うが、コナンはこれを否定。そして殺害を決行したのは出島のデザイン事務所で働くデザイナーの今井、財津、夏掘の中の１人であると明かした。さらに、明美が現れたあと、空き巣が２回入ったことから、黒ずくめの組織により明美が隠した物はすでに持ち去られたと思われていたが、その隠した物もまだトイレの中にあるという。

すでに出島殺害のトリックを見破ったコナンは阿笠博士の声に扮し、謎解きを始めた。コナンは阿笠博士の声で出島がベルトをゆるめて、最後にハンカチを使う場所といえばトイレだと推理する。だが、トイレからは毒物反応は検出されていない。そこでコナンは、検出されなくて当然、毒が塗られた物は出島自らの手によって持ち出さしたのだからというのだが…

そこで純一が小樽でガラス職人をしていると知ったタエは純一も夕食に誘い、さらに翌日の結婚式にも招待した。だが、園子の話によると一族のだれもが、真哉とあかねの結婚を快く思っていないという。夕食の席でも、あかねに対しての嫌がらせがあからさまに見て取れた。その夜、コナンはあかねと純一が２人で会っているのを目撃し、不審に思う。

翌日、式直前の花嫁の控室から、大賀家家宝であるルビーの指輪が消えてしまう事件が発生する。そして指輪が入っていたケースの下にはアジサイの花の前に立つあかねを写した写真が置いてあった。さらにあかねが何者かによって誘拐されてしまったことが発覚。コナンは指輪の代わりに置かれてあったアジサイの写真をヒントに噴水の滝から指輪を見つけ出す。

いっぽう、蘭たちは風車小屋であかねのハイヒールが１つだけ転がっているのを発見する。そして１時ごろ、あかねを見たという証言からコナンが全員のアリバイを確認すると…。

ところが、コンビニに行くと絢が店長に泥棒呼ばわれされている。どうやら絢が店を閉める当番の日に限って店の売り上げ金額と、在庫の商品の数が合わないというのだ。しかも店が開いている時間は４台の防犯カメラが作動しており、昨夜一晩、店長は店の向かいに車を停めて見張っていたと明かした。だが、出てきたのは店の掃除を終わらせてシャッターを閉めた絢１人。それから店を開ける時間まで誰もこなかったという。盗まれた商品はゲームソフトにＤＶＤ、弁当におにぎり、ミネラルウォーター、ウーロン茶にコーラ、さらにお菓子類。

何とか絢の濡れ衣を晴らそうと蘭たちは絢に怪しい客はいないかと訪ねた。すると、倉庫の奥にあるトイレをよく利用する常連客の中に、怪しい客が３人いることが発覚する。１人は大学生に見える男性でいつもゲーム雑誌を読んでいるゲームマニア。２人目は気弱なサラリーマン風の男。そしてもう１人は頑固で倹約家のおばあさんだ。蘭たち３人は何とか絢の無実を晴らそうとするのだが…。

そんな中、コンビニに配達員が注文の商品を持ってやってきた。そこで蘭は、絢が当番の日はトイレの前に商品の箱が整理整頓されて置かれていると言っていたことを思い出す。さらに新一がよく言っていた"不可能な物を除外していって残ったものが、たとえどんな信じられなくても、それが真相なんだ"という言葉を思い返し、ある１つの推理を導き出す。しかし、自分の推理に自信が持てない。店内では絢が泥棒をしたと白状しないので、店長が警察を呼ぼうとしていた。

そこへ偶然にも新一（コナン）から蘭の携帯電話に連絡が入る。蘭はこれまでの状況と怪しい３人について新一に説明すると、新一はすぐに犯人を推理してしまう。だが、新一が犯人を明かす前に、蘭は自分の推理が正しいかどうかを新一に聞いてみた。すると、自分の推理が正しいと思うなら犯人をみんなの目の前に引きずり出す簡単な方法があるはずだと新一は蘭に答える。

それを聞いて思い立った蘭は、コンビニの中に入りトイレを借りると、突然大きな声を放ち…。

そこで差出人の名前がベルモットだと聞いた哀は必死になってコナンを引きとめるが、コナンは哀を麻酔銃で眠らせてしまう。小五郎が会場の幽霊船・シーファントム号に到着すると、見渡す限りモンスターに仮装した参加者ばかり。まもなく、主催者と名乗る亡霊船長から、船に乗ったときに手渡されたカードと同じカードを持つ７人の仲間を探せという芝居がかった指示がくだる。ほかの参加者の話によると、どうやらこのパーティーは映画のオーディションも兼ねているという。

同じころ、医師の新出から哀あてに電話がかかってきた。咳が止まらない哀に新出は一度設備の整った病院で診てもらったほうがいいというのだ。だが、遠く離れたマンションで、その会話を盗聴しているジョディの姿があった。

パーティー会場では亡霊船長から仲間と手を組んで、モンスターの中に紛れ込んだ人間を見つけ出せという声が響きわたる。さらにヒントを教えてほしければ、甲板に上がれと…。船長が言った瞬間、モンスターに扮した出席者たちは甲板に殺到。だが、甲板に上がると心臓にボーガンの矢と悪魔のカードが突き刺さり死んでいる船長の姿が。そして小五郎が船長のマスクのはずすと有名な映画プロデューサー・福浦千造の顔が現れる。

阿笠邸にチャイムが響きわたる。哀が出ると、そこにいたのは新出ではなくジョディであった。ジョディは新出の車が故障したので代わりに迎えにきたというと哀を車に乗せてしまう。これを見かけた新出は、不審に思いジョディの車を尾行する。

殺人のあったシーファントム号では、現場を調べた小五郎がカードとアリバイのないミイラ男が犯人と決めつけていた。そこに現れたのは包帯を外した工藤新一。驚くモンスターたちを前に、新一は殺人事件の推理を始める。その頃、ジョディは新出を人気のない埠頭におびき寄せ…。

そのころ、コナンたちと別れた歩美が１人で雨の中を家に向かって歩いていると、勢いよく走ってきた雨ガッパの男とぶつかり、２人は道に転がってしまう。その男は通り魔で女を切り裂き逃げる途中だったのだ。男は包丁と何かを拾い上げると、慌てて逃げ去ってしまった。

まもなく警察が到着し、現場検証が始まる。歩美は通り魔とぶつかったときのことを佐藤刑事たちに説明した。そのとき、どうやら通り魔が何かを落としたようだが、それは数字の"５"に関係があるものだという。歩美の手に"５"の跡が残っていたのだ。コナンたちが何のマークか分からず考え込んでいると、歩美は先ほどの雨ガッパの男が野次馬の中にいることを発見する。慌ててコナンたちは追いかけるが、見失ってしまう。

ところが元太の尻に、歩美の手に残っていた跡と同じマークがくっきりと浮かんでいた…。

まもなく"５"に似たマークは車のエンブレムだと判明。歩美の前で通り魔が落としたのは血のついた車のキーだったのだ。警察の緊急手配により、アリバイがなくマスターキーをなくした３台の車の持ち主が米花警察署に集まった。容疑者は寿司屋でアルバイトをしている大学生の榎本洋。自動車修理工場で働く福地直和。そして錠前店を経営する出川俊昭の３人だ。犯行時刻、榎本はドライブするため車で峠に向かい、福地は車が直ったかどうかを調べるため商店街を車で回り、出川は家の鍵をなくした人の家を探して車で町中を回っていたという。

歩美は車の中からスモークガラス越しに容疑者たちを見るが、通り魔かどうか確認することはできない。そんな中、コナンは高木刑事に頼んで運転席側のドアの鍵穴にルミノール反応が出るかどうかを調べさせた。もし、犯人が乗っていた車なら、キーをさした車の鍵穴に血の跡が残っているはずだと考えたからだ。

しかし、鑑識課員がドアの鍵穴を調べるが、ルミノール反応はどの車からも出なかった。ところが、ニヤリと笑ったコナンはマイナスドライバーを借りると、１台の車に近づき…。

日も傾き、藁葺き屋根の民宿に泊まることになったコナンたちが物珍しそうに屋内を見回っていると、ほかの泊まり客と一緒に暴力団風の男・川治が現れる。だが、自分の泊まる宿が間違っていたと分かると、そそくさと出て行った。

その夜、囲炉裏を囲んでコナンたちが、宿泊客たちと鍋をつついていると突然、怒声が響きわたる。民宿の主人・永倉が女子大生の２人組から幽霊話を聞かされ、そんなものはいない！と怒鳴ったのだ。客たちが興ざめし席を立つ中、小五郎と永倉、そして老人の坂木と中年男性の桑島だけは和気あいあいと酒を飲み始める。だが、コナンは元太たちに誘われ、幽霊を確かめるために散歩に出かけた。そのとき、最後尾にいた歩美は近くの路地に同じ年くらいの少女が立っているのを見つけ、彼女にいざなわれるようについていってしまう。

いっぽう、歩美がいないことに気づいたコナンたちは宿に戻り、手分けして捜索を開始した。まもなく、池のほとりで気を失っているところを発見された歩美から、10歳くらいのおかっぱの女の子に会ったと聞いた永倉は急に血相を変える。幽霊は息子の栄治と幼なじみで、10年前に死んだまみという少女だと言うのだ。コナンは、こっそり阿笠博士と連絡を取り調べてもらうと、永倉の息子・栄治は先月起きた強盗事件で犯人と疑われ自殺したということを知る。

翌日、コナンたちが現場を調べていると、うるしの付いた草がなぎ倒されていることを発見。救急車に運ばれた永倉の手の甲も赤く腫れていたことからコナンは永倉も昨日、この場所を通ったことを確信する。

そんな中、先日、見かけた暴力団風の男・川治が村人から「人殺し！」と責められている声が聞こえてきた。元々、この村には地球遺産への登録を巡って推進派と反対派の対立があり、永倉は推進派の代表だった。

実は川治は地球遺産登録を行う委員会から派遣されてきた調査員だったのだが、裏ではいつも多額の賄賂をせしめている悪徳調査員。そして永倉にも鬼沢郷を地球遺産にするのと引き換えに、多額の賄賂を請求していたのだ。永倉が持っていた見回り台帳からも川治の泊まっていた宿でルートが途切れていることが判明し、川治は重要参考人として警察に連行されていった。

だが、コナンは川治が犯人だとはどうしても思えない。そこで永倉の家が10日前に家ごと場所を移動させたと聞いたコナンは、以前に永倉の家が建っていた廃屋から、ある物を見つけ…。

そんな中、ウエイトレスの梓が小五郎に客が忘れていった携帯電話の持ち主を捜してほしいと言ってきた。その客はメガネをかけた七三分けの小太りの男で、昼過ぎに店に訪れたという。これまで３回、電話がかかってきて、初めに梓が出たときは「あれ？すみません間違えました」と言い、２回目は「あれ？おかしいな…今、音鳴ったか？」と。そして３回目に「てめえ奴の女だな？奴と代われ！ブッ殺すぞ」と怒鳴ったというのだ。

小太りの男は店で、ぴったり3000円分の飯を食べ、領収書を受け取り帰っていった。男が携帯を忘れていった場所はソファーの下。まるで誰かに拾ってほしいように、アンテナを出したままであった。現在、電話はとめられており、メモリーには名字が漢字で名前がカタカナ、下に黒い点、電話番号は10桁もあり、番号は全てデタラメ。まるで暗号のようだが、さすがのコナンもお手上げだ。しかも、発信履歴も着信履歴も全く残っておらず、製造番号のシールまではがされていた。

そこへ警視庁交通課の婦警、由美が現れる。交通事故で亡くなった身元不明の男の遺留品を手掛かりに、男の身元を捜しているというのだ。その遺留品というのが、小太りの持って帰った領収書だった…。

１人は米花駅のホームから、もう１人はスポーツショップ・アポロで、そして最後の１人はレストラン・コロンボから電話をかけてきていた。この中の１人が携帯電話の番号を聞いていたというのだが、どこからかけてきたのかは電話会社の人も覚えていない。そして携帯の番号を聞いた男は、電話口で大きな音がすると、いきなり自分から電話を切ってしまったというのだ。

そこで３件の場所に電話をかけてみると、米花駅からは電車の音、スポーツショップ・アポロの近くでは道路工事をしており、レストラン・コロンボでは近くに選挙カーが走っている。３件とも大きな音がする条件はそろっていた。

そんな中、ついにコナンは携帯に入っていたメモリーの数字の暗号を解いた。さらに、携帯を忘れた男は、わざと携帯を忘れ、物騒な男に携帯を渡そうとしていたのかもしれないと推理。だが、携帯を忘れた男は場所を間違えてしまったのだ。そうすると喫茶店ポアロと間違えた店というのは…。

大会開始のアナウンスが流れ、早速ポイントへ向かうコナンたちだが、全く釣れない。そこで元太たちは沙織からアドバイスをもらい、再度チャレンジ。しかし、結局コナンたちは一匹も釣れなかった。

その晩、大会２日目に向けコナンたちは近くの旅館に宿泊。コナンが露天風呂へ行くと、大会の取材にきていたフリーライターの船木敏彦と鰐渕が大きな声で何か言い争いをしていた。気まずく思ったコナンは慌ててその場を離れ、ロビーへと向かう。コナンがロビーに飾ってある大きな魚拓を見ていると、鰐渕が現れ、この魚拓は半年前に事故で亡くなった名人、蟹江健介が釣った魚だと説明する。

翌日、元太と光彦はコナンたちと分かれてボートで釣ることになった。いっぽう、コナンたちの様子を見に行くため湖畔の道を歩いていた蘭と園子は、頭部から血を流した船木の死体を発見する。その場所は半年前、蟹江が事故死した場所と同じであった…。

警察は昨夜、船木と言い争っていたという鱒渕を事情聴取するが、鱒渕は軽口を叩く船木に思わず大声を上げてしまったと打ち明ける。そこで、沙織が船木のいいなりだったことが判明。

いっぽう、船木の死体があった場所を調べにきたコナンは、現場の上にトロッコ列車が走っていたことに気づく。さらに線路が大きくカーブしていたことから、船木が殺された場所はほかにあると推理。そして線路をたどっていくと船木のカメラを発見する。本当の犯行現場は、ここだったのだ。しかし、どうやって死体を運んだのかが分からない。すると、光彦が湖上で拾ったラインとハンカチが結びつけられた長方形の板を捨てようとしていた。それを見たコナンは、ついに犯人と殺害方法にたどりつく。

まもなく、バス釣り大会の表彰式が始まった。優勝したのは鱒渕で、準優勝は沙織。拍手に迎えられ２人が壇上に上がると、コナンは園子を眠らせ推理ショーを始める。

熱海の旅館を訪ね歩いているうちに和輝は母の胸にホクロがあったことを思い出す。そんな中、ついに目的の絵はがきを売っている旅館を発見。しかし、温子という女性は、この旅館にはいなかった。彼女が偽名を使って働いている可能性もあるとみたコナンたちは旅館で一泊することに。

初めにコナンたちの相手をした仲居の草野美津は、和輝の大ファンだという同じく仲居の別所登志子を紹介する。しかし、戸惑うように登志子はその場を去ってしまう。そしてコナンたちを部屋まで案内した仲居の三枝朝香はあまりにも無愛想だった。

まもなく、フリーライターの鴨下保比呂の絞殺死体が客室の浴槽で発見される。鴨下はなぜか和輝が母親を捜していることを知っており、それを記事にしようとしていたのだ。しかも部屋に落ちていた鴨下の携帯電話には、犯人とみられる顔のない女性の写真が撮られており、彼女の胸には、はっきりとホクロが映っていた…。

そこでコナンは部屋に和輝が出演している映画のビデオが置いてあることに気づく。コナンからビデオを受け取った小五郎は何かの手掛かりが隠されているかもしれないとビデオをセットする。映画のタイトルからビデオが始まると、小五郎と横溝警部は、手掛かりよりも映画に夢中になってしまう。そんな２人を冷やかに見ながら、コナンはビデオのタイムカウンターから殺人のトリックを解明。だが、まだ犯人が風呂に入った理由とホクロの謎がつかめない。

やがて鑑識課員が被害者の後頭部に何かで数回、殴られた跡を発見する。それを聞いたコナンは全ての謎を解きあかした。コナンは小五郎を眠らせ推理ショーを始めようとするが、確かに首筋に麻酔針が刺さったのに、いつものように麻酔が効かない。思わず焦るコナンだが、しばらくすると踊るように体をくねらせて小五郎は眠ってしまう。ひと安心したコナンは小五郎の声で横溝警部に、"ある物"と３人の仲居を連れてくるように指示した。そうして"眠りの小五郎"の推理ショーが始まる…。

当日、博物館の屋上に黄金の女神像が持つ宝石が光り輝く。上空には次郎吉のヘリコプターが何機も舞い、中森警部の指示する警官たちで物々しい雰囲気だ。だが、同時に多くの野次馬もきていた。

次郎吉はヘリからの映像と博物館内に備え付けた100台ものカメラで、キッドを待ち受ける。そこにハングライダーに乗ったキッドが現れた。やがて消えたかと思うと、ビルとビルの間に宙に浮かんでいるキッドを発見。キッドは歩いて博物館に近付いていったが、直前で煙と共に忽然と消えてしまう。唖然とするコナン。

翌日、博物館前にはキッドの出現を待ち望む観衆であふれかえった。次郎吉は前日以上に博物館上空にヘリコプターを飛ばし、キッドを待ち構える。コナン、蘭、小五郎は次郎吉が借り切ったビルの屋上の特等席でキッドを待っていた。すると予告時間ぴったりに再び煙と共にキッドが現れ…。

ところがその翌日、蘭が佐知子のマンションの前を通りかかると人垣ができている。どうやら殺人事件があったらしいのだが、被害者の遺体が警察車両に乗せられる寸前、一瞬めくれあがったシートの下には佐知子の顔があった。

まもなく、小五郎と蘭、コナンは佐知子の部屋で警察から詳しい殺害状況を聞く。遺体を発見したのは無断欠勤を不審に思って訪ねてきた会社の人間で、死因は後頭部を殴打されたための頭蓋骨陥没。凶器は室内にあったブロンズ製の置物だという。どうやら食事中のようでテーブルの上には二人分の食事が置いてあった。死亡推定時刻の夜７時半ごろ、隣の女性が恋人に話しかけている佐知子の声を聞いている。しかし、凶器からも乾杯したはずのワイングラスからも佐知子以外の指紋は１つも検出されなかった。

仕事の同僚によると佐知子と恋人との交際が始まったのは半年ほど前。毎月25日だけ、佐知子の部屋に恋人が訪ねてきていたという。警察も小五郎も犯人は恋人だと決めつけるが、蘭にはどうしても納得できない。テーブルの上に残された食事から殺人事件の真相に気づいたコナンは、蘭にヒントを与えながら事件の核心に迫る。

数日後、トロピカルマリンランドでデートをする佐藤刑事と高木刑事の姿があった。あの取調べは佐藤ファンの刑事たちが、彼女とデートしようとしていた高木刑事を阻止するため尋問していたのだ。高木刑事は黙秘を貫き、同僚たちには隠し通したつもりでいたが、園内には白鳥警部ら数十名の刑事が２人の行動を監視していた。すっかりばれていたのである。しかも、高木刑事はバッグに指輪を忍ばせ、佐藤刑事に告白するつもりでいたのだ。

そんな中、２人は偶然にもコナンたち少年探偵団と会う。しかし、コナンたちを連れてきた阿笠博士は用事ができたため、２人に子供たちの面倒を任せ、帰ってしまった。もちろん、全て白鳥警部が仕組んだことだ。

園内のアトラクションゲームを楽しむコナンたち。いっぽう、２人だけのデートが台無しになり、うなだれていた高木刑事を佐藤刑事が優しく元気づける。そこで、高木刑事は思い切って彼女に指輪の入っているバッグを渡した。しかし、バッグの中に入っていたのは１キロもある麻薬。アトラクションに乗ったとき、誰かがバッグを間違えて持っていってしまったのだ。

佐藤刑事は園内で指名手配中の矢倉麻吉と運び屋が取り引きしようとしていたのだと推理。バッグを間違えて持っていった運び屋を見つけるため、鞄を調べるが、麻薬のほかに入っていたのは新しいスポーツタオルとハンカチだけ。佐藤刑事は手掛かりになる物が入っていないと気落ちするが、コナンはそのバッグからヒントを見つけ…。

残ったバッグと中に入ったスポーツタオルからコナンは運び屋が左利きのスポーツマンと推理。しかし、コナンはスポーツ選手のタブーを思い出す。ピッチャーは大事な肩に負担をかけないため、必ず投げる手とは逆の肩で荷物を持つのだ。つまりバッグの持ち主である運び屋は帽子を被り、右投げの投球モーションをしていた男だと判明。

いっぽう、園内で高木刑事たちが結婚式を挙げると勘違いした白鳥警部たちは、２人の挙式を何とか阻止しようと、人数を動員してバッグを探していた。

すでに時計も５時半を回っている中、ついにコナンたちは「レトロゲームパーク」で運び屋を発見。だが、慌ててバッグを取り戻そうとする高木刑事を佐藤刑事は制止した。運び屋が麻薬ディーラーと接触したところで捕まえようというのだ。

まもなく、運び屋がついに麻薬ディーラーと接触。しかも相手は指名手配中の麻薬密売人、矢倉麻吉だった。佐藤刑事は色めきたつ高木刑事にコナンたちを任せ、矢倉を捕まえようと近付く。すると、矢倉は素早く拳銃を抜き、佐藤刑事に銃口を向けた。そして花火の炸裂音の中、一発の銃声が響きわたり…。

間もなく警察が到着。被害者はペットショップの店長、白井という男で死因は絞殺によるものだ。警察から事情聴取を受けた二宮は昨日の夕方６時にカブトムシを入荷したかどうか店に確認の電話を入れ、今日の10時に店を訪れる約束をしたという。遺体のポケットからは、フタのない小さなビンが見つかった。

しかし、コナンたちは佐藤刑事に現場から追い出されてしまう。だが、元太がちゃっかり店内に置いてあった１年中カブトムシが見られる"ぐんま昆虫館"のチラシを持ち出していた。しかも偶然、非番中の高木刑事に会ったコナンたちは高木の車で昆虫館へと向かう。

現地へ到着すると、昆虫館ではカブトムシの盗難騒ぎが起こっており、盗まれたトラックが乗り捨てられている山の中へ移動するところだった。そこに居合わせたのは昆虫館職員の荒木とカブトムシ研究家の榛名、それに雑誌編集者の石田だ。トラックにはカブトムシは乗っておらず、荷台の床にはコルクのフタが落ちている。昆虫館へ戻ってくると佐藤刑事が待っていた。そこで白井の死亡推定時刻が９時から10時で、さらに明け方の５時ごろ、近所の人がペットショップのシャッターを開ける音を聞いたということを知ったコナンは事件の真相に気づき…。

学校に到着すると、校医の新出先生が現れる。コナンはまたもやベルモットの変装した姿だと疑うが、どうやら本物のようだ。新出先生にも協力してもらい、４人は幽霊調査を開始する。まずはすすり泣く声が聞こえてくるという"嘆きの体育倉庫"。この倉庫には２年前、謎の死を遂げた保坂英彰の机が置いてあった。そこへ蘭の空手部の先輩である塚本数美が現れる。彼女は保坂の元クラスメートで、呪いや幽霊のことなどは全く信じていない。そして彼女に誘われ、次の目的地"恨みの図書館"へと向かう。その途中、雨が降り始めた。

校舎に入ると、トイレから出てきた世古国繁と出会う。彼は保坂の幼なじみで、午後から保健室で横になっていたという。世古と別れたコナンたちは図書館に到着。ここでは朝きたら、保坂が借りたことのある本が４日連続で出しっぱなしになっていたというのだ。そして最後は"呪いの階段"。保坂が落ちた美術室前の階段で、床一面に水が溜まっていたという。そんな幽霊話で蘭と園子が騒いでいると、美術部員の物部雅生から、うるさいと注意されてしまった。

そんな中、中庭に突如として保坂の机が出現。机の上には「我が恨み　未だ消えず…」と書いた紙片が置いてあった。紙は濡れていないので、雨が止んだ後、中庭に運んだことが予想される。しかし、中庭には机を運んだ人間の足跡はない。すると、美術室で聞き耳を立てていた物部が突然、悲鳴を上げる。コナンたちが部室に入ると物部が、保坂の呪いだ！と叫び、恐怖に打ち震えていた…。

そこで保健室で寝ていた世古国繁なら中庭に机を運んだ人を見ているかもしれないと思い、コナンたちは保健室へと向かう。しかし、窓の側の木が邪魔で保健室から中庭の様子は見えなかった。世古は保坂と小中学校で一緒だったが、自分が入学早々バイク事故で半年近く入院していたため、保坂が死んだことを退院するまで知らなかったと打ち明ける。

出口から校門までの校庭には誰の足跡もないことから、幽霊騒ぎの犯人は、まだ学校にいることが予想された。すると２年前に事故死した保坂のことや、その事故現場をよく知っている人物が犯人である可能性が極めて高い。雨が降ってから校舎で見かけた３年生は３人だけ。保健室で寝ていた保坂の幼なじみの世古と、美術室で絵を描いていた美術部の物部雅生、それに図書館にいた保坂の元クラスメートの塚本数美だ。

そのとき、渡り廊下のスノコに水を撒いたような跡を発見。そして地面に傷跡を見つけたコナンは犯人の使ったトリックに気がつく。美術室に帰り支度を整えさせて世古、物部、塚本を集めたコナンは、ついに犯人を特定。コナンはドア越しに時計型麻酔銃を構え、園子に発射し眠らせると、犯人の使ったトリックを暴き出す。

登校途中のコナンたちが、その団地の前を通りかかると、パトカーや鑑識のワゴン車が止まっている。そこで警察に事情を聞くと、死んでいたのは団地に一人暮らししている江上タツエ。朝早く外出から帰ってきたとき、たまたま鉢植えが落ちてきて、頭に命中したという。しかも、403号室に住むタツエの家の窓に置いてあった鉢植えが、カラスのいたずらにより落ちてきたというのだ。タツエは"カラス婆さん"と呼ばれており、朝早く出かけてはゴミ置き場を回り、人が出したゴミを覗くことを日課にしていた。冷蔵庫の下に五百円硬貨が落ちていたことから、どうやら五百円硬貨を落としてしまい、拾おうとして粗大ゴミの下に手を伸ばした瞬間、上から鉢植えが落ちてきたのではないかと警察は判断する。だが、あまりの偶然にコナンは不審に思う。そこで砕けている鉢植えを改めて見たコナンは、カラスのいたずらではないことに気づく。

人による犯行だと気づいたコナンは屋上へ走るが、ドアには鍵がかかっており、屋上に出ることはできない。つまり、コナンの推理によると鉢植えを落とすことができたのは、タツエの上の部屋、503号室しかなかった。上の部屋に住んでいるのは駅前のパン屋で働く今井典子。しかし、歩美は典子のことを知っており、優しい彼女が人殺しなんてするはずはないと主張するのだが…。

まもなく、ホテルでバイキングを食べていたコナンたちは松一郎が上から落ちてくるのを目撃。パトカーや救急車が到着し、コナンたちは目暮警部と一緒に小五郎から事情を聞いた。

コナンたちと別れた後、小五郎が松一郎を監視していると、松一郎は突然、南里薫の部屋へ押し入ったという。さらに部屋から彼女の悲鳴が聞こえたため、小五郎がドアを破って中へ入ると、薫が倒れていたというのだ。そしてベランダから逃げ出そうとしている松一郎を見つけ、ベランダに飛び出すと、松一郎が隣の部屋に移ろうとして失敗し、墜落したのだという。

ところが、薫は松一郎のことを全く知らないと言い張る。いっぽうコナンは小五郎が写したデジカメ写真の中から公衆電話を使っている松一郎の姿を発見。携帯電話を持っているのに、なぜ公衆電話を使ったのか不思議に思うコナン。

そんな中、松一郎の双子の弟、人見竹彦が自宅のマンションで遺体となって発見された。松一郎が死んだ時間と同じ時刻である。実は小五郎は竹彦から松一郎の素行調査の依頼を受けていたのだ。竹彦は物取り目的の犯人によって殺されたと警察は判断するが、コナンはあまりの偶然に、必ず２つの事件はつながりがあると確信する…。

薫の話によると、彼女はアンザイ・マナブという男と結婚の約束をしていたが、彼女から大金を受け取ると、彼は姿を消してしまったという。以来、東京でアンザイを見かけたという噂を聞き、上京したというのだ。彼女からアンザイの写真を見せてもらったところ、小五郎がスポーツジムで松一郎を隠し撮りした写真の中にアンザイが写っていた。スポーツジムで確認すると、男の名前はタニザキだと教えられる。

まもなく、タニザキの居場所を突き止めた小五郎は、クラブから出たところを呼び止めた。しかし、タニザキは薫のことなど全く知らないとすっとぼける。このことを薫に報告すると、彼女は消沈した顔でうなずく。

いっぽう、事件にもう一人、タニザキという男がからんでいると知ったコナンは、今までの経過を振り返るうち、ついに真相に気づく。早速、小五郎を眠らせたコナンは関係者を米花のホテルロビーに集め、事件の謎解きを始める。

桐子と昼過ぎまでに何匹釣れるか賭けをすることになった元太たちは大張り切り。そんな中、江尻だけはテトラポットに降りると、いつものポイントだという場所で一人、竿を構える。この場所でないと満足しないというのだ。いっぽう、歩美たちはコナンからテトラポットは人工的に造られた魚の住処だと聞き、期待を募らせ釣り糸をたれる。だが、しばらくしても一同の釣り糸はピクリともしない。

そこで突然、哀のウキがグ～ンと引き込む。しかし釣れたのは、まだ稚魚であったため、稚魚は海に返すのがマナーだと言い、哀は魚をリリースした。まもなく、何も釣れず我慢できなくなった元太が釣れるはずのないタイを求めて、１人釣り場を変える。が、釣れたのは同じ場所でねばっていた光彦だった。

お昼のお弁当を食べ終わったころ、船のエンジン音が近付いてくる。井田の釣り船が戻ってきたのだ。結局、ほとんど釣れなかった桐子と金谷は江尻を残して、別のポイントへ向かおうということになった。そのとき、江尻の竿に当たりがあり、糸がグイグイと引かれ、海の中に引き込まれていく。慌てて井田が江尻の側に駆け寄ると…。

防波堤に残ったのはコナンたちと江尻の釣り仲間である白根桐子と金谷峯人だけだ。コナンは２人に警察がくるまでじっとしているように指示を出し、その間に江尻との関係を聞き出した。どうやら井田も含めて４人は大学時代の釣り同好会のメンバーだったらしい。特に桐子と井田は親が漁師仲間ということもあり、子供のころからの付き合いだという。さらに江尻と桐子は元夫婦で３年前に離婚しているというのだ。

初め、桐子が作ってきた弁当に毒が盛られていたのではないかと疑う少年探偵団たちだが、人工呼吸をしたコナンが何でもないことから、弁当の可能性はない。まもなく、江尻を病院に運んだ阿笠博士から連絡が入る。江尻の左手首に引っかかれた傷跡のようなものがあり、さらに服の袖口にノリのようなものがついていたという。これを聞いたコナンは犯人の手口に気づき…。

クッキー、タルト、パイなど３つの菓子を同時に作っているのは"戦うパティシエ"と呼ばれる前田剛。そして優雅な物腰で女性に人気のある"お菓子の貴公子"藤野泰男は、まるでアイドルのようだ。藤野はウッドチョコのスポンジにチョコクリームを載せ、コナンに木の模様を付けさせてやるなどファンサービスも忘れない。また、ガラス細工のようにキャンディを作るのは"キャンディ・マジシャン"と呼ばれる森本友美。彼女はコナンに動物キャンディを１つ渡すと、このキャンディで一等賞を取るのが夢だと語った。

飲み物を買いにいこうとしたコナンは偶然、森本と店長の橋垣幸子が言い争っているのを聞いてしまう。午後の部に入り、藤野がコナンの作ったウッドチョコのケーキを持ってやってきた。まるでプロが作ったように修正されている。そのとき、お菓子の家の中から前田の悲鳴が聞こえてきた。厨房へいくと何者かに頭部を強打された橋垣の遺体が倒れている。まもなく、警察が到着し、現場検証を行うが、凶器と思われる物は発見できなかった。犯行は藤野がコナンにチョコを渡しにいったわずかの時間に行われたらしい。前田も事務所から電話がかかってきて、ちょうど席を外していた。１人残っていた森本も誰かが入ってきたことには気づいていない。そんな中、コナンは厨房で木屑を発見し…。

しかし、コナンが家に帰ると小五郎が不思議なことをいう。大和田が当てたはずのビールの懸賞は抽選が来月に延期したというのだ。つまり大和田の当選はインチキだったということになる。翌日、コナンたちは大和田の当選が真実かを確かめるため、福引会場へと向かった。そこでバイトをしている男性に聞くと、実は大和田が当たるように細工をしたのだと明かす。大和田本人は知らないが、彼の奥さんが仕事で自信をなくしている大和田のためにデジカメを持参し、当ててくれと頼まれたというのだ。早速、コナンたちが大和田の奥さんに会いにいくと、彼女はそんなことは知らないという。しかも、バイトの男性が言っていた大和田の奥さんとは風貌が異なっていた。

まもなく、大和田の家の庭から小判が出てきたり、１億円を拾ったという噂話が街中に広まり始める。コナンたちはついに噂を広めている女性を発見するのだが…。

そのころ、五階の社長室では社長の道場が社員の大橋から『ギャドリン２』の予約が200万本を超えたとの報告をうけていた。このギャドリンシリーズをプロデュースしたのが、シナリオまで書いた社長の道場だ。大橋が部屋を出ていくと道場は最終チェックのため、『ギャドリン２』のディスクを取り出しゲーム機の中に入れる。すると、そこにはおとといの社長室の様子が映し出されていた。何とギャドリンのシナリオは小林という男が学生時代に書いたもので盗作だったというのだ。しかも、ビデオには誰かの手により小林が殺されたシーンが映っている。すると、いつのまにか部屋の暗がりの中に男が座っていた。斉藤と名乗る男は小林に雇われた探偵で、偶然にも小林が殺された瞬間をビデオにおさめていたのだという。道場は椅子を蹴り倒し、斉藤の頭を灰皿で殴りつけるとウォークインクローゼットの中に斉藤を運び込んだ。

いっぽう、ガードマンに追われ、社長室に逃げ込んできた元太たち。そこで机の上にあった『ギャドリン２』のソフトを見つけた元太は目を輝かせた。光彦にとがめられた元太は、思わずカバンの中身を部屋にばらまいてしまう。慌てて拾う３人は『ギャドリン２』もカバンの中に入れ、ビルの外へ逃げていった。それを見た道場は拳銃を持って元太たちを追うのだが…。

午前９時23分、沖縄に到着した蘭とコナンは、能勢選手からサインをもらうため、色紙を売っている店を探して走り出した。いっぽう、小五郎はテレビ局のスタッフである寺西と名詞交換をすます。同じころ、雨の降る那覇市ではロードワーク中の能勢選手が何者かにナイフで刺されていた…。

しばらくして本山の乗る飛行機が到着し、車で移動するコナンたち。すると、行く手の路上に倒れている人影を見つける。車を飛び出したコナンが人影に駆け寄り抱き抱えると、何と能勢選手だった。車の助手席で見ていた本山は、思わず救急車と警察に連絡を！と叫ぶ。その言葉を聞いて驚くコナン。

まもなく警察が到着し、死亡推定時刻が午前９時30分ごろであることが判明した。そこでコナンは雨で能勢が腹を刺されているかどうか、わからない状況にもかかわらず、本山が初めに警察を呼ぼうとしたことから本山があやしいとにらむ。しかし、本山には鉄壁のアリバイがあった。本山が沖縄に飛行機で到着した時間は午前９時50分だったのだ…。

ところが、警察の事情聴取が終わった本山は蘭のバッグからテニスボール缶を盗み出そうとする。実は本山は変装してコナンたちと同じ９時23分着の飛行機で沖縄にきており、機内で蘭の転がしたテニスボールを拾っていたのだ。指紋の付いたテニスボールからアリバイトリックが露見するとおそれた本山は証拠隠滅を図るため、何とかテニスボールを始末しようとする。

いっぽう、コナンは蘭の持っていた時刻表からついに本山のアリバイトリックを解く。本山は警察の実況検分の前に、食事をしてきてもいいかと警部に提案。そこで一同そろって琉球料理の店へ行くが、携帯に電話が入った本山は１人車に残って電話に出る。そして蘭のバッグからテニスボール缶を引き抜くと、用事ができたから後で現場に合流すると蘭に告げ、タクシーでその場を去ってしまった。そのころ、コナンは小五郎にそれとなく事件のヒントを提示する。

しばらくして次に取材する教授の新野豊に会うため、浦崎が電話をかけると、電話口から新野の悲鳴が聞こえてきた。クロゴケグモに刺されてしまったというのだ。驚いて立ち尽くす一同は、慌てて大学へ向かった。研究室には鍵がかかっていたので、糸川が合鍵でドアを開けると、心臓に手を当て倒れている新野の姿が。美和はデスクに放置された受話器の横にいたクロゴケグモをバッグで叩き潰す。クロゴケグモはセアカゴケグモより数倍強い神経毒があるのだ。新野の耳の右タブには刺されたような跡がある。しかも、クロゴケグモの血清がなくなっていることが判明する。

まもなく警察が到着し、取り調べが始まった。部屋の鍵を持っていたのは新野と助手の糸川だけ。そして糸川は自分の研究成果を新野に取られてしまった恨みがあった。新野からクモを買っていた浦崎も、マニアの弱みにつけこんで金をつり上げる新野に多少なりとも恨みがある。そんな中、受話器を調べたコナンは事件の真相に気づき…。

そんな中、御上が新しい彗星を見つけ、彗星に自分の名前をつけた実績があるという話を聞いた元太たちは早速、望遠鏡を借りて星がよく見える丘へと向かった。だが、裏の森の中を歩いて丘の近くにきたコナンたちは白骨化した遺体を発見。コナンは遺体の周りに死体の腐敗速度を早める石灰がまいてあったことから殺人事件だと断定する。近くに落ちていた指輪から河埜だと判断したコナンは、さらに側にあった６本のタバコがダイイングメッセージだと推理。

コナンたちはペンションに戻り警察へ連絡を取ろうとするが、電話線が抜かれ車のタイヤも空気を抜かれていた。どこへも連絡が取れないと知り、今夜は部屋から一歩も出ず、夜が明けるのを待つことになるのだが…。

コナンたちが白骨のあった場所へ行くと、突然、不気味な物音が響く。首の骨が折れた二川の遺体が転がっていたのだ。どうやら崖の上から墜落したらしい。しかし、手にはダイイングメッセージと思われる７本のタバコを握っていた。

コナンは１年前に殺害された河埜が残したタバコの示す人物と、二川が示す人物が別人かもしれないと思い始める。そのとき、二川の残したタバコの１本に血が付着していることを発見。さらに阿笠博士が崖の上で未送信メールが残っている二川の携帯電話を見つける。そのメールには遺書と書いており、このペンションに皆を招いたのは自分で、河埜を殺したのも自分だと書かれていた。

だが、二川には鉄パイプのようなもので殴られた跡があったのだ。そしてタバコの中の１本だけに血が付着していたことから、コナンは殺人事件だと推理する。そして二川を殴った鉄パイプのようなものが誰かの部屋にあるのではないかと、皆の部屋を調べることになった。しかし、それらしい凶器は見つからない。そこで天土が宿帳をジロジロと見ていたことから、あらためて宿帳を見たコナンは、ついに真犯人を突き止める。

先程のことで美佐と打ち解けた哀と歩美がカレーを作っていると、突然、サングラスで顔を隠した男が蘭の眠るテントの中に侵入し、蘭を抱え上げ連れ去ってしまった。慌てたコナンたちが蘭を連れた男を追いかけるが、男は４ＷＤの車に乗って逃走。まもなく警察の調べで蘭は眠らされて連れ去られたことが発覚する。しかも逃走用に使った４ＷＤ車は盗難届の出されていた車だった。

その頃、近くの山道で崖から転落した事故車が発見される。コナンの証言で事故を起こした車に乗っていた男が、蘭を誘拐した犯人であることが判明。だが、男は重傷で意識はなく、車の中に蘭の姿は見当たらない。しかも男の持っていた携帯電話には「殺せと言ったのはお前の方だろう。３時には女が死ぬんだから約束は守ってもらう」という打ちかけのメール文字が…。

そんな中、元太たちは彼らの名前が皆、桃太郎に関係していることに気づく。そんな元太たちに弥生は小学校時代、学校で"桃太郎"をやったこともあると明かしてくれた。

彼らと別れたコナンたちが倉敷川沿いに観光していると、川に流れている桃の形をしたケースを見つける。ケースを開けると桃・鬼・犬・猿・雉の絵が描かれた封筒が入っており、その中には暗号が書かれた紙が入っていた。

鬼ケ島のお宝が見つかるかもしれない…と盛り上がる元太、光彦、歩美たち。あきれるコナンを尻目に元太たちは宝探しを開始した。１つ目の暗号を解き、倉敷考古館の裏手に立つ火の見やぐらの下でカプセルを見つけるが、中に入っていたのはガラクタばかり。しかもすでに掘り返した跡がある。そうして３つ目の暗号に隠された場所へ行ったコナンたちは、そこで頭から血を流した聖子の死体を発見してしまう。しかも地面には「Ｏ」「Ｎ」「Ｉ」と彼女が書いたダイイング・メッセージが残されていた…。

コナンたちは、この暗号に書かれた場所を探すうち、１人の他殺死体を発見する。先ほど、倉敷チボリ公園で知り合ったフリーライターの乾聖子だ。彼女が一緒にいたのは議員秘書の桃井直人とＯＬの木島弥生、美容師の猿渡健吾、金融業の鬼貫守の４人。地面に残されていた「Ｏ」「Ｎ」「Ｉ」というダイイング・メッセージから、コナンは４人の中の一人が犯人だと推理する。だが、それを特定するためには残りの２つの暗号を解き、埋められたタイムカプセルを掘り返さなくてはならない。

４つ目の暗号を解き、掘り返された形跡のあるタイムカプセルを見つけると、そこには15年前に交通事故で死んだ俊也のことが書いてあった。まもなく最後のカプセルを見つけるが、そこにはほかのカプセルのように何か書きつけた紙が入っていない。しかし、底にあった封筒を見てコナンは犯人を確信する。

聖子が殺されていた現場に桃井たち４人を集めてもらったコナンは阿笠博士になりかわり、推理を開始した。

まもなく、コナンたちは恵理に村の中を案内してもらうことになった。そこで恵理はこの地方に伝わる振袖般若の民話を語り始める。その昔、働き者の娘・お花が侍を助けて褒美にもらった振袖を庄屋の２人の娘に奪われてしまった。庄屋の娘に濡れ衣を着せられたお花は処刑されるが、怨霊と化して２人の娘を殺して復讐を果たしたのだという。以来、お花の霊を手厚く葬り、守り神の振袖様として祀ることになったのだ。いっぽうで振袖様は復讐の神様でもあると語る恵理。さらに深夜、振袖を被ってお参りすると、振袖様が代わりに恨みを晴らしてくれるという言い伝えがあるとコナンたちに説明した。そんな中、コナンたちは神社ではるみと遭遇。祠の中をのぞくと、振袖参りをした人が奉納した千代紙人形が山のように積まれている。その中に真新しい人形が２つ。コナンたちはその人形を見て不安になった。最近、振袖参りをした人がいたというあかしだ。

その夜、コナンたちは胸を一突きされ、殺された明日香と絵麻の他殺死体を発見し…。

明日香の死体は露天風呂で見つかり、絵麻の死体は祠で発見されたのだが、明日香が露天風呂へ入ったのが10時ごろ、絵麻が祠へ行ったのが10時半ごろ。２人とも御神刀で殺害され、それが露天風呂で見つかった。ということは絵麻、明日香の順で殺されたということが推測できる。しかし、祠のある庭には絵麻の足跡しかなく、露天風呂へ行くのに通らねばならない遊技場には10時半以降、必ず誰かがいた。つまり２つの殺人とも密室の犯行ということだ。

そんな中、警察が犯行時刻前後の行動を確認するが、密室の謎を解くことはできない。ただ、コナンと小五郎が風呂に入っているとき、女湯からバシャンバシャンという音が10時50分ごろに聞こえたという。動機がありそうなのは、シンガーソングライターの深津はるみだけ。彼女も２人と同様、恵理に呼ばれて取材を受けた女性だが、自殺した先輩の件で明日香と絵麻を恨んでいた。

まもなく検死報告が届き、２人を殺害した凶器は御神刀に間違いがないことが判明。現場に残された遺留品から指紋は発見されなかった。そのとき、ソリ大会の模様が映っているテレビを何気なく見たコナンは、ある推理に思い至る。さらに殺害現場に残された足跡を移したデジカメの画像を見直したコナンはついに密室トリックを暴く。

そこで小五郎の提案で、目暮警部に頼まれていた殺人事件を見事、解決した方のおすすめ場所へ行くことに。とはいうものの推理勝負では和葉は絶対的に不利なため、蘭と小五郎が協力することになった。現場は辻谷玩具製作所。殺害されたのはこの玩具製作会社の社長で辻谷賢仁。死亡推定時刻は先月の日曜日、午後５時ごろで翌日、会社の社員４人に10時ごろ発見された。４人の社員はいつも出勤時刻の少し前にきて近くの喫茶店でモーニングを食べてから一緒に出社するという。

平次はこぼれていたインクなどから辻谷が縄で縛られたまま、ゴルフクラブで撲殺されたと推理。見事な推理に目暮警部もあ然としてしまう。さらに遺体の周りに転がっていた積み木の中に、辻谷の指紋とインクがついた積み木が４つだけあったと目暮警部は説明する。それぞれに「お」「も」「ち」「や」と書かれた積み木。おそらく辻谷は犯人の目を盗んで４つの積み木をダイイングメッセージとして残したのだろうと平次はいう。平次のペースに乗せられ気味の和葉はダイイングメッセージの意味を解こうと必死になるのだが…。

平次とコナンはダイイングメッセージの意味をすぐに解いてしまうが、必死になる和葉を見た平次は和葉にヒントを与え、自分で犯人を当てるつもりをなくしてしまう。さらに４人に妙な収集癖があることがわかった。冷え性の愛甲は手袋を50組も持っており、釣りに出かけるときには必ず持っていくという。映画が趣味の波佐見はサングラス、競馬好きな中紙は帽子、そして岩冨は白いゴルフシューズだ。ちなみに殺された辻谷社長は無類のアイドルマニア。そんな中、コナンと平次はお互いに殺された辻谷社長の部屋で違和感を感じると明かすが、なぜそう思うのか、まだはっきりとしない。

まもなく、平次の提案で社員の４人が殺人現場まで呼び出された。いっぽう、和葉が平次のヒントを基にして、ついにダイイングメッセージの謎を解く。辻谷社長が残したのは「い・わ・と・み」という名前だったのだ。しかし、ゴルフを見に行っていたという岩冨は犯行時刻にゴルフ大会を中継していたテレビに映っていたことが判明し…。

大歓声が沸き上がりプレーボールの声がかかる。すると、ライトスタンドに座っていたコナンと平次の足下で携帯電話が鳴った。平次が電話に出ると、男の声が楽しいゲームをしないかとささやきかける。男は「３回、６回、９回が終了した時点で、この球場のどこかに置いた電話を鳴らす」という。そのとき電話を取らなければ、誰かを道連れにして自分が死ぬというのだ。男は自分のことを"甲子園の魔物"と名乗ると携帯電話を切ってしまった。携帯電話の画面にはヒントとなる「９６［７］１３」の文字。

まもなく２回が終了した。男は２回の裏が終わったとき、その証拠を見せると言ったが、何も起こらない。だが、球場の外で数台の消防自動車が走っている。どうやら爆弾により、高野運輸ビルという建物が爆破されたらしいことがわかった。コナンと平次は悪戯電話でないことを悟る。甲子園スタンドで爆弾自殺など図られたら、とんでもない惨事になることは間違いない。

コナンは試合経過を知るラジオを借りるため、小五郎の元へと走った。そこでラジオ中継から甲子園球場の両翼の長さを知ったコナンは１つ目の携帯の在り処を推測。慌てて走るが、すでに３回の裏が終了しようとしていた。

いっぽう、足下で携帯電話が鳴っていることに気づいた女子高生が電話を拾いあげようとした瞬間、平次が飛び込んできて女子高生から携帯電話を取り上げる。何とか間に合ったコナンと平次だが、携帯電話には次のヒントである「４７［３］４」という暗号が映し出された。

スタンドを走り回るコナンたちだが、なかなか暗号を解くことができない。しかし、甲子園の大きな屋根が"銀傘"と呼ばれていることを知ったコナンはついに２つめの暗号を解く。６回裏ツーアウト、もう時間がない。だが、何とか電話に平次が出ると、最後の暗号が送られてきた。そこには「…［…］１３」としか書かれていない。ヒントとなる文字が席の段数を表す"13"としか書かれていなかったのだ…。

しばらくして高野運輸が１ヶ月前に事故を起こしており、トラックにひかれたのは春の甲子園で大金高校のエースと延長18回を投げ合って、惜敗した帝都実業のエースだということが判明。しかも、その子の父親である鳥光行雄が事故から行方不明だということがわかり…。

翌日、コナンたちは小五郎が飲んだバー"レモン"に行き、マスターの井上に木村という男がどこに住んでいるか聞いてみるが、ボトルを入れただけで店には初めてきた客だという。メールを発信した携帯も盗まれたもので手がかりは全くない。だが、昨夜、鉄パイプが落ちてきた建築現場では右ひじに傷跡のある男が走り去っていくのが目撃されていた。いっぽう小五郎はまるで他人事のように関心を示さない。まもなく、コナンと蘭がクリーニング屋で聞き込みをしていると、１台の車が小五郎に向かって突っ込んでくる。間一髪でかわすが、車の中にはひじに傷のある男が乗っていた。その時、再び携帯にメール音が響く。文面は"木村、今度こそ必ず殺す"というものだった。怒った小五郎は自分を囮に犯人をおびき出すと息巻く。そこでコナンは犯人が小五郎の性格を知っている人物ではないかと疑うようになる。さらに"レモン"の井上から小五郎に木村の奥さんという人から電話があったと連絡が入り…

まもなく、依頼内容を聞くため、小五郎たちは本館で蓮希の話を聞くことになった。テーブルの上には古いバイオリンが置いてある。このバイオリンこそ、数億円はするという伝説の名器だ。元々、響輔の父親である設楽弾二朗が、30年前に兄の調一朗に誕生日のプレゼントとして贈られたもの。しかし、誕生日の日に弾二朗は強盗に襲われ殺されてしまったという。そして２年前、弦三朗の妻・詠美が階段から足を踏み外して亡くなり、去年は蓮希の父親、降人が転落死していた。２人とも調一朗の誕生日に死んでおり、当日、ストラディバリウスを弾いていたのだ。まるで30年前の事件に呪われたように…。

そして今年は蓮希が弾くことになり、彼女は小五郎に依頼したと明かす。もちろん、弾かなければいいのだが、蓮希は、この名器で弾きたいと言い張る。そのとき、コナンが窓の外が明るいことに気づく。何と別館で火事が起こっていたのだ。コナンたちは炎が上がる弦三朗の部屋へ急ぐが、ドアに鍵がかかっていて開かない。小五郎と響輔がドアをぶち破って入ろうとするが、室内はすでに激しく炎が燃え盛っていた。さらに別館のオーディオルームには調一朗の妻・絢音が！コナンと響輔が炎の階段を駆け上がるが…。

そんな中、屋敷の別館で火災が起こり、調一郎の弟（三男）で指揮者の弦三朗が焼死した。火災原因は弦三朗の寝タバコだと判明。しかし、コナンは弦三朗がタバコをかむ癖があったことを発見し、火事の原因を寝タバコに見せかけた巧妙な放火だと推理する。ところが弦三朗の部屋には鍵がかかっており、完全な密室だった。さらに30年前に強盗に殺された弾二朗（次男）、２年前に階段から落ちて亡くなった弦三朗の妻・詠美、そして昨年、ベランダから墜落死した降人（調一朗の息子）のイニシャルを続けて読むと「Ｄ」「Ｅ」「Ｆ」「Ｇ」とアルファベットの順になっていることに気づく。

設楽家では代々、親族が亡くなるとレクイエムを演奏することになっているので、弾二朗の息子である響輔がバイオリンを弾くことになった。その演奏中、調一朗の妻・絢音が墜落死した。部屋にはまたも鍵がかかっており、中には壊れたバイオリンが転がっている。一見、数億円はするというストラディバリウスに見えるが、よく見ると偽物だ。絢音は偽物に悲観して窓から飛び降りたと警察は判断するが、コナンは…。

それは弦三朗の焼け焦げた部屋に残っていた指揮棒のケースと、上の穴だけが歪んでいる部屋の扉の受け金具。これはロックさせた扉を無理に壊したとしか考えられない。さらに絢音の側に落ちていたバイオリンのブリッジ。本物のストラディバリウスにもレプリカにもブリッジがあったことから、もう一台、バイオリンがあったことが推測できる。

コナンはいつものようにカーテンの影に隠れ、小五郎に麻酔針を発射すると、小五郎の声で関係者を集めさせた。まもなく、絢音の部屋に30年前に強盗に殺された弾二朗の息子・羽賀響輔と蓮希、執事の津曲紅生、そしてストラディバリウスを持った調一朗が顔をそろえる。そこでコナンはストラディバリウスを小五郎に弾かせようとする。だが、ストラディバリウスを小五郎に渡そうとした人間こそ、一連の犯人だと明かし…。

高隈酒造に到着すると、主人の白石覚志と妻の扶美子が笑顔で小五郎たちを迎える。そこへ週刊エンタの前園仁美という若い女性が取材にやってきた。しかし、白石も扶美子もそんな話は聞いていない。仁美によると専務の辰村慎介と仕込み作業を撮影すると約束したというのだ。すると、蔵子の中でも一番若い小杉大助と最年長蔵子の折田精一が毒づく。そして白石は雑菌の侵入が許されない仕込みは作り手以外の人間を蔵に入れることはできないと丁寧に断った。そこへ巨漢の辰村が現れる。どうやら辰村は蔵を機械化して、大量生産しようとしているため、白石をはじめとした従業員、全員に嫌われているようだ。さらに辰村は小五郎に高隈のイメージキャラクターになってくれるように頼み、観光案内を申し出る。そこへ扶美子が高隈の酒を喜んでくれたお礼に自ら案内すると約束。翌朝、観光案内をした扶美子にコナンがどうして辰村をクビにできないのか聞いてみた。すると、扶美子はまだ高隈の酒が売れていないころ、辰村の懸命の売り込みにより、つぶれなかったという恩があるのだと明かす。扶美子は小五郎に辰村の話を断るために案内役を買って出たのだ。その話を聞き、了解した小五郎は扶美子の車で辰村の家を訪れる。だが、家の中は血で染まり、同じく真っ赤な血がついたブロンズ象が転がっていた…。

警察が容疑者として目をつけたのは白石と蔵で働く蔵子たち、そして雑誌記者の前園仁美だ。辰村は焼酎造りに機械化を導入しようとしており、全員が辰村を憎んでいた。しかも１人もアリバイがない。。

コナンはなぜ犯人が辰村を殺した後、わざわざ家の中から運び出したのか。また、どうして２日たってから、遺体を発見させたのか。この２つの謎さえわかれば、犯人が特定できると推理をめぐらす。

そんな中、コナンは蔵子の折田精一から扶美子が蔵子の娘だったと知る。しかし、父親は扶美子が中学に上がってまもなく病気で亡くなってしまったため、先代が生活を援助し、看護学校まで進学させてあげたという話を聞く。ついにコナンは２つの謎を解明した。だが、まだ確証はない。そこでコナンは小五郎の声で警察にあることを調べてもらうよう依頼すると…。

まもなく高層マンションの23階で男性の刺殺死体が発見されたとの通報を受け、佐藤と高木、そしてベテランの長さんが現場へ急行した。刺殺されたのは会社員の仲本広俊。死亡推定時刻は午前７時から７時半の間で凶器は刃渡り18センチの文化包丁。第一発見者は婚約者の志村由衣である。彼女は死んだ仲本は敵を作るタイプだから、恨みを持っている人もいると証言した。

学校帰りのコナンたちは偶然、この現場の前を通り、高木刑事らと合う。そこで殺人事件があったことを知り、コナンたちは学校へ行く途中、この辺りであやしい人影を見たことを思い出す。グレーのパーカーを着たその男の顔を歩美が覚えていた。被害者の持っていたアルバムから、その男が被害者の同僚で加藤彰だと判明。早速、加藤が居候しているという友人の家へ向かうと、そこは何と千葉刑事のマンションだった。しかも朝７時から千葉は加藤に起こされて、８時まで一緒にテレビを見ていたという。そこで由衣が加藤に向かって激怒。どうやら加藤は由衣の元カレらしい。だが加藤の完璧なアリバイを崩すことはできず…。

まもなく、その男は被害者の同僚・加藤彰だと判明した。しかし、加藤は千葉刑事のマンションに居候しており、犯行時刻に千葉と一緒にテレビを観ていたという。これに千葉も同意した。殺害現場までは車で１時間以上かかる。しかし、寝室、台所、そして玄関の掛け時計を見たコナンは、やはり犯人は加藤だと確信。だが、トリックも証拠も見つからない。さらに寝室やごみ袋を探すが、不審な男が着ていたパーカーも黒いリュックも見当たらない。

加藤が千葉と一緒に見ていた番組は『朝生セブン』。死亡推定時刻と同じ７時から放送しているが、コナンはケーブルテレビでも朝９時から放送していることを発見した。つまり、朝７時過ぎに現場で仲本を殺害し、千葉の家へ戻って、千葉を起こせば偽のアリバイを作ることができるのだ。昨夜、２人で酒を飲んでいたのも、千葉を寝坊させる作戦かもしれない。

しかし、『朝生セブン』を８時まで観た後、加藤は千葉と６時間ビデオを観て、午後２時から放送していた野球中継を観ている。そこに高木たちが訪ねてきたというのだ。千葉の側にいなかったのは千葉が風呂に入っていた30分だけ。どうしても時間があわない。だが、コナンは２台のビデオがあることに着目し…。

犯行日、午後１時に北村の工場を訪れた南田が北村に土下座しているところを従業員に目撃されている。しかし、ひとつ問題があった。背の高い人間が低い人間を刺すとき、ナイフの角度は斜め上になるのだが、北村の胸に刺さっていたナイフの角度は斜め下。身長166cmの北村より20cmも背が高い南田の犯行ではあり得ないのだ。被害者は正面から刺されており、隙を突かれたとは考えにくい。しかも南田は右足首を捻挫し、ギプスで固定していた。そこで高木刑事は再捜査をしているという。

現場の社長室を見回したコナンは被害者が老眼鏡をしていたことに気づく。そして遺体の側に整然と並んで残されているスリッパ。ここからコナンはトリックを解明するのだが…。

まもなく、誘拐されたのは堂本正三郎という金属加工会社の経営者であることが判明。早速、目暮警部とともに小五郎、コナンが自宅に行くと、娘婿の秋成と妻の光子、そしてお手伝いの昌代が悲痛な面持ちで犯人からの連絡を待っていた。秋成らは警察がきたことに驚くが、犯人が事故死したことを知りぼう然とする。正三郎が最後に薬を投与したのは朝の９時。現在、時計はすでに３時30分を回っている。光子によるとすぐに容態が急変する訳ではないが、８時間以上間をあけると絶望的だという。タイムリミットまで後１時間30分。

目暮警部が事件の経緯を聞くと、午前９時に父の注射を打った光子が外へ出かけると、正三郎は９時30分ごろ散歩へ。10時に秋成が自分の書斎へ入ってから１時間後、犯人から電話がかかってきたという。

そこへ目暮警部に事故死した男、平野猛は一週間ほど前、誰かに何かを頼まれ、その報酬を前金でもらっていたという連絡が入る。そこでコナンは犯人の本当の目的に気づき…。

歩美たちはこの屋敷の目の前にある沼で石の箱を見つけたという。石の箱を見た阿笠は石灯籠の火袋の部分だと指摘。そして、沼の中を良く見ると、灯籠と思しき無数の石が沈んでいた。この光景を見たコナンは、灯籠に記された暗号を解読されてお宝を横取りされないように誰かがまとめて沈めたと推理。元太たちはお宝と聞いて驚きの声をあげる。

さらにコナンは沼底の男性の手に気付く。灯籠を沈めたのは殺人を隠すためでもあったのだ。沼から引き上げた遺体は玉井照尚というトレジャーハンター。コナンは状況から見て玉井は絞殺され、沼に沈められたと推理する。玉井のズボンの折り返しには炎と刻まれた勾玉が入っていた。阿笠は携帯が圏外で警察に連絡が取れないため、テントに戻る。

歩美、光彦、元太は暗号を解読してお宝を探そうと言い出す。この後、哀は玉井の手帳を発見。手帳には、日本各地に散らばった財宝の資料や地図のほか、使える相棒と組めたし、これならあのキザなコソドロを出し抜けるというメモが書かれていた。一瞬、コナンの脳裏に怪盗キッドの姿が過る…。そして、コナンは石に刻まれた文字が江戸時代のカラクリ人形師、吉右衛門の暗号と気付き、カラクリ屋敷に隠されたお宝を探すことに…。

そんな元太を救う人物がいた。トレジャーハンターの須藤雲造だ。須藤は目に見えた物を鵜呑みにすると危険だと助言。コナンたちは警戒しつつも仕掛けに詳しい須藤と行動を共にする。一行が歩を進めていくと前方に橋のかかった川が流れていた。須藤は橋の仕掛けを簡単に見破り、２階へと上がっていく。

その直後、暗闇からナイフが飛んできて元太の肩口の板壁に刺さる。ナイフを投げたのはトレジャーハンターの推沙利奈。よく見るとナイフの先には毒蜘蛛が…。沙利奈は元太を助けてくれたのだ。宝を求めてコナンたちは梯子を登って最上階へ。だが３階には何もなく、歩美は宝が屋根の上にあると推測。上へ続く梯子に元太が手をかけた瞬間、コナンは罠だと気付き、声を上げる。

しかし、間に合わずに元太、光彦、歩美、哀は開いた床下へ落下。コナンは道具を使って元太たちを救い、なんとか屋敷の最下層へ降り立つ。この後、沙利奈と須藤も後を追って地下へ。一行が地下をライトで照らすと一面にガイコツが浮かび上がり、その中に老婆を発見。近づくと老婆の千住えりは突然…。

須藤の案内で一行が地下の出口に向かうと八つの滝を発見する。滝は赤味を帯びた温泉水で湯気がたっている。コナンは８つの頭と尾を持つ伝説の大蛇と滝をダブらせ、支流の何処かに剣があると推理。そして、元太が支流の先を調べようと壁に手をつけると、壁の一部が凹み、水位が下がり始める…。

水路の水は無くなり、奥へ通れるようになる。すると、千住が元太を突き飛ばして奥へと走っていき、須藤、沙利奈もその後を追う。水路の出口には空間が広がり、中央に剣が突き刺さった石の台座がある。千住が剣に近づこうと一歩踏み出した瞬間、刃が襲い掛かる。千住は間一髪で刃をかわして水路に戻る。一行は、床に重さを加えると刃が襲ってくる仕掛けに戸惑う。

しかし、コナンは逆に仕掛けを利用して台座へ降り立つ。剣には「竜」と刻まれている。勾玉の「炎」、石鏡の「永」、そして剣の「竜」、文字は全て揃うが誰も暗号を解読する事ができない。もう一度、宝を探すという須藤、沙利奈と別れ、コナンと千住は屋敷の外へ。そして、千住が森に去っていくと、哀はコナンに宝の在り処を教えてと言う。実はコナンは暗号を解いていたのだ…。

遺体は借主で消費者金融のOL、小沢文枝。悦子は怪しい男と文枝が写った写真を室内で見つけ、その男が犯人と主張する。が、首を吊って遺書もある状況から木下は自殺と判断。死亡推定時刻は昨夜の６時から８時の間で、悦子が見た男が犯人なら殺害後、13時間以上も遺体と一緒にいた事になる。

この後、小五郎はパソコンのメールで送られた遺書を確認する。送信先は文江と同じ課の主任、清水良太で、送信時間は昨日の夕方５時45分。会社の３千万円を横領し、死んで償うという内容だった。そんな中、コナンは机上のアルバムに気付く。アルバムは一箇所だけ写真が剥がされ、白い粉末が付着していた。コナンが調べると、白い粉の正体は片栗粉と判明する。

小五郎は自殺と結論を出すが、警察の調べで清水と写真の男は同一人物と判明。休暇中の清水を呼び出して話を聞く事に。悦子が姿を目撃した時刻は空港ロビーにいて、殺害時刻は広島で小学校のクラス会に参加していたと清水。この後、アリバイは確認されるが、それでも悦子は清水が犯人と主張して…。

伴子は不倫相手から非通知で電話がくるため、連絡先を知らないと説明。週末には必ずメールが届くという。伴子が携帯を無くした事に気付いたのは一昨日の夜で、携帯に電話すると誰かが出て無言で切れたらしい。その時、義父の尺八が電話から聞こえたため、伴子は家の誰かが持っていると判断したという。

小五郎は伴子の同級生と偽ってコナン、蘭と調査を開始。義父、大策の部屋へ行き、蘭が伴子の携帯を鳴らすと大策はブルッと震える。が、それは厠が近かったためで、携帯はコールを受けてすぐに切れたという。大策が席を立った後、伴子は大策の話をしながら12年前の事件…と口走るが、すぐに誤魔化す。

小五郎たちは小説家の弟、滋英やイラストレーターの夫、嗣貴の部屋にも行くが２人とも疑わしい点はない。この後、玄関のチャイムが突然鳴り続ける。コナンが玄関に走ると、そこには外を見回すハウスキーパーの加藤、中村の姿。玄関を開けると誰もいなかったという。そこへ携帯が見つかったという伴子が現れ、調査は終了するが…。帰り道、阿笠の家に立ち寄ったコナンは、堤無津川沿いに停車中の車内で伴子の遺体が発見されたというニュースを目にする。

目暮は伴子の不倫相手のメールを見た時、動機に繋がるのは夫の嗣貴と推理するが、中村は浮気には大策も敏感と発言。12年前、三男の叡祐が恋人の素花を泊めたいと自宅に電話した時、素花が浮気している事に気付いていた大策は激怒。その後、素花は何者かに殺害され、叡祐は行方不明になったという。

目暮たちは滋英にも動機があると判断、３人に犯行時刻となる午後７時半のアリバイを再度確認する。その時間、中村と加藤が夕食を３人の部屋の前に運ぶと、大策は障子越しに「今日は珍しくカレーライスか」と言い、滋英は障子越しに手を上げ、嗣貴は返事をしなかったがパイプの煙の匂いがしたという。

中村たちは直接３人の姿を見ていないが、３人は部屋にいたと言い張っている。この後、嗣貴が玄関のチャイムを鳴らす悪戯に腹を立てていた事が判明。加藤によれば、以前から電話の悪戯もあり、この日も午後８時過ぎに１度鳴って切れる電話があったという。それを聞いたコナンは蘭に先ほどメールを送ったかを確認し、蘭が認めると犯人の目星をつける…。

その時、蘭は勝手に携帯を見る事に罪の意識を感じる。が、真実を知りたいという願望に負け、蘭が電源を入れると画面にダイヤルロックの表示。蘭はロックを解除しようと４桁の暗証番号を思案する。蘭は新一や自分の誕生日を入力するが失敗。１万通りある暗証番号を順番に入力する方法も途中で諦める。

この後、外で車のクラクションが鳴り、蘭は車を確認。「46-49」（ヨロシク）という車のナンバーを見て蘭は半年前の事を思い出す…。半年前、蘭は新一と映画を観に行く。帰りのバスで新一は車を見てブツブツと独り言を言う。新一は車のナンバーからゴロ合わせを考え、暗号を解く練習をしていたのだ。

２人が話をしていると黒い車がバスを追い抜く。黒い車のナンバー「し15-64」を見た新一は次のバス停で外へ飛び出し、蘭も訳がわからないまま後を追う。新一は黒い車を追おうとするが既に見失った後。その時、路地から警官が偶然現れる。新一は偽造プレートをつけた黒い車の事を警官に報告。新一は偽造プレートから犯罪を計画していると推理するが…。

男は右手に拳銃を構え、左手で「バッグに宝石を詰めろ」と書かれたスケッチブックを見せる。高木は警察と名乗るが、強盗犯は笑った後、ブローチをポケットに入れ、宝石を入れたバッグを持って逃亡。高木、コナンらにビル屋上へ追い詰められた男はフェンスを越え、道路のトラックの屋根に落下する。

男は運送屋のトラックの上で頭から血を流して死亡。高木は現場保存を引っ越し中の運送屋に要請。この後、高木は引っ越し主の猫田栄信にも同じ事を頼む。男が飛び降りた事にコナンが疑問を抱く中、佐藤刑事と白鳥警部が現場検証を行う。コナンは男のポケットからブローチが無くなった事、ヘルメットを被っていたのに頭から大量の血が流れた事など、他の不可解な点にも気付く。

この後、強盗犯は猫田の会社に勤める後村と判明する。猫田は会社縮小のため、会社創立の時から働く後村を先週解雇したと説明。引っ越しも会社縮小のためという。一行は男が飛び降りたビルの真向かいに位置するビル９階の元オフィスとそのビルの５階の猫田宅へ向かう。そして、６階に住む伊坂や運送屋に話を聞いたコナンは猫田が事件に関係していると推理するが…。

光彦らは後村の身投げを知る前に、なぜ私服姿の高木を刑事と知っていたかと猫田に訊ねる。さらに光彦らは子供である自分たちが自宅に入って来た時になぜ怒らなかったかと猫田に質問。大人なら刑事と思うが、子供が入ってきて疑問を持たないのは事件に関わった証人と知っていたからだと指摘する。

高木は自分が刑事という事や子供も事件に関わっている事を事前に知っていた猫田を宝石強盗犯と疑い始める。猫田は動揺するが、自分が犯人なら飛び降りた後、どこに消えたのかと反論。続けて、猫田は51歳という年齢では刑事を振り切って屋上に駆け上がれないと自分の無実を訴える。

すると歩美の探偵団バッジからコナンの声。犯人の飛び降りたビルから連絡を入れるコナンは、猫田がトライアスロンをやっていた事から刑事を振り切る事は容易だと指摘した後、屋上へ移動する。コナンは伊坂が数日前の深夜２時頃に聞いた「ドスン」という変な音とカーテン越しに細長い棒のような影を見たという証言の謎が解けたと説明。この後、コナンは元の会社のベランダの手すりに通したロープを使い、犯人が投身後に消えたトリックを暴く…。

謎解きが行われる場所は曾祖父の家「天使の館」。ユリコが母も暮らしていた家を見たいと話していると、そこへ時計が現れ、一同を森の奥にある館へ案内する。敷地内には東西南北の位置に４つの尖塔があり、その上に天使の像。伊勢川が息を引き取ったのは北の館で、東の館は仕事場、南の館は移住した当時は子供と使用人が使用し、薄汚れた西の館には近づいてはいけないという。

各館の屋根裏にミノタウロスの彫刻があるほか、ドアノック、窓の飾りなど、館の至る処に牛を使用。敷地の中心には荒ぶる牛の館が建てられている。時計が館の案内を一通り終えたところで、コナンは謎に関する話をして欲しいと要求する。が、時計はまだその時ではないと話し、一同は夕食を済ませる。

そして、午後９時になると、時計は「ウシのツノが消え、尾が頭となる時、天使が舞い降りて笛を吹く。その調べこそ、我が宝なり」と謎について一同に説明する。タイムリミットは翌日の午後９時。時計の言葉を頼りに元太と光彦が謎を解こうと単独行動を始めた頃、灰原と歩美も謎解きに動き出すが…。

地下に広がるのは鍾乳洞のような迷路。少年探偵団は仲間割れを起こすが、すぐにユリコを助けるために団結。この後、コナンは迷宮が西の館まで続くと推理する。そして、コナンらはミノタウロスの神話から糸を垂らしながら進めば、迷わずに出口まで辿り着けると考え、洋服から毛玉を作って実行に移す。

黒水晶を見つめていたコナンが次の謎を解いたと言った直後、ようやく出口を発見する。迷宮の出口、西の館の暖炉から出てきたコナンらを待っていたのはユリコと時計だった。コナンらは時計がユリコを誘拐したと思っていたが、時計は塔の仕掛けからユリコを助けただけと弁解し、一同の誤解を解く。

時刻は午後６時。タイムリミットの午後９時まで３時間しかない。次の謎を解いたコナンだったが、財宝を拝むのは不可能だと発言。南の天使の塔を開けるには今夜の午前０時を待たなければならないと説明する。そして、時間が経過して午後8時に。一行は南の天使の塔の扉を開ける方法を思案するが…

被害者は大久保岩男。ニッコリ笑いながらVサインをして亡くなっていた。桜田は広松に第一発見者として用紙に必要事項を記入させ、彼の職業がお笑いタレントとわかる。書き終えた用紙に目を通した桜田は広松を睨みつける。広松が動揺していると、本庁の高木刑事が現場に到着する。

コナンは高木に声をかけ、桜田が広松を疑っている事を教える。そこへタクシーに乗って安永事務所の安永雪子と俳優の水原良二が駆けつける。大久保は水原のマネージャーで、偶然にも水原と広松は同じアパートの隣り同士。昨夜、大久保は水原の部屋を訪ね、水原と今後の仕事について話し合い、朝４時半に部屋を後にしたという。その10分後に大久保は殺害されたのだ。

この後、凶器の鉄パイプが現場と消防署の間にある上高田橋の下で発見される。桜田は広松が消防署へ向かったのは凶器を処分するためと疑う。さらに桜田は被害者の亡くなった時の姿はダイイングメッセージと説明。広松の芸名、にっこりピースを伝えるものだと桜田は推理するが…。

様子がおかしいと気付いた蘭と和葉が心配して舞台へ駆け上がった直後、星河が水槽から脱出に成功する。閉演後、蘭と和葉は楽屋へ行き、舞台に上がった事を謝罪。星河が快く２人を許すと、そこにマジシャンの範田力、姫宮展子が現れる。星河、範田、姫宮は10年前に姿を消した謎のマジシャン、Mr.正影の弟子で、姫宮は誰が正統な後継者かをはっきりさせようと言い出す。

範田は正影の家で相談しようと提案。この日は正影が10年前に消えた日だった。そして、範田に誘われてコナンらも正影の家へ行く事に。一行は正影の妻、満里に迎えられて邸内へ。昔、３人はこの家に住み込んで正影の特訓を受けていたという。この後、満里は夕食の仕度に取り掛かる。夕食ができるまで家の中を回るという姫宮。範田は疲れているので部屋で休むという。

この後、夕食ができあがり、星河は蘭、和葉と一緒に姫宮がいそうな２階の正影の部屋に向かう。星河は部屋のスイッチを押すが灯りは点かない。すると突然、邸内の全ての明かりが消えてしまう。１階のコナンがブレーカーを上げると邸内は明るさを取り戻す。その直後、星河らは廊下の先で頭から血を流して倒れる姫宮を発見する…。

しばらくして目暮警部と高木刑事が現場に到着。犯人は資料庫のネタ帳を盗んだ後、停電を利用して正影の部屋の窓から逃げる計画だったが、姿を見られたため、姫宮を殺害したと平次は推理する。そして、平次は停電中に姫宮の遺体を廊下に引っ張り出せた星河にも疑いの眼差しを向ける。だが、和葉は停電中、星河に抱きついていたと説明し、星河の身の潔白を証明する。

停電中、範田は資料庫の真下の部屋で仮眠。満里は範田を起こすため、部屋の扉を開けた時に停電になったという。目暮は範田と満里にも犯行は無理と考える。そして、目暮が正影に恨みや妬みを持つ人物はいないか訊ねると、満里は正影にマジックをパクられたと怒る人物が５年前に家に来た事を明かす。さらに事情聴取が続くと、満里は正影のクリスマスツリーのマジックは評判が良かったと言ってからハッとした表情に。範田と星河もドキッとした表情になる。

この後、平次は５年前の人物が写る写真を探すため、アルバムを確認しようと提案する。平次は正影がクリスマスツリーのマジックを披露する写真を発見。ツリーの場所は姫宮の遺体があった場所と同じだった。そして、コナンは若い頃の範田、星河、姫宮が一緒に写る写真を見て、ある事に気付く…。

この後、目暮、コナンらは、範田が仮眠していた部屋へ行き、停電した時の状況を満里と範田に訊ねる。満里は１分ぐらいじっとしていたと説明。範田から目が暗闇に慣れるまで動かない方が良いと言われたという。コナンと平次は部屋にある小窓から外へ出る事は無理と考え、２人の犯行は不可能と判断する。

その時、庭の窓のところに千葉がやってくる。千葉は庭の植え込みの枝が何本か折れている事に気付き、周りに足跡も発見したという。犯人は姫宮の遺体を廊下に置いた後、正影の部屋の窓から飛び降り、植え込みに着地して逃亡したという平次の最初の推理が正しいと目暮は考える

そして、目暮は付近で不審な人物の目撃情報はないか、千葉に聞き込み捜査の指示を出す。その直後、コナンと平次は窓ガラスに映った自分たちの顔を見てハッとした表情になり、しばらく窓ガラスを見つめる。この後、平次は姫宮を撲殺した犯人がわかったと目暮に告げる…。

蘭は園子に連れられ、一座が稽古中の米花シアターへ。そこに片岡コンツェルン会長の片岡半四郎、秘書の大貫宗一が現れる。片岡はれんげを外へ連れ出そうとする。片岡はれんげの父親で、れんげは半年も家出していたという。３日後に公演初日を控え、役者たちは困惑。すると玉之助はれんげが戻るまで、蘭をかぐや姫の代役に。結局、片岡はれんげを強引に連れ帰ってしまう。

だが、れんげが戻らないまま公演初日を迎え、上演時刻の午後２時まで３時間に迫る。玉之助はれんげを迎えに行くと言い出し、コナンと蘭も一緒に片岡邸へ。コナンらがインターホンを押すと高木刑事の声。応接間に通されると目暮警部や小五郎らが待機していた。昨夜かられんげの消息がつかめないという。

この後、一同が囲んでいたノートパソコンに映像が配信される。映像には倉庫のような場所に猿ぐつわをされ、縛られた状態のれんげの姿。そして、身代金１億５千万円を要求する文字。午後２時までに用意して、秘書に指定する駐車場に運ばせるようにと指示が出る。れんげは何者かに誘拐されていたのだ…。

一方、警察の捜査も同時に進行。大貫は身代金を持って指定された駐車場へ向かう。大貫は犯人の指示に従って指定された車に乗り換える。すると犯人から携帯電話に連絡が入り、大貫は通りを北進するように指示を受ける。目暮と高木は覆面パトカーに乗って大貫の車を追走する。

コナンらは再び監禁場所の倉庫を調査。玉之助は、狂言を手伝った人物が本物の誘拐犯になったと推理し、コナンも同意する。そしてコナンは窓から外を眺め、ある事に気付く…。大貫は犯人に追走する覆面パトを巻くように指示を受ける。一旦、巻かれた覆面パトが大貫の車に追いつくと、犯人に身代金を奪われた後だった。人質は安全を確認してから返すという。

コナンらは大貫が襲われた現場へ行き、目暮らと合流する。場所が袋小路だったため、目撃者はいないという。コナンは現場脇にある商店街に数台の防犯カメラが設置されている事に気付く。コナンらは商店街事務所で防犯カメラの映像を確認。犯行現場は映っていなかったが、コナンは犯人の目星をつける…。

コナン、少年探偵団、哀は阿笠と森へ昆虫採集に出掛ける。昨夜は天灯祭りがあったため、山中にはゴミが散乱。近くの神社の鳥居から八百万の神々を模した山車が出発したのだ。この後、昆虫が採れないでいると、阿笠はお宝を用意していると言って「マルムシニテント」という暗号が書かれた紙を取り出す。 元太たちはコナンに阿笠の暗号を解いてもらおうとするが、哀は頼るのは良くないと発言。元太らは自分たちで暗号を解こうと試みる。だが、コナンも暗号を解読する事ができずにいた。哀と阿笠がコナンをバカにしていると、園子からコナンの携帯に女性の水着姿の写メールが送られてくる。 その直後、園子と海に行っている蘭から携帯に連絡が入り、コナンは変声機を使って新一として電話に出る。蘭は写メールの画像を消してとお願いしてくる。水着の女性は蘭だったのだ。この後、元太が丸虫温泉旅館という建物を見つけるが、既に旅館は潰れていた。暗号が解けない元太らは降参してしまう。 だが、コナンだけは暗号を解こうと考え込んでいる。すると、コナンの携帯に再び蘭から連絡。蘭は同じホテルに宿泊する見山という男性が殺害され、自分たちも襲われたと助けを求めてくる。見山の宿泊する部屋の窓ガラスには「ｔｅｉｕ」という文字が書いてあったという。コナンはその暗号を解読して…。

コナンらは阿笠の出した暗号「マルムシニテント」をなかなか解く事ができない。そんな折、園子の携帯からコナンの携帯にメールが届く。送り主は園子のバッグを拾った人物。ひったくり犯は財布だけ盗んでバックを捨てたらしい。だが、コナンは電話ではなく、メールを送ってきた相手の行動が腑に落ちない。 コナンは変声機を使って新一として蘭に連絡。コナンは携帯の電池がきれそうと慌てる蘭にバッグを拾った人物から連絡があると思うと伝える。その時、警察署にいた蘭は、これからホテルに帰るとコナンに説明。蘭と園子は殺害された見山の友人、嘉納にホテルまで車で送ってもらうという。 この後、コナンは歩美が何気なく口にした言葉からヒントを得て、阿笠の暗号を解読する。だが、敢えて解読した事を告げず、元太や光彦、歩美が答えるように導いていく。そして、ついに元太らは自分たちの力で「ムラマツリノトリイ」という暗号の答えに辿り着き、早速、お宝のある神社の鳥居へ向かう。 鳥居の柱には樹液が塗られていて、たくさんの昆虫が群がっていた。元太らがお宝を見つけて大喜びする中、阿笠は暗号を考えた時の状況を回想。阿笠の話を聞いていたコナンは、突然、表情を一変させる。コナンは、見山の宿泊した部屋の窓ガラスに残された「ｔｅｉｕ」という暗号の本当の意味に気付き、蘭の携帯に連絡を入れるが…。

小五郎は自らの体験を「名探偵マグレ」の脚本家３人に話す事になり、コナンと共に日売テレビへ。同局の会議室には、番組の井上涼子プロデューサーと脚本家の佐久間晃、香田杜夫、八神譲二の姿。打ち合わせ前、八神は飲み物がないと言い出し、新人の香田は３人の飲み物の注文を受けると給湯室へ向かう。 八神が香田の批判をしていると、当の香田がコーヒー３つと自分が飲む日本茶１つをトレイに載せて戻ってくる。この後、局内の喫茶店で時間を潰す小五郎の携帯に涼子から連絡が入る。小五郎とコナンが会議室へ向かうと、そこには苦悶の形相で絶命する八神の姿。遺体の傍らにはカップが転がっており、小五郎は青酸系の薬物による毒殺と判断する。 駆けつけた目暮警部は、八神のコーヒー以外から毒物は検出されなかったと明かした後、飲み物を用意した香田に状況を訊ねる。香田は、コーヒーの１つを涼子の前に置くと、涼子がミルクを入れる事を思い出して給湯室へ戻ったと説明。その後、佐久間と八神が同時にテーブルのトレイからコーヒーを取り、八神は一口飲むと苦悶して倒れたという。 そして、捜査を進めていくと、香田が番組を降ろさせようとする八神を憎んでいた事が判明。一同は香田に疑いの眼差しを向けるが、物証が見つからない。そんな中、コナンは香田が八神に毒入りコーヒーを選ばせたトリックの謎を解こうとするが…。

コナン、少年探偵団、灰原はC組の紺野由香の家へ青いインコを見に行く事に。由香の父親は２年前に亡くなり、母親も仕事で家にいないという。だが、誰もいないはずの自宅から坂口慎也が出てくる。坂口は由香にあいさつするが、由香は知らない人と言って素っ気ない態度を取る。 坂口は米花大学工学部の研究所に勤務し、由香の母親の友人と説明。仕事で遅くなる母親に頼まれて由香と夕食を食べる事になっていたという。だが、由香は坂口を無視して皆を部屋に案内。由香はインコを皆に見せながら、ある異変に気付く。インコが小さくなっている上、いつもは「お帰り」と言うはずなのに何も言葉を発さないという。そんな由香を見て、坂口はひどく動揺する。 灰原は坂口がインコを逃がしてしまい、ペットショップで似たインコを買ってきたと推理。由香がキッチンへ行った後、灰原がその事を訊ねると坂口は慌てて否定する。そこに急遽仕事が早く終わった母親の雅子が帰宅。だが、坂口は逃げるように家を出て行く。その姿を歩美、元太、光彦は不審そうに見送る。 歩美、元太、光彦はコナンらと別れた後、ペットショップへ行き、坂口の似顔絵を店員に見せる。店員は坂口が２時間前に青いインコを購入したと明かす。坂口は死んだインコを見せ、似たインコが欲しいと言ったという。翌朝、歩美らは由香から坂口が薬品の研究をしていると聞き、毒薬を思い浮かべる。歩美らは３人で真相を解明しようと決意し、坂口の勤める研究所を訪れるが…。

小五郎は国友家の執事、赤塚賢造から悪霊の呪いを解いて欲しいと依頼され、コナン、蘭と屋敷へ。事の発端は2年前に国友淳大が見た悪夢。半年後には淳大を乗せた車が事故になりかけ、淳大は心臓を患う。そして、昨年の正月明けに「我が目覚める前に、罪を悔い改めよ…我は5人目の魂…」という謎のカードが届いた後、何度か奇妙な事があり、その全ては4日に起きているという。 蘭が明日は10月4日と気付いて間もなく、車は国友邸に到着。丁度、シェフの先崎波花が買い足しに出掛けるところだった。赤塚は国友が病院に行く時間を運転手の綿引に伝える。この時、コナンは綿引が潔癖症と気付く。小五郎たちを玄関で迎えたのはハウスキーパー頭の先崎茂子。そして、淳大の待つ3階へ向かう途中、波花の母親、茂子は先端恐怖症で、赤塚は完璧主義とわかる。 3階の鉄の扉には指紋認証式インターホン。指紋を登録した家の者でないと、呼び鈴は鳴らないらしく、外から扉を開けられるのは淳大だけという。赤塚は呼び鈴を鳴らし、淳大と妻の安栄、セキュリティ会社社長、関口俊道が姿を現す。小五郎は淳大から改めて調査を頼まれ、屋敷内を見て回る事に。 夜、コナンらはダイニングで夕飯。この時、波花は高所恐怖症で、２階以上の窓に近づけない事がわかる。２階に用意された部屋で小五郎、コナン、蘭は、これまで起きた５つの事件について話し合い、4日は全て仏滅だった事に気付く。しかも明日の10月4日は仏滅だった。その時、ベランダから物音。3人はベランダで靴を発見した後、3階のベランダで首を吊る関口の死体を見つける。

13年前、国友淳大の船が沈む海難事故があり、屋敷で働く全員が家族を亡くしていた事が明らかになる。茂子はシェフの夫を亡くし、娘の波花が後を継いだという。綿引は運転手の父と弟、赤塚はハウスキーパーの妻を亡くしていた。事情を聞いた小五郎、横溝警部は遺族の誰かが関口を殺害した犯人と推理する。 コナンは、高所恐怖症の波花は関口が殺害された３階のベランダに近づけないため、犯行は難しいと考える。同様に先端恐怖症の茂子はベランダ下に鉄柵の鋭い先端が見えるため、潔癖症の綿引は犯行時刻に国友と安栄を乗せた車を運転中だったため、完璧主義の赤塚も事件に関係するカードの字が斜めに傾いていたため、それぞれ犯人の可能性は低い。 だが、コナンは癖や症状があるフリをしているだけかもしれないと発言。横溝は関口らの事情聴取、指紋採取を個別に行っていくが、犯人に怯える淳大は10月４日が終わるまで誰にも会わないと３階の部屋に籠ってしまう。締め出された安栄がインターホン越しに淳大と話していると、中からノックする音が聞こえ、その直後に淳大の苦しむ声が聞こえる。 コナンは淳大がいる部屋の真下にある２階の部屋へ向かう。すると、３階のベランダからロープが垂れ下がっていた。コナンはそのロープをよじ登って３階ベランダへ。部屋の中には左手を伸ばしたまま息絶えている淳大の姿。足元には薬の瓶と薬を踏み潰した後が残っていた。コナンはまだ犯人が部屋の中にいると考えるが…。

淳大の部屋で見つかった犯人と思しき人物の指紋は屋敷で働く誰とも一致しなかったため、安栄、茂子、波花は一旦自分の部屋に戻る。この後、コナンが関口の住所を知りたがり、綿引は手帳を調べて横浜と教える。偶然、横溝警部の弟、重悟が神奈川県警に勤務していたため、横溝は重悟に連絡を入れる。 すると13年前の9月26日に関口が働くセキュリティ会社の社長が失踪した事が明らかに。それを機に関口は社長の後釜に入ったという。そして、失踪した日の３日後の29日に淳大の船が沈んだ事実に驚く一同。この後、コナンらは癖や症状が本当なのかを確認するため、屋敷で働く人たちの部屋を廻る。 茂子の部屋のカレンダーには４つの印。茂子の夫と綿引の父親、赤塚の妻は小学校の同級生で、家族の誕生日祝いはいつも合同だったらしく、20年前に綿引の母親が亡くなる前は８つの印があったという。そして、波花は小４の時に木から転落して高所恐怖症になり、その時、波花を受け止めた綿引は手を切る大ケガをしたと説明。ずっと亡くなった弟が助けたと勘違いしていたという。 続いて、コナンらは綿引の部屋へ行き、綿引に手の傷跡を見せてもらう。さらに赤塚の部屋を廻るが、４人とも特に気になる点は見つからない。捜査が一段落すると、蘭はペアルックのパジャマを購入した事をコナンに告げる。蘭の言葉に聞いたコナンはハッとした表情になり、犯人の目星をつける…。

成田空港で黒っぽい服を着た男女がタクシーに乗り込む。２人は米花町と行き先を告げ、運転手はタクシーを発車させる。一方、コナンらは歩美が見つけたかわいい新築の家を見に行き、不動産屋の社員、深瀬に中も見学させてもらう。３階のグルニエ（屋根裏部屋）には斜面の壁に天窓があり、コナンはその窓から毛利探偵事務所の２、３階の窓の一部が見える事に気付く。 ２日後、コナンらは歩美からあの家が売れた事を聞かされる。年寄り向けの造りではないにも関わらず、買い主は70歳過ぎの老夫婦だという。その事が引っ掛かったコナンは再び家に足を運び、郵便受けに宇土久（うどひさし）と書かれた紙の表札を見つける。すると、後ろで光彦の声。光彦、元太、歩美もコナンと同じ事が気にかかって様子を見に来ていたのだ。 その時、家のドアが開き、白髪のおばあさんで出てくる。その後ろにはおじいさんの姿。おばあさんは町の事を教えてほしいとコナンらを家にあがるように促す。そして、外出するおじいさんが「どっこいしょ」と言って立ち上がった瞬間、おばあさんは微かに眉をしかめるが、すぐに笑顔に戻る。 おばあさんは若い時からかわいい家に住みたかったらしく、一人息子の家も近いとコナンらに話す。老夫婦がこの家を購入した疑問が解けたと光彦らは納得するが、コナンはまだ何かが引っ掛かって釈然としない。夜、コナンが小五郎、蘭と共に事務所の３階で夕食をとる様子を望遠カメラで撮影する人物がいた。それはグルニエの家に住むおばあさんとおじいさんだった…。

福引で旅行を当て、出雲へやってきた小五郎、コナン、蘭は出雲大社を参拝中に参道前にある旅館の娘、江角栄子と知り合う。栄子は神楽殿にある縁結びのシメ縄の話をした後、自分にも縁談話があると告白。相手は手広く事業を展開する鰐淵耕司という男性で、好きではないが、断れない事情があるという。 この後、栄子はコナンらを古代出雲大社模型展示館に案内。見学者に解説する職員、福間良介は栄子の幼馴染みだという。福間を見つめる栄子の姿から、コナンらは栄子が福間に恋心を抱いていると察する。翌日、小五郎らが再び大社を参拝しているとパトカーが裏手方向へと走っていく。小五郎らが後を追うと八雲滝の脇には、背中に短刀の突き刺さった男性の遺体が転がっていた。 被害者は栄子の結婚相手、鰐淵だった。第一発見者の通報を受けて島根県警出雲北署の山根刑事が現場に駆けつけたのは午後２時。死後１時間前後と推定され、鰐淵の腕時計は午後１時５分で停止していた。山根は犯人が時価１千万円の刀を狙った強盗殺人と推理。午後１時前、鰐淵は骨董品店から借金の担保に預かった刀を持っていたが、遺体が発見された時に刀は無かったのだ。 夕方、小五郎らが稲佐の浜へ行くと、少し離れた砂浜で遊ぶ親子が慌て出す。豪華な布袋に入れられた刀が砂から半分出た状態で埋められていたのだ。この後、埋められた刀は鰐淵が奪われた物と判明。コナンは犯人が刀を盗んだのはカムフラージュで、本当の狙いは鰐淵の命を奪う事だったと推理する。そして、怨恨の線から栄子、福間を含めた４人の人物がリストアップされるが…。

警察は鰐淵耕司を殺害した容疑者として、石飛一也、藤江竹彦、江角栄子、福間良介の４人をリストアップ。栄子と福間のアリバイに偽りがあると推理したコナンは蘭と共に旧大社駅で聞き込みをし、殺害時刻に栄子を駅で見かけたという主婦の証言を得る。そして栄子は日御碕にいたというアリバイは嘘と告白。旧大社駅にいたと嘘をついた福間を犯人と思い、栄子は嘘をついたという。 この後、福間は逆に栄子を犯人と思って嘘をついたと告白。事件の前日、鰐淵から連絡があり、栄子は明日の午後１時半に八雲滝に来るように言われたという。話を聞いた福間は当日、栄子の代わりに八雲滝へ。福間は鰐淵の遺体を見つけ、そこで栄子のペンダントを拾ったと明かす。そのため、福間は栄子を犯人と思ったようだが、栄子はペンダントを数日前に紛失したという。 結局、福間が現場から刀を持ち去ったのは、強盗の犯行に見せかけて、栄子を庇うためだった事が明らかに。これで、鰐淵殺害の犯人は石飛と藤江の２人に絞られる。コナンは犯人がワザと栄子のペンダントを遺体の傍に残したと推理し、ペンダントを失くした前後に石飛か藤江に会ったか、栄子に訊ねる。 栄子は数日前に藤江が旅館に来た事を思い出す。栄子がペンダントの紛失に気付いたのは、その後だったという。だが、殺害時刻、藤江は松江城に居たアリバイがあり、城内の芳名簿には藤江の直筆の署名と１時５分という来場時刻が残っている事が確認されている。この後、小五郎らは芳名簿を確かめに松江城へ。そして、コナンは芳名簿を見てある事に気付き…。

コナンら少年探偵団は、阿笠の自宅で子供が書いた葉書を見つける。それは阿笠が40年前の小６の時に女の子からもらった手紙だった。光彦にラブレターと冷やかされ、阿笠は照れながら当時の事を回想する。小６の阿笠は夏休み明け、遅刻しそうになり、いつもの通学路と違う近道を通る。その時、阿笠は大型犬を飼う野井さんの家の前で、吠える犬に怯える下級生の女の子と出会う。 帽子を被ったその女の子は小さい頃に飼い犬に噛まれて動物嫌いになったという。かわいそうと思った阿笠はハムスターを飼う蝶野さんの家に彼女を連れて行き、動物嫌いを克服させる。以来、阿笠とその子は仲良くなるが、11月末に彼女は突然引っ越してしまう。阿笠の家の郵便受けに残された女の子からの葉書には、10年後の11月24日、日没前に思い出の場所で会おうという内容が書かれていた。会えなかった時は10年毎に、その場所で待っているという。 そして、偶然にも今日は40年後の約束の日、11月24日だった。今もその子は思い出の場所で待っているかもしれないが、阿笠はその場所が思い出せない。阿笠は彼女が引っ越した10年後に犬を飼う野井さんの家、20年後にハムスターを飼う蝶野さんの家で待っていたが、その子は現れなかったという。 場所を思い出せない阿笠に皆が文句を言っていると、コナンが葉書の宛名の下に暗号のようなものを発見。そこには「4163 33 6 0ヒントは動物だよ」と書かれていた。日没までは４時間。コナンらは暗号を解いて、阿笠と初恋の女の子を再会させようとするが…。

コナンら少年探偵団は、阿笠の初恋の女性を探すため、40年前に阿笠がもらった葉書に書かれた数字の暗号に挑む。皆は暗号に隠された女性の待つ思い出の場所を東都動物園と推理し、園内を探して廻る。そして、元太らは動物の名前のプレートに記された数字から、ムササビの檻の前が思い出の場所と判断。ムササビの檻の前に佇む人に声をかけるが、結局、人違いに終わってしまう。 そして、彼女が待っている日没まで、残りは約１時間に。元太は小五郎か園子に連絡して助けを求めようと提案。小五郎はライブ中のため、コナンは園子と一緒に買い物中の蘭に連絡する。その頃、蘭はあるブランドの限定品を買う列に並んでいたが、園子がその場にいなかったため、推理を聞く事を諦める。 皆が２人の再会を諦めかけたその時、阿笠は40年前のある事を思い出す。それはイチョウの葉が舞う中、少女の帽子が風に飛ばされた出来事。阿笠はいつも帽子を被っていた少女の髪が金髪だった事も思い出す。彼女の瞳は黒かったので、両親のどちらかが外国人だったのかも知れないと阿笠は当時を振り返る。 この後、コナンは再び葉書の暗号を見て、彼女は動物を飼っていたかと阿笠に訊ねる。阿笠は小さい頃に犬を飼っていたが、噛まれてからは何も飼っていないと説明。それを聞いたコナンは暗号を解読し、思い出の場所がどこなのかをはっきりと確信する…。

通学中、歩美は松浦ハイツのオリーブの木にいる3匹の青虫を友達と言って、コナンや光彦、元太、灰原に紹介。歩美はそれぞれに名前を付け、先一昨日に太郎、一昨日に次郎、昨日に三郎を見つけたという。今日も1匹見つかるのではと話していると、コナンが４匹目を発見し、元太は青虫４兄弟と大はしゃぎ。 だが、歩美は昨日も探したのに、もう１匹見つかるのはおかしいと腑に落ちない。そこへ現れた家主の松浦仙吉は青虫を除去すると言い出す。歩美らが頼み込み、青虫は生かしておく事になるが、松浦は４日前に水をやった時、青虫はいなかったと首を捻る。その時、ハイツに住むコンビニ店員、吉川稔が帰宅。吉川から向こうにパトカーが集まっていると聞き、コナンらは現場へ向かう。 現場にいた高木刑事は１人暮らしのおじいさんが殺害され、タンスの中の数百万円が無くなっていたと明かす。そして、昼休みにコナンらが事件の話をしていると、高木と佐藤が学校にやってくる。犯行時刻の昨夜10時頃、タクシー運転手が現場を通りかかり、犯人らしき男を目撃したという。だが、運転手はその男の前で尻餅をついた少年に気を取られ、男の顔を覚えていなかった。 高木らはその少年が犯人の顔を見たと考え、コナンらに話を聞きにきたのだ。少年は寝間着のような格好で、白い野球帽を被っていたという。歩美らは、隣のクラスの三井圭一はいつも白い帽子を被り、家も現場付近と教える。早速、高木らは圭一に話を聞く。だが、圭一は犯人を見ていないと全面否定する…。

小五郎は借りた衣装を返却するため、コナンを連れて貸衣装の店へ行く。小五郎が店員と3時前に起きた地震の話をしていると、メイキャップアーチストの木島実、カメラマンの石川次郎、モデルの中村洋子が仮装して試着室から出てくる。3人はこれから知り合いのパーティに参加するという。 　この時、洋子の携帯にパーティを主催する編集者、梅田香からメールが届く。時間厳守という内容のメールで、ピエロに仮装した梅田の写真が添付されていた。木島らは30分後の５時に始まるパーティに間に合うように店を出発する。この後、パチンコに寄った小五郎とコナンが自宅に向かっていると、前方のマンション前に警察車両と目暮警部の姿。事件が起きたのは梅田の部屋だった。 　床には絞殺された梅田が倒れ、洋子らが事情聴取を受けていた。検死官は死体の状態から殺害時刻は４時半から５時の間と判断。梅田の宝石箱から指輪などが消えているという。木島らはマンションに到着した時、マンションから走り去る男を見たと証言。その後、3人は部屋で梅田の遺体を発見したのだ。 　遺体発見時、電話コードが切られていたため、石川と洋子は外で公衆電話を探して警察に連絡。携帯は梅田が嫌いなので、貸衣装の店に置いてきたという。捜査が進められる中、梅田の宝石を持った白川という男が公園で確保される。木島らが目撃した男は白川だった。だが、白川はネットで見つけた仕事の指示通り、部屋の宝石を公園に運んだだけと梅田の殺害を否認。この後、コナンはキッチンの不可解な点に気付き…。

　小五郎は日売テレビで収録された番組にゲスト出演後、沖野ヨーコに誘われ、見学に来たコナン、蘭と共に食堂へ。そこでヨーコはアナウンサーの水無怜奈を小五郎に紹介する。怜奈はピンポンダッシュに困っていると小五郎に相談。小五郎らは不審な点がないかを調べるため、怜奈の自宅マンションへ向かう。 コナンはチャイムが鳴った時の音を拾うため、ガムを使って怜奈の玄関の外に盗聴器を仕掛ける。そして、小五郎らは怜奈の部屋に上がり、詳しい話を聞く。怜奈の話から小五郎はピンポンダッシュはストーカーの仕業と推理。翌朝に犯人を現行犯で捕まえるため、小五郎らは怜奈の家に宿泊する事に。 夜、怜奈は積み重ねて縛った雑誌をドアの外へ置く。ゴミとして翌朝捨てるのを忘れないためだ。コナンは自分の顎の高さまで積み重ねられた雑誌を見て、犯人の目星をつける。翌朝、玄関のチャイムが鳴り、小五郎、コナンは玄関を開けるが、廊下には誰もいない。コナンは犯人が雑誌の後ろに隠れていると推理。その通り、雑誌の後ろに少年が隠れていた。少年は亡くなった母親に似ている怜奈が朝寝坊しないようにチャイムを鳴らしていた事が明らかになる。 小五郎らは事件が解決し、怜奈の家を後にする。この後、怜奈が外出する際、盗聴器をつけたガムが落下。怜奈はガムを踏んだまま出掛けてしまう。コナンは集音器の音から、盗聴器が怜奈の靴に付着した事に気付く。コナンは忘れ物をした事を理由に小五郎、蘭と別れ、盗聴器の回収に向かう。 その途中、集音器から携帯電話の機動音に続いて、黒ずくめの組織のボスが使う「七つの子」のメロディーが聞こえてくる。そして、怜奈の電話の会話を聞いたコナンは怜奈が黒ずくめの組織の仲間と判断。コナンは阿笠博士に車で拾ってもらい、灰原と共に怜奈の車を追跡する。盗聴器と発信機が見つかれば、小五郎が取り付けたと疑われるため、コナンは気付かれる前に盗聴器を回収しようと考える。 　この後、怜奈ことキールはウォッカ、ジン、そしてベルモットと合流する。キールらの会話から、黒ずくめの組織は午後１時にエディPという場所で、DJという人物を暗殺する計画を立てている事が明らかに。そして、キールらは腕利きスナイパーのキャンティ、コルンとも合流し、暗殺計画に関する話を始める。コナンは盗聴器の音声が乱れたため、キールらに近付こうと阿笠の車を飛び出す。その瞬間、コナンの顔に拳銃が突きつけられる。 　銃を突きつけたのはFBIのジョディだった。FBIはキールをマークしていたらしく、ジョディはキールがこれから3人の人にインタビューする事を調べていた。コナンは黒ずくめの組織が暗殺するのは、その3人の中の１人だと推理。暗殺を阻止するため、DJとエディPを割り出し、現場に先回りしようと考える。 　ジョディによれば、キールがインタビューするのは今度の衆議院選に出馬する帝都大学薬学部教授の常磐栄策、資産家の御曹司で人気俳優の千頭順司、元自衛隊幹部の土門康輝の3人。だが、何時にどこで誰をインタビューするかはジョディもわからないという。この後、コナンはDJが何を意味するかを解読し、土門康輝がターゲットとして狙われている事に気付く。 　コナンらは土門の後援会事務所のホームページを確認。土門は今日の昼からゴルフをやる予定になっていたが、事務所に直接電話すると、土門は誰かと会う約束ができて、ゴルフをキャンセルしたという。土門の予定が掴めなかったため、コナンらはエディPという場所の割り出しに全力を注ぐ。 だが、キールはTV局のクルーと合流してインタビューに出発。暗殺時刻の午後１時まで30分を切ってしまう。コナンは盗聴したキールらの会話を思い出し、推理を巡らせる。そして、コナンは狩り場、歴史、公園などのキーワードから、エディPを杯戸公園と特定。コナンらは車を運転する阿笠に高速に乗るように指示を出し、急いで杯戸公園へと向かうが…。

放課後、蘭は自分の下駄箱にラブレターのような手紙を発見。裏にはS・Hと送り主のイニシャルが書かれていた。一緒にいた園子にバレてしまい、2人で内容を確認すると、手紙には明日の放課後、米花公園の噴水前で待っていると書かれていた。蘭を先輩と呼んでいる事から、園子は送り主を1年生と推測する。 そして、蘭たちが歩いていると、体育館の入口に若い男の姿。決意を秘めたような男の表情を気にしつつ、学校の外へ出た２人は下校中のコナンにバッタリ出会う。コナンは蘭がラブレターを貰ったと知って動揺する。この後、コナンたちは遠野ゆり子と3歳位の男の子、巡査が家から出てくる場面に出くわす。帝丹高校のOGというゆり子は困り事があるらしく、3人が相談に乗る事に。 ゆり子の家の中には男性の遺影が飾られていた。１年前に病気で亡くなった夫だという。そして、ゆり子は留守中に誰かが家の中に侵入した形跡があったと蘭たちに明かす。日記帳を読まれた形跡があり、線香が立てられていたというのだ。だが、タンスの中のお金は１度取り出された後、戻してあったので、巡査には捜査する事ができないと言われたらしい。 コナンは犯人がゆり子か夫の知り合いと推理し、ゆり子にいろいろと質問する。ゆり子と夫は高校の同級生で、大学卒業後に街で再会して交際がスタート。ゆり子は高校時代に１度だけラブレターを貰った事も告白。そして、卒業アルバムを見せてもらった蘭と園子は、ラブレターを送った相手、永井修平を見て驚く。なんと、その男は体育館の入口で蘭たちが目撃した若い男だった…。

コナンらが掃除をしていると、光彦が大慌てでやってくる。光彦が小さい頃に遊んでいた雨宮祥子という4年の女の子が蒸発したという。昨日、祥子から光彦に電話があり、今日一緒に帰る約束をしたが、祥子は学校を欠席。電話で祥子は少年探偵団にお願い事があると話し、思い詰めた様子だったという。 ウェーブのかかった茶髪のボブで灰原と似た感じと光彦が祥子の外見を説明した後、小林先生がコナンたちの話に入ってくる。小林によれば、祥子は九州にいる祖父の葬式で元々休む予定だったという。同時に、祥子の担任が交通事故に遭い、一昨日から平山という新しい担任になったと小林から教えられる。 コナンらは祥子の教室へ行き、クラスメイトに話を聞く事に。灰原は事故に巻き込まれたか、新しい担任が黒の組織の仲間で、自分と間違えて拉致したと推測。コナンは祥子がここ2、3日、友人を避けて1人でコソコソ登下校していたという証言が引っ掛かる。この後、光彦の案内でコナンらは祥子の家へ。 鍵の隠し場所を知っている光彦は悪いと思いつつも、祥子が心配で玄関の戸を開け、コナンらと共に家に入るが中には誰もいない。その時、玄関のチャイムが鳴る。やってきたのは平山先生だった。平山によれば、祥子は隣の家で朝食と夕飯をご馳走になると昨日話していたらしく、早速、コナンらは隣の三池家へ向かう。そんなコナンたちの姿を平山は険しい表情で見送る…。

光彦の知り合いの4年生、雨宮祥子が登校途中に行方不明になった。コナンら少年探偵団は、祥子の足取りを追ってコンビニへ。祥子はコンビニでペットボトルのジュース、ミルクとカッターナイフを購入していた。コナンは祥子と灰原が似ているという光彦の言葉を思い出すと、ゴミ箱の中を物色する。 この後、コナンは予想通り、ゴミ箱から下半分が切り取られたペットボトルを発見。コナンは祥子の居場所がわかったと明かし、お湯と赤ちゃん用の粉ミルクを用意する。そして、ミルクを作ると、コナンは宮本由美に駐禁を取り締まるために向かおうとしている古い倉庫へ案内してもらう。 由美は倉庫のホコリでクシャミが出ると考えていたが、コナンは由美のクシャミはアレルギー体質が原因と推理。コナンたちは倉庫の中を調べ、光彦が子猫2匹を見つける。由美のクシャミは猫アレルギーが原因だったのだ。光彦が話していた祥子が灰原と似ている点は動物好きというところ。祥子は少年探偵団に子猫の事を相談しようとしていたのだ。 コナンは子猫を見つけて1人で世話をしていた祥子がペットボトルを切ってミルク皿として使ったと推理していた。だが、祥子はどこにもいない。その時、別の子猫の鳴き声が聞こえ、コナンらが倉庫の前の道路に行くと別の子猫の姿。この後、コナンらは道路の電柱付近に散らばる車のウィンカーの破片を発見する。そして、電柱から倉庫に続く地面に点々と血の跡がついていた…。

蘭のクラスのドジな転校生、本堂瑛祐が小五郎に会いにやってくる。本堂は小五郎の大ファンで、寝ながら事件を解決する小五郎に羨望の眼差しを向ける。この後、三角篤が事務所に来て、いなくなった彼女を捜して欲しいと小五郎に仕事を依頼。昨夜、彼女と口ゲンカになり、朝起きるといなくなったという。 小五郎と共にコナン、蘭、園子、本堂が話を聞く中、三角は仕事が忙しくなり、会う時間がなくなった事がケンカの原因と明かす。恋人の安美は三角が変わった事に怒り、三角は出会った頃には戻れないと言い返したという。安美が乗っていった車に仕事の書類が入っているので、今日中に見つけて欲しいと三角。安美は大事な書類の事を知っていたという。 その話を聞いたコナンは、彼女が自分の事を捜して欲しいと思っていると推理。小五郎、コナン、本堂らは安美を捜すため、三角がレンタカーで借りた車に乗り、2人が出会った場所へ向かう。そこは群馬のスキー場へ続く雪道で、三角は移動中の車内で2人の出会いについて語る。当時、その道で安美と女友達の車がエンストして立ち往生。通りかかった三角が助けたという。 そして、車はその思い出の場所に到着。一行は雪に被われた三角の車を発見する。車の運転席には安美の姿。だが、窓ガラスの隙間はガムテープで目張りされ、助手席の下には七輪が置かれていた。合鍵でドアを開けようとするが失敗。三角はトランクから草野球で使う金属バットを取り出し、フロントガラスを割り、続けてカッターでガムテープを切っていく。そして、三角はドアを開けて安美を助け出す。だが、すでに彼女は息をしていなかった…。

三角の恋人、安美はガムテープで窓の隙間が密閉された車内で一酸化炭素中毒死していた。コナンは三角が安美を殺した犯人と疑うが、群馬県警の山村刑事は現場の状況から安美の死を自殺と考える。この後、山村は雪道の段差に足を取られ、地面の雪が凹んでいる事に気付く。 コナンはその凹みが三角の借りたレンタカーくらいの大きさだと指摘。すると、三角は用事があり、レンタカーを昨夜借りたと明かす。この後、鑑識は車の後部座席に仕事の書類があった事を三角に伝える。車内には女性のバッグもあったという。バッグの中身は車に付属するシガーライターと本日発売の小説。小説にはシガーライターの焦げ目がつき、指紋が全くついていなかった。 三角はバッグにシガーライターが入っていた理由を説明。安美は三角にタバコを吸わせないようにシガーライターをよく隠したというのだ。タバコと聞いて何かを閃いたコナンは三角の車の灰皿を確認する。コナンが思った通り、灰皿の中には小説のブックカバーが入っていた。 コナンは三角が犯人と確信するが、密室のトリックは解けない。この後、ドジな本堂が雪に滑って転び、ガラスの破片で指を切ってしまう。蘭は本堂のためにバンソウコウを用意。本堂は何気なくバンソウコウについて語るが、コナンはこの言葉にヒントを得て、内側から目張りされたガムテープの謎を解く…。

小五郎、コナン、蘭はレストランへ行き、千葉刑事、高木刑事と偶然会う。千葉と高木は合コンに参加するらしく、主催者の江本将史と合流する。江本によれば、女性参加者の2人は警察関係の仕事をしているという。そして、高木らは合コンのテーブルへ。何とその2人は交通課の宮本由美と佐藤刑事だった。 男性陣からチヤホヤされる佐藤を見て不機嫌になる高木。この後、合コンに参加している江本の姉、彩が家で待つ5歳の従弟、浩太が心配なので帰ると言い出す。両親が仕事で海外へ行っている間、彩と将史は浩太を預かっているのだ。彩が心配するには理由があり、変な事があったばかりだという。 2週間前、浩太は公園でヒゲのおじさんが落とした財布を拾う。浩太はお礼に男から超レアなカードを貰う。しかも男は浩太を自宅へ連れて行ってケーキをご馳走。その時、男は占い師と言って、彩と将史の誕生日や郵便物の場所を浩太に聞いてきたという。江本はその男は自分の友人らしいと佐藤らに説明。男の家で留守電から将史の声が聞こえてきたと浩太は話していたという。 将史は合コンのメンバーを集めるため、何人もの友人に連絡し、留守電には再来週の土曜に合コンをやると録音。そのため、将史はその中の1人がヒゲの男と推理したのだ。家に浩太しかいない事を男が知っていると気付いたコナン、佐藤らは急いで彩と将史の自宅へ向かうが浩太の姿はない。そして、パソコンの画面には脅迫状がアップされていた。浩太は何者かに誘拐されていた…。

浩太が誘拐され、犯人は100万円を要求。コナンは合コンを欠席したミュージシャンの六田卓児、モデラーの引屋門成、紙幣コレクターの佐塚良兼の誰かが変装して浩太を誘拐したと推理する。そして、警察は誘拐事件として捜査を開始。手掛かりは3月26日、浩太が男の家に行った時に見た野球中継。浩太はつまらない試合だったと彩に話していたという。 それがどの試合か判れば、将史が電話した時間と照らし合わせて犯人を割り出せると佐藤は考える。その日は高校野球3試合が中継されていたが、いずれも面白い試合ばかり。衛星やケーブルTVで放送された好試合のダイジェスト、優勝チームの軌跡なども、つまらない試合には当てはまりそうもなかった。 佐藤、小五郎らは3人に動機がないかを確認するが、将史は全てを否定。この後、浩太が元気な姿で家に帰ってきた。浩太はこの間のおじさんの車に乗って寝ていたという。浩太は男と約束したと言って何も話してくれない。将史は浩太が無事に帰ってきたため、誘拐事件をイタズラで片付けようとする。 高木は帰宅した浩太の靴下が濡れている事に気付く…。浩太によれば、男と一度別れてから先日貰ったカードを返しに行くと、風呂場に知らない男がいたという。一方、コナンは自分たちが家を訪れた時、犯人が将史の言動に反応して浩太を帰す気になったと推理。そして、コナンは3人が将史に何らかの物を送っている事が事件に関係していると睨むが…。

小五郎とコナンはサインを貰うため、小説家、梅津修のマンションを訪ねる。すると、修の息子、隆が金をせびりに来て揉めていた。隆は悪事がバレて脅されていると金が必要な理由を説明するが、修は金をせびるための出任せと信じない。さらに、隆は修の原稿を弟子の荒木千佳が代作していると疑い、その事をマスコミに発表すると脅して修から金を貰おうとする。 怒った修が隆に掴み掛かり、秘書の三上透は2人を制止。一旦、小五郎とコナンは表の喫茶店で待つ事に。隆がバイクで走り去った後、三上が喫茶店に現れる。窓外には千佳の姿。三上によれば、千佳は修の言いつけで警察へ取材に行くという。三上はサインを小五郎に渡すとテレビ局へ打ち合わせに向かう。 小五郎は小説家になると言い出し、コナンと文房具店に立ち寄る。帰り道、一方から三上が急ぎ足でやってくる。三上は落ち込んだ隆が心配で電話を入れたが、通じなかったため、マンションに戻るという。そして、小五郎らが管理人のスペアキーで部屋に入ると仰向けの隆が笏を上下逆に持って死んでいた。 テーブルには飲み残しのコーヒーがあり、近くに白い粉末が散っていた。小五郎は白い粉を青酸系の毒物と推測。そして、パソコンの画面に遺書のような文章を発見。密室状態だったため、小五郎は隆が自殺したと推理する。だが、コナンは部屋の窓が少し開いている事に疑問を持つ。この後、コナンは4つあったはずの部屋のキーが1つしかない事に気付き、他殺の可能性が出てくる…。

コナンと蘭はドッグランができたと聞いて米花公園へ。そこには駆け回るアイリッシュ・セターのムサシとゴールデン・レトリーバーのクールの姿。コナンらはムサシの飼い主、堤英輔、美里夫妻とクールを飼う八木沢浩、まなみ夫妻と仲良くなる。２匹は幼馴染みで、何でも食べてしまうのが飼い主たちの悩みの種。ムサシの歯に粘土がついていた事もあったという。 コナンと蘭が帰宅すると事務所に来客者。中谷頼子は隣の家のムサシという大きな犬が吠えたり唸ったりするので怖いと小五郎に相談する。隣の庭との境は低い垣根だけで、いつか襲われるのではと思うと怖くて仕方がないという。話に出ている犬が堤の飼うムサシと気付いた蘭とコナンは、訳もなく人を襲うような犬じゃないと庇う。すると、頼子は怒って事務所を出て行ってしまう。 数日後、堤と美里が帰宅すると、庭から何かが破裂したような音。それからムサシが狂ったように吠える声と頼子の来ないでという叫び声が聞こえてくる。堤らが庭に行くと、倒れた頼子が必死に杖を振り回していた。ムサシは頼子を猛然と吠え立てている。美里に助け起された頼子は庭の中央を指差す。 そこには頼子の赤いカーディガンを着た女性が仰向けに倒れていた。それは頼子の義母の絹江で、ムサシは絹江の喉の辺りをペロペロと舐めている。堤と美里が急いで駆け寄るが、絹江は喉を血まみれにして死んでいた…。

担任の小林先生はフリーライターの杉森政人から少年探偵団を取材したいと申し込まれる。話を聞いた元太、光彦、歩美は大乗り気になり、コナンと哀も仕方なく取材を受ける事に。取材当日は生憎の雨模様。元太、光彦、歩美だけでなく、付き添いの小林先生もめかし込んで待ち合わせ場所に現れる。 この後、コナンらは取材先へ向かう。だが、小林は間違って待ち合わせ場所ではなく、杉森のアパートへコナンらを連れて行ってしまう。コナンは杉森の部屋で取材を受けようと提案し、小林が部屋の呼び鈴を鳴らすが応答がない。元太は鍵がかかっていなかったため、勝手にドアを開けてしまう。すると、部屋の中では、杉森が頭から血を流し、壁にもたれた状態で殺されていた。 コナンは部屋に入ろうとする小林を制止。杉森と面識のある小林の髪の毛が部屋に落ちたら犯人と疑われかねないからだ。光彦は救急車と警察を呼んで欲しいと小林に頼む。だが、コナンは救急車の必要はないと判断。杉森の身体は硬直して死後半日は経っていた。この後、コナンは電話機に血が付着している事に気付き、何やら考え始める。 現場にきた目暮警部、高木刑事らは小林に事情聴取を行う。小林が杉森から取材依頼を受けたのは一昨日の夕方で、取材を受けると電話で伝えたのは昨日の午前11時22分。凶器はカメラの三脚で、目暮は部屋の奥で僕殺されている事から顔見知りの犯行と考える。犯人を推理する目暮らに対し、コナンは怪しいのは4人の人物と伝える。電話機の留守電には4つの用件が残されていた…。

コナンと少年探偵団、担任の小林先生は取材を受けるために訪れたフリーライター、杉森政人の自室で杉森の遺体を発見。コナンは留守電のボタンに飛んだ血が途切れていた事から、犯人が杉森を撲殺した後にわざわざ留守電にして、アリバイ作りのためにメッセージを入れたと推理する。そんなコナンの大人顔負けの推理に対し、小林は驚きが隠せない。 目暮警部らは電話機の留守電に録音された4件の用件を確認する。蓮田晴華は午前11時25分、桧垣敏則は11時27分、稲葉淳史は11時28分、小林先生は11時30分にメッセージを残していた。小林は、小学校から11時22分に取材を受ける事を電話で伝えた後、聞きたい事があって30分に掛け直したという。 小林の証言から目暮は犯行時刻を11時22分から30分と推理。だが、高木は電話の時計が正確なら22分から25分の間の犯行と指摘する。そして、高木はメッセージを入れた3人に連絡を入れる。フリーターで杉森の恋人、蓮田は現場から離れた梨善町の自宅から留守電にメッセージを入れたという。ガソリンスタンド店員の桧垣は東都環状線の電車の中から連絡したと証言。そして、興栄館の編集者、稲葉は編集部から連絡したと編集長が証言する。 この後、元太らは桧垣の留守電から聞こえるアナウンスがおかしいと指摘。だが、駅に連絡して車掌が花粉症だった事が判明する。そして、蓮田の留守電から聞こえたテレビ番組を放送した局にも連絡し、番組が放送されていた事を確認。高木らは3人にアリバイがあると考えるが、一応のため、3人を呼んで話を聞く事に。だが、コナンはアリバイがあるのは2人だけと考える…。

コナン、蘭と工藤邸の書庫を掃除する園子は、優作の著書でドラマ化された「女子高生探偵ユキの事件簿」に挟んである写真に気付く。写真には優作と有希子、中１の新一と蘭、そして16歳の上戸彩の姿。蘭によれば、4年前、初めて主役を演じる彩が優作に挨拶に来た時の写真だという。この時、彩と新一は何かを話していて、後で蘭が会話の内容を訊ねても新一は教えなかったという。 この後、新一を訪ねて若い女性が工藤邸にやってくる。サングラスをかけ、帽子を被ったその女性は、なんと上戸彩だった。蘭は新一が事件の調査に出たきり帰っていないと彩に告げる。彩は新一に探偵の仕事を依頼したいという。蘭は新一の携帯電話に連絡するが、留守電になってしまう。小五郎も二日酔いで寝ているため、蘭たちが彩の依頼について話を聞く事に。 彩は家の近くで1人暮らしをする幸田文江という80歳のおばあちゃんと仲が良く、休みの日はよく家に遊びに行くという。彩はこの日も昼前にフラッと家に遊びに行ったが文江は不在。茶の間にはテレビ欄が開かれた新聞が置かれ、テレビは主電源が点いたままだったという。心配になった彩が近所の八百屋に話を聞くと、少し前に通りかかった文江は米花町に行くと言っていたらしい。 彩は文江の後を追って米花町へ。その時、彩は高校生探偵として活躍する新一の事を思い出して訪ねたのだ。この後、蘭が彩から聞いた情報を新一にメールで伝えようとすると、彩は新たな情報を追加。文江は若い頃に亡くした娘の死に目に会えなかった事を悔やんでいるという。この後、コナンは文江がテレビを見て急に思い立って出掛けたと推理。そして、文江が見ていた番組は、彩が出演するドラマ「女子高生探偵ユキの事件簿」だった事が明らかになり…。

小五郎、コナン、蘭は事務所の下にある喫茶店「ポアロ」で、店のウェイトレス、榎本梓から相談を受ける。梓の悩みの種は、父親と一緒に店に来る長部満という5歳からのメール。母親が実家に戻っているのが寂しいのか、満は父親の携帯から梓にちょくちょくメールを送ってくるという。 この日も4通のメールが届き、4通目は「ぼくもおさかなさんみたいにあみにかかってしんじゃうのかな」と意味深な内容。心配になった梓がメールを返信しても、満は受け取り方を知らないらしく、返事がないという。この状況から満は父親と一緒ではないと思われ、一同は不安を募らせる。 コナンは帽子を被って長靴を履いて椅子に座るという1、2通目のメールの内容から満は釣りに出掛けたと推理。コナンは上の方の景色ばかりを書き込むメールの内容から満が1人で車の中にいると考え、蘭たちにもその事を気付かせる。父親がその場を離れてしまい、満は長時間、車の中で待っているのだ。満はメールを送信後に携帯の電源を切ってしまうため、電話も通じない。 この後、梓は父親と満が店にあるレジャー雑誌のページに折り目をつけていた事を思い出して雑誌を確認。折り目は中洗、久更津、枯前崎の3箇所に付けられていた。小五郎はその3箇所の宿に連絡するが、手掛かりは掴めなかった。すると、満から「おさかなさん、一匹だと思ったら三匹だったよ、いいなお魚さん」という新しいメールが届く。コナンはそのメールを見て何かに気付き…。

出勤中の会社員、笹本安太郎の数歩前に大きなコンクリートブロックが落下。笹本が傍らの雑居ビルの屋上を見上げると、長髪にサングラスの男がサッと顔を引っ込める。砕けたブロックに赤ペンキで書かれた「影」という文字を見た笹本はすぐに神尾俊之に電話し、日影が現れたと伝える。30分後、笹本は神尾と合流して小五郎の事務所へ。 2人は殺されかけたと小五郎に相談し、犯人は大学時代のミステリー研究会の仲間、日影呈一だと説明する。2人の話では、半月前に日影から出版社に勤める神尾の元に昔の仲間を次々に殺す殺人予告の小説が届いたという。小説の中で殺害されるのはミス研の笹本、神尾と根津猛。そして、一昨日に根津は米花公園で背中を刺されて殺される。その殺害状況は小説と同じだったという。 すぐに小五郎らは神尾の出版社へ行き、小説の内容を確認。小説に書かれた復讐の動機は、かつて自分が書いた小説を非難された事で、笹本と神尾は心当たりがある事を認める。だが、笹本は卒業して10年経った今になって復讐される事が腑に落ちないという。しかも日影は3年前、山へ出掛けたまま失踪したらしい。この後、神尾の元に身に覚えのない小包が届く。神尾がフタを開けた途端に小包は爆発するが、火薬の量が少なく、掠り傷程度のケガで済む。 神尾は病院に隠れる事になり、高木刑事が警護。そして、笹本の警護は小五郎と千葉刑事が担当する。が、笹本は日影が運転する車に轢き殺されそうになり、間一髪のところで小五郎が助ける。翌朝、笹本と神尾の携帯に日影から撤退宣言の連絡。襲う隙がないので一旦手を引くという。この後、小五郎らは日影が潜伏する場所の手掛かりを探すため、大学時代に書かれたミス研の同人誌を確認。コナンは同人誌に掲載される小説を読み、犯人の目星をつけるが…。

コナン、少年探偵団はスタッフに知り合いがいる阿笠の伝で、「仮面ヤイバー」のロケを見学する。少し離れた場所ではスタッフが言い争い。ディレクターの深町真二とADの中里秀彦は、スタントマンの力石健吾が考えた危険なスタントのプランに猛反対。力石は自分なら出来ると言って、カメラマンの木島大作に同意を求めるが、深町は迫力のある映像はデジタル補正で作れると主張する。 言い争いの原因はカースタント。深町は車をリモコン操作すれば、スタントの必要はないという考え。それは悪党役の乗るA車がパーキングビルを一周し、途中からソックリに仕立てたB車にすり替えるというもの。柵を破って落下中に爆破するB車はスタッフがリモコン操作すれば良いという意見だ。そして、力石の意見が通らないまま、昼食の時間に入る。 車両係の西脇政雄はB車を運転してパーキングビルを上がり、リモコン操作の最終点検を行う。この後、力石と深町が再び口論を始める。すると突然、悪役の衣裳に着替えた力石がA車に乗って急発進。力石が乗る車はパーキングビルを上がっていく。深町は力石が自分で考えたカースタントをやるつもりだと心配する。そして、車は最上階に到達すると、屋上の柵を破って落下。潰れた車内には即死状態の力石がそのまま乗っていた…。 力石は車外に飛び出すのに失敗してしまい、事故が起こってしまったのだ。コナンは事故車を確認した後、木島に今の映像を見せて欲しいと頼む。モニターで映像を確認したコナンは何かに気付き、パーキングビルの中へ走っていく。残ったもう1台の車のボンネットに触れたコナンは、これは事故ではなく、巧妙に仕組まれた殺人だと元太らに伝える…。

小五郎、コナンは鈴木由美と新田秀子に案内され、とあるマンションの一室へ。中では山本信男が改造拳銃を口に銜えて絶命していた。遺体を発見した住人の由美と秀子が銃声らしい音を聞いたのは2時45分。由美が鯉の餌としてパンの耳を秀子に渡しに来た時だという。秀子が鯉に餌をあげた後、3時過ぎに再び合流した2人は山本の部屋から親友の中西三郎が出てくる姿を目撃。その後、山本の遺体を発見したという。 現場に到着した目暮警部は遺体の近くにあった遺書の内容を確認。遺書は中西に宛てたもので、借金が返済できないので死んで詫びるとワープロで打たれていた。目暮は遺体を見つけても警察や病院に連絡せずに立ち去った中西の行動を不審に思い、小五郎は自殺に見せかけた中西の犯行だと疑う。 だが、検死官は他殺の可能性は低いと判断。口の中に抵抗の痕跡が見られず、自分の意思で口を開けたとしか思えないという。そして、井上刑事らの調べによると、山本には改造拳銃を作った逮捕歴があり、蝶だけが生きがいの嫌われ者だったと判明。この後、千葉刑事が中西を現場に連れ戻す。 中西は約束した3時に来たら山本が死んでいたと証言。借金のもつれで殺したと疑われるのが嫌で逃げたという。小五郎は2時45分にどこにいたかを訊ねる。中西はタクシーの中にいたと答え、千葉が裏を取るために動き出す。この後、秀子とお茶を飲むという由美に誘われ、小五郎とコナンは由美の部屋へ。そこでコナンは何かを見て微かな疑問を持つ…。

建設現場から鉄骨が落下する事故が起きる。真下にいた男は咄嗟に鉄骨をかわすが、地面に頭を打って気絶。近くにいたコナンら少年探偵団は救急車を手配する。駆けつけた高木刑事によれば、男は運ばれた病院でも意識が戻らず、足を骨折しているという。高木は身元を調べるため、男のバッグの中身を確認。中からは一方が輪になったロープや軍手、ワープロで打たれた遺書が見つかる。 男は真中大二郎、27歳で、遺書は「生きていくことに疲れたよ、もう…」という内容。首を吊って自殺しようと考えていたらしい。この後、高木、コナンらは病院へ行き、真中から事情を聞く事に。だが、意識を取り戻した真中は頭を打った際に記憶喪失になっていた。真中は記憶が戻れば自殺しかねない…。 元太らは記憶が戻る前に真中の抱える問題を調べ、それを解決しようと考える。しかし、コナンだけは記憶喪失が真中の演技かもしれないと疑う。事故の時、真中が住宅街の方へ歩いていたのもおかしいと指摘。首を吊るなら住宅街ではなく、人気のない場所に向かうはずと考えたからだ。 この後、コナンは元太らと共に真中の住むアパートを訪ね、大家からいろいろと話を聞く。大家によれば、真中は無名の絵描きで、借金取りに追われる程、お金に困っていたという。真中にお金を貸せるような人物は銀林という大金持ちの叔父さんのみ。だが、銀林は真中が唯一の血縁者にもかかわらず、一円も貸してくれないらしい。大家の話を聞いたコナンは全ての謎を解くが…。

コナンは少年探偵団、灰原、阿笠博士と潮干狩りに来ている。海辺の人たちが楽しそうにする中、大学生の牛込嗣夫だけは浮かない顔。牛込は右手の人差し指を口にくわえて考え事をしていた。元太らはアサリが見つからないのかと思い、牛込に声をかけるが、結構な量が取れたという。そんな折、三瀬隆、八島光枝、久津梢子がコンビニの袋を持って牛込の元にやってくる。 4人は同じ大学のサークル「愛好貝」の仲間で、三瀬らはご飯や飲み物などを買ってきたのだ。4人はお揃いのパーカーを着用。着るのは初めてだという。昼食をとり始める4人を見た元太はお腹が空いたと言い出し、光彦、歩美と一緒にコンビニへお菓子を買いに行く事に。阿笠は、この近くで先日ひき逃げがあったと伝え、元太らに注意を促す。そんな阿笠の言葉に4人はギクリと驚く。 すると突然、八島は帰ろうと提案。三瀬らは動揺を隠すように今後の予定を話し始める。そんな中、牛込だけは怯えた表情を浮かべる。この後、牛込はアサリを入れたバケツを両手に持って駐車場の方へと歩き出し、他の3人は帰り支度を始める。コナンと灰原は4人の様子がおかしい事を気にかける。 元太らが戻ってきた後、コナンは牛込らが熊手を忘れた事に気付く。熊手の取っ手には血の跡。コナンは最初に見た時、牛込が指をくわえていたのは指を切ったからと推理し、付着した血を見て牛込の熊手と判断したのだ。元太らは熊手を届けようと4人の後を追いかけて駐車場へ向かう。すると、牛込は車の座席で横になって死んでいた…。

牛込の死因はペットボトルの緑茶に混入していた青酸カリによる毒死だった。捜査にあたっているのは参悟の弟で神奈川県警の横溝警部。横溝は遺体の下に青酸カリの入ったビンが転がっていた事、牛込が緑茶のフタを開けてから誰もその容器に触っていない事などから自殺と断定する。 だが、コナンは自殺という捜査結果に疑問を持つ。車まで緑茶のペットボトルを運んできたのは牛込本人で、誰かが毒を仕込む隙はどこにもなかった。しかし、コナンはペットボトルの口に血が付着していたのに、フタには何も付いていなかった点、そして3人の中の1人が言った一言が引っ掛かっているのだ。 この後、コナンは両手が塞がった元太が口にコンビニ袋をくわえる姿を見て何かに気付く。三瀬たちが警察へ行って事情聴取を受ける事になると、コナンは代わりに車のゴミを捨てておくと言って、三瀬らからゴミ袋を受け取る。コナンはゴミを漁り出し、ペットボトルを1本ずつ調べる。そして、コナンは何かを調べ終えると、牛込が自殺したのではないと確信する。 続いて、コナンは潮干狩りをして欲しいと歩美らに頼み、砂浜の4人がいた場所へ向かう。コナンが捜しているのは、アサリではなく、緑茶のフタ。すぐに歩美は熊手を使ってフタを発見する。そのフタに付着している黒ずんだ血の跡。それを見たコナンは誰が牛込を殺したのかに気付き…。

小五郎が事務所に降りると、コナンと蘭が妃英理の猫を世話していた。猫の名前はゴロで、猫種はロシアンブルー。前の猫が死んだため、英理は知人に貰ったゴロを飼い始めたという。蘭は仕事で留守の間、ゴロを世話して欲しいと英理に頼まれたのだ。蘭は小五郎にゴロの世話を頼むと、迎えにきた園子と登校してしまう。この後、依頼者の桐下という男性が事務所にやってくる。 桐下の依頼は娘が間違えて携帯電話に送ってきたメールの解読。そのメールは暗号のような文章のため、内容がわからないという。小五郎は携帯のメールを確認し、コナンも画面を覗き込む。小五郎がコナンを学校へ送り出すと、桐下は娘の事を話し始める。桐下の娘は高校2年生で、最近隠れてバイトをしているという。桐下は娘が男に騙されていないかと心配する。 この後、コナンが忘れ物をしたと言って戻ってくる。実は、コナンは小五郎に暗号を解読させる作戦を思いついて引き返してきたのだ…。そして、コナンが再び登校し、桐下が事務所を後にすると、小五郎はメールの解読に取り掛かる。だが、小五郎はなかなか暗号を解く事ができない。すると、ゴロがタオルの上で寝たり、ビデオ棚の中に入ったりとイタズラを始める。 さらにゴロは本棚から英和辞典を落とし、小五郎は激怒する。だが、小五郎は英和辞典をヒントにメールのギリシャ文字を無理やり日本語として読む方法に気付く。そして「つきあっτ」という文章を「つきあって」と解読する小五郎。この後、小五郎はゴロのイタズラからヒントを得て、メールの文を次々に解読していくが、そこに書かれていたのは…。

コナンは蘭、園子、本堂瑛祐と山道を登り、園子の別荘に向かう。だが、別荘の手前にある吊り橋は崖下に崩れ落ちていた。蘭たちは携帯電話が圏外のため、近くの別荘で電話を借りて迎えを呼ぶ事に。蘭が別荘のインターホンを鳴らした直後、ワゴン車がやってくる。蘭は乗車していた槙野純、天堂享、倉本耀治に事情を説明。蘭らは純らの好意で迎えが来るまで別荘で休ませてもらう。 3人はミュージシャンで、曲作りのためにこの別荘を格安で購入したという。享らはこの物件は曰くつきだと告白。元は大金持ちの兄弟が建てたもので、それぞれの夫婦で利用していたという。ある夜、兄が窓から魔物が入って来たと言い出し、釘を打ち付けて問題の窓を封印。その後、床や壁紙なども改装したという。だが翌年、開かずの窓が開いていたのを裏庭から目撃した兄の嫁が数日後に自分の部屋でロープを使って自殺し、兄も後を追って3階から身を投げたという。そんな事件があり、弟夫婦は別荘を格安の値で売りに出したのだ。 この後、コナンらは部屋の方から開かずの窓を見せてもらう。すると、確かに窓には無数の釘が打たれていた。皆が話をしていると、純らのバンド「ドルクス」のメンバー、保波倫子が静かにして欲しいと言いに来る。倫子は隣の部屋で作曲をしていたのだ。園子の姉が迎えに来るまで時間があるため、コナン、蘭、園子、瑛祐は裏庭から開かずの窓を見る事に。 瑛祐は裏庭の木に奇妙な鳥の巣箱を発見。コナンが巣箱の中を覗いていると、瑛祐が驚きの声を上げる。開かずの窓から誰かが覗いていたという。コナンは別荘に戻って開かずの窓を確認するが、開いた形跡はない。その時、隣室で異変が起きる。いくら呼んでも倫子が部屋から出てこないという。享、耀治が体当たりしてドアを開けると、中では倫子がロープで首をくくっていた…。

倫子は密室で首をロープで吊って亡くなっていた。捜査を行う群馬県警の山村刑事は、現場の状況から自殺に見せかけた密室殺人として捜査し、純、享、耀治らの事情聴取を始める。倫子が開かずの窓のある部屋に来た後、耀治は上の階の自室でギターの練習、享は上の階の自室でCDを聴いていたという。 そして、純は開かずの窓のある部屋に残って本の整理。元の家主は別荘を安く売る代わり、中にある物を処分して欲しいと頼んだらしく、淳は売れそうな本だけ選っていたのだ。純によれば、本はきちんと整理されていて、選びやすかったという。だが、一同が隣の開かずの窓のある部屋へ移動する際、コナンは本棚にある本の中で百科辞典だけが巻数順に並んでいない事に気付く。 コナン、山村らは開かずの窓のある部屋を見た後、兄が使っていた耀治の部屋、続けて弟が使っていた享の部屋に移動する。この時、享は弟のせいで兄と兄嫁が自殺したと明かす。別荘を買う際、兄嫁が自殺したのは自分と浮気した事が兄にバレて責められたからだと弟は洩らしたという。別荘に来た時、弟と兄嫁はこっそり連絡を取り合って会っていたらしい。 この後、ある事を調べようとコナンは裏庭へ行き、ハシゴを登りきって屋敷を見る。すると、木の枝が邪魔になって2階の窓しか見る事ができない。さらにコナンは巣箱を調べる。コナンが推理した通り、巣箱のフタの裏は皿がはめ込めるようになっていた。コナンは倫子を殺害した犯人が誰かに気付き…。

小五郎は米花町の素人演芸大会に出場する事になり、コナン、目暮警部と会場へ向かう。途中、防犯グッズ店から町の世話役、上島長郎が出てくる。小五郎らが上島と歩いていると、今度は定食屋「目黒」の前に大会のゲスト、落語家の満楽亭市松の姿。市松は弟子入り志願の中学生、良太を諭していた。上島と市松は幼馴染みで、市松は目黒美弥の定食屋を手伝っているという。 この後、市松に誘われ、小五郎らは定食屋でお茶を飲む事に。落語に詳しい目暮は店にある秋刀魚を見て、市松の演し物は「目黒のさんま」と察する。そして、目暮がコナンに「目黒のさんま」の内容を話していると、市松がコップで指を切ってしまう。美弥はやさしく市松を手当てする。そんな光景を戸口の隙間から目深のキャップ、サングラスで顔を隠した男が見つめていた…。 上島は7時に喫茶「メルヘン」で打ち上げをやると市松に伝え、小五郎らと店を後に。すると、上島は美弥と市松の関係を小五郎らに説明。美弥は市松の弟子だった満楽亭喜三郎の元奥さん。喜三郎は将来有望な噺家だったが、破門されたという。離婚後は市松が何かと美弥の面倒を見ているようだが、上島は市松が美弥に騙されているのではないかと心配する。 この後、地域センターで演芸大会が始まり、小五郎は落語を披露。続いて、市松が舞台へ向かう。この時、コナンは市松の楽屋に入っていく良太の姿を目撃する。そして市松が「目黒のさんま」を披露し、大会は閉幕。市松は人が訪ねてくるので先に「メルヘン」に行っていてほしいという。小五郎らは残務整理を終えた上島とロビーで合流し、「メルヘン」へ。この後、千葉刑事から目暮の携帯電話に市松が刺されたという連絡が入る。楽屋で胸を刺された市松は「メグロノ」というダイイングメッセージを残していた…。

小五郎、コナン、蘭は東都迎賓館で挙げられた結婚式に出席した後、式場の廊下で花婿姿の高木刑事とバッタリ会う。高木の後ろには花嫁姿の婦警、由美もいる。状況が掴めない蘭たちが驚いていると、そこへ佐藤刑事、目暮警部が現れる。実は、ある花嫁、花婿から強盗犯に命を狙われていると警察に通報があり、高木と由美は本物の2人の代わりに立てられた替え玉だという。 目出し帽を被った強盗犯が花嫁の実家に入ったのは半年前。駆けつけた花婿が追い払ったが、去り際に強盗犯は恨みを忘れないと捨て台詞を吐いたらしい。現場に残された凶器の包丁から検出された指紋は4件の強盗を犯し、6人の命を奪った強盗連続殺人犯の指紋と一致したという。そして一昨日、犯行を仄めかす脅迫状が花嫁のポストに放り込まれたのだ。 高木と由美が替え玉に選ばれたのは、花婿の平正輝と花嫁の益戸麗に似ていたから。結婚式は花婿の希望もあり、予定通り挙げるという。招待状がなければ建物に入れないため、犯人が2人を狙う可能性が高いのは式後に建物から出るライスシャワーの時。そこで高木と由美が本物と入れ替わるという。皆が強盗犯の話をしていると、髭に眼鏡の郡司倫造が高木と由美をカメラで撮影。続いて、茶髪にサングラスの島袋貞悟、おかっぱ頭のひょろっとした軽辺福春が由美に声をかける。完全に本物と勘違いしているらしい。 この後、目暮、小五郎、コナンは平と麗の控室へ。小五郎は2人から半年前の事件について詳しい話を聞く事に。当時、平は犯人と揉み合った時に妙な手の付き方をして手首と親指を骨折。先週までずっと腕を吊っていたという。話をしていると、最近、平のマンションが空き巣に入られた事も明らかに。何も盗まれなかったが、消していたパソコンの電源が入っていたと平は説明する。 その直後、高木刑事から堤無津川の空き倉庫で喉を切られた焼死体が見つかったと目暮の携帯に連絡が入る。遺体は30代から40代の男性で、紺のスーツに白いネクタイを着用。燃え残った左手の爪から強盗犯の指紋が検出されたという。遺体の格好が礼装と気付いたコナンはパソコンに結婚式の招待客リストが入っていたかを麗に訊ね、麗は入っていたと答える。遺体はリストの中の誰かで、招待状を奪った犯人が被害者に扮して式場に潜入した可能性は高い。 目暮らは全ての結婚式の中止を検討する。そこへ福井刑事が平と麗宛の言付け物を持って現れる。チャット仲間、清水からの言付け物で、中身はハンディのビデオカメラ。式後に温泉サイトの仲間が開くパーティーで流す映像らしく、本番前に内容を確認して欲しいと頼まれていたのだ。皆で内容を確認すると、映像には、ファスナーの半袖服を着て左腕を吊った平と笑顔で寄り添う麗が映っていた。そして、皆とビデオを見ていたコナンは映像の不審な点に気付く…。 映像を見終わった後、平と麗が空き巣の件を警察に通報していなかった事が判明。盗まれた物がないため、連絡しなかったという。この後、コナンは誰が犯人かを調べるため、結婚式に来た人に会う事を平と麗に提案。結局、関係者控え室の隣の部屋から来客者の顔をチェックする事に。麗が顔に見覚えがない人物は、先ほど高木と由美に声をかけてきた島袋、軽辺、郡司の3人。 郡司は海外を飛び回るカメラマンで、最近会っていないという。島袋はスノーボードのインストラクターで、見覚えがないのは帽子とゴーグルで顔が隠れていたから。そして軽辺は温泉サイトの管理人で、会うのは今日が初めてという。この後、蘭は3人の不可解な手元に注目。軽辺は左手の小指と薬指に包帯、郡司は左手の薬指に絆創膏を巻き、島袋は左手をポケットに。左手薬指は犯人が指紋を残した場所。小五郎は指紋が付かないようにしているのかと疑う。 すぐにコナンは3人のところへ行って話を聞く。軽辺は草野球で突き指し、郡司は家のドアに指を挟み、島袋はポケットに手を入れるのが癖だとわかる。そして島袋は右目の下にものもらいがあるため、部屋の中でサングラスをしているとコナンは説明。すると、麗が強盗に入られた時、犯人の右目にものもらいがあった事を思い出す。それを聞いたコナンは犯人が誰かに気付き…。

小五郎はマジシャンの冬城幻陽から大至急会いたいと連絡を受け、コナン、蘭とショーが行われる米花ホールへ向かう。そして小五郎らが控え室を訪ねると、冬城は団員の誰かが自分を殺そうとしていると告白。冬城はその人物を突き止めて欲しいと小五郎に依頼する。最近、冬城は稽古中に2度、上から機材が落ちてきて、危うく死に掛けたという。 団員はアシスタントの上原美佐と中川千明、ビデオ係の石田一馬、演出家の庄司真吾、クレーン係の長谷川実の5人。愛弟子の石田を除く4人の団員には個々に冬城を殺す動機があるという。この後、冬城と小五郎はショー中に緊急な事があったら出すサインを決めておく。夕方、小五郎とコナンは舞台を調べた際、偶然にも団員の話を聞き、石田にも冬城を殺す動機があると判明する。 夜、冬城のマジックショーが始まり、コナンらは前方の客席からショーを見学する。ショーは順調に進んでいき、「鋼鉄の針」というマジックがスタート。中央にはベッドのような台が置かれ、天井からは数十本の先の尖った鋼鉄の針が下がっている。この後、台の上に横たわった冬城がもがき始め、緊急時のサインを小五郎に送る。そして、冬城の叫び声と共に台から血が溢れ出る…。 観客は色めき立つが、これは冬城が考えた演出だった。前半のステージ終了後、冬城はサインを見ているか確認したかったと小五郎に説明する。この後、庄司が演出プランを勝手に変更した冬城に激怒。だが、冬城は今後の演出はエキサイティングなものにするつもりだと言い返す。そして後半のステージが始まり、冬城は「水中脱出」に挑戦。しかし、頭から水槽に入れられた冬城は…。

水中脱出のマジックに挑戦した冬城幻陽は、水槽で逆さまになったままグッタリしてしまう。小五郎、コナンは現場に駆けつけた目暮警部らと一馬が撮影した事件当時のビデオ映像を確認する。目暮がマジックの仕掛けを知りたがると、コナンは水槽のフタに秘密があると説明。美佐と千明は冬城の両足を足かせにした時、フタに掛け金をかけ、南京錠もかける。両方本物だが、美佐と千明が掛け金の継ぎ手のピンを素早く抜けば、簡単にフタが開く仕組みなのだ。 検視官によれば、冬城の死因は溺死でほぼ間違いない。事故か、誰かが仕組んだ事かが問題だが、小五郎は美佐と千明の犯行だと指摘。共謀した2人が掛け金のピンを抜くフリをして抜かなかったため、冬城は脱出できなかったと推理する。しかし2人はピンを抜いたと反論し、フタも開いていたと主張。もう一度、ビデオを見て確認する事に…。 ビデオには肝心な所が映っていなかったが、2人の犯行の可能性は低い。すると今度は一馬に疑いの眼差しを向ける小五郎。小五郎はショーの合間の休憩の時に一馬が何かを冬城に渡していた事を思い出す。一馬はβブロッカー遮断剤という心拍数を低下させる薬を渡したと説明。長く息を止める水中脱出を行うために、いつも15分くらい前に飲む薬だという。小五郎は筋弛緩剤にすり替えたと推理するが、一馬は反論して身の潔白をアピールする。 この後、小五郎、団員らは血液分析の結果を待つ事に。コナンは1人、会場に戻って事件当時の状況を振り返る。そして、水槽の真上にある天井下の梁に目を留め、何かに気付く。その時、突然雷が落ちて場内の電気が消えると、コナンは水槽に2度目のカーテンがおりた後、一瞬暗くなった事を思い出す。犯人の目星をつけたコナンは再びビデオの映像を確認し、証拠も見つけ出す…。

小五郎、コナン、蘭、園子は伊東玉之助一座の芝居を見るため、琴電に乗って有名な芝居小屋、金丸座のある琴平駅へ。一行は金刀比羅宮、本宮へと続く長い石段を上った後、金丸座へ行き、伊東玉之助、片岡れんげ、伊東めぐみらと再会を果たす。蘭らは日本最古の小屋を見学しながら芝居の話題に触れる。 今回、一座が上演するのは「オペラ座の怪人」を下敷きにした「こんぴら座の怪人」という時代劇。玉之助が怪人、女優の軽部ロミがヒロインの歌姫、河竹乙弥が侍を演じる。玉之助らが稽古をする傍ら、客席にはスポンサーである羅臼コンツェルンの羅臼辰彦の姿。羅臼は幼馴染みのれんげを激励する。この後、れんげの役が歌姫ではなく、小さい役という事に対し、羅臼が不満を漏らすと、玉之助は配役を決めるのは座長の自分だと主張。玉之助は有名な若手舞台女優にも関わらず、客演をあっさりOKしてくれたロミを庇う。 この後、蘭たちは大道具の鍋島勝男から仕事の邪魔だと文句を言われる。鍋島は蘭たちを小屋に入れた玉之助にも小言を言う。そして、稽古が再開されると、その直後にロミの頭上の大提灯が落下。コナンが大提灯を吊っていたロープを調べると、刃物で入れたような切れ目がついていた。ロミは額に小さな傷を負ってしまうが、大した事はないと気丈に振舞う。蘭は、ヒロイン役の女優の上にシャンデリアが落ちる「オペラ座の怪人」と状況が似ている事に驚く。 すると、玉之助は芝居ではなく、実在の怪人からヒロインを替えろと要求されている事を告白。金刀比羅宮などに出没する怪人の姿が観光客らに目撃され、座長宛に「広い参加、得よ！　刺され、散華に！　讃岐こんぴら座の怪人」という10通の手紙も送られてきたという。コナンは手紙が"さ抜き言葉"の暗号と気付く。暗号を解読すると、手紙は「ヒロイン替えよ、れんげに！」という脅迫状のような内容に。だが、玉之助は要求に応じるつもりはなく、このままの配役でこの日のプレミア、明日の一般公演を行うと宣言する。 夕方、金丸座にプレミアの招待客が入っていく。そして、舞台の幕が開くと、芝居や金丸座独特の演出に招待客は歓声を上げ、喝采を送る。そんな中、客席のコナンはロミがチラチラと上方のぶどう棚を見上げている事が気になる。コナンはロミの視線の先を追い、ぶどう棚の隅にうごめく影を発見。玉之助が演じる怪人とは別にもう１人の怪人がいるのだ。その直後、ロミは激しく苦悶。ロミは「オペラ座の怪人」の設定と同じように声が潰れていた。 ロミは楽屋口へと駆け込んでしまい、一旦、緞帳が降ろされる。ロミはうがい薬を誰かにすり替えられ、声を潰してしまったのだ。玉之助は急遽れんげにロミの代役を頼み、れんげは急いで着替え始める。一方、コナンはぶどう棚へ上がる梯子を見上げ、ぶどう棚の隅の怪人がいた辺りに半透明の幕が敷かれているのに気付く。コナンは梯子を上って幕を確認しようとするが、鍋島に立ち入り禁止だと阻まれてしまう。 客席に戻ろうとしたコナンは迷路のような小屋の中で迷い、れんげの楽屋の前へ。すると、中から会話が聞こえ、音楽の天使と名乗る人物が不安を口にするれんげを励ましていた。だが、れんげが楽屋から出て行った後、コナンが楽屋の中を覗くと、そこには誰の姿もなかった…。結局、れんげは見事にロミの代役を務め、芝居は大成功を収める。 翌朝、空き地に首を刺された鍋島の遺体…。傍らには石段登りに使う杖が転がり、凶器のナイフを握りしめた怪人も倒れている。怪人の仮面は外れかけ、玉之助の顔が覗いている。そこへ自転車に乗った警官が通りかかり、目覚めた玉之助に動くなと命令。玉之助は自分が犯人ではない事を訴えるが…。

コナンら少年探偵団、灰原は阿笠博士とSF映画「スターブレイドVI」の試写会へ。開場前、長蛇の列に並ぶコナンらにフリーカメラマンの建井文吾という男性が声をかけてくる。建井はこの映画の大ファン。彼女の亜美と知り合ったのもこの映画の試写会だという。だが、チケットが取れなかったのか、この日は亜美の姿がない。そして、建井は昨夜、スターブレイド仲間の鴨川から試写会のチケットをよこせとしつこく電話された事を明かす。 一同が話していると映画のコスプレ姿の係員が現れ、光彦らは建井に写真を撮ってもらう。建井は写真を送るため、阿笠から住所を聞く。阿笠が建井の手帳に住所を書くと、建井はその部分を破る。そして、その紙切れをフィルムケースに入れ、ケースを胸ポケットにしまう。この後、建井は作品に関して間違った発言をする。光彦らが不思議に思っていると、建井の携帯が鳴る。 電話の相手は鴨川で、奥穂第二ビルに呼び出されたという。建井は列の順番を取っておいてほしいと阿笠に頼み、バッグを置いて待ち合わせ場所へ向かう。この後、元太らは先ほどの建井の間違った発言を話題に。すると、コナンが建井のバックの中身を確認。中の手帳には3年前の試写会の未使用チケット2枚が挟んであり、1枚には血の痕。どうやら建井は前作を観ていないようだ。 さらにコナンは手帳に挟んである建井と亜美の仲睦まじいツーショット写真を見つける。写真の日付と3年前のチケットの日付は同じだった。そして、コナンはバッグの中に何を撮影したかがわかるように番号を振ったフィルムケースを発見。阿笠の住所を書いた紙切れをケースに入れた行動を不審に思う。阿笠はフィルムが15枚も残っていたのにカメラを巻き戻した建井の行動が引っかかったという。この後、コナンは建井が何を企んでいるかに気付き…。

ホテルニューベイカの504号室。小説家の萬田年久は電話をきると部屋の扉を開ける。そこには編集者の島木の姿。島木は締め切りまで2時間しかないと萬田に原稿を催促。萬田は原稿執筆のため、猫のノベルと共に部屋にカンヅメにされているのだ。島木がエレベーターホールで待機していると告げて部屋を出て行くと、萬田はボーイに変装し、ノベルを連れてホテルを抜け出す。 堤無津川の河川敷にあるグラウンドでは、コナンが元太、光彦らと野球をして遊び、歩美と哀は隅で応援している。その脇の土手を帽子にメガネ、マスクで変装した萬田が自転車に乗って通過。萬田は自分の家の向かいに住む弟子の原本高平の家に急ぐ。原本は萬田を家に入れると、原稿が入ったディスクを差し出す。実は、萬田の原稿はゴーストライターの原本が書いているのだ。 自分も作家としてデビューしたい原本は編集者を紹介して欲しいと萬田に頼む。デビュー作の推理小説は完成間際だという。原本はフィギュア、花瓶などのコレクターで、部屋には様々なコレクションが所狭しと並んでいる。原本は抜けていたモノが今日揃ったと嬉しそうに語る。その隙に手袋をはめた萬田は花瓶で原本の頭を殴って殺害。萬田は部屋の扉に「執筆中　入室厳禁」と書かれた札をかける。その時、萬田はノベルがいない事に気付くが、時間が経つと504号室に居たというアリバイが崩れるため、ノベルを置いてホテルに戻る。 萬田は504号室にやってきた島木に原稿を渡す。この後、萬田と島木は打ち合わせのため、タクシーで萬田の家に向かう。車内で次回作はミステリーだと明かす萬田。原本のデビュー作を自分の作品として発表するつもりなのだ。萬田らが帰宅すると、既にノベルが戻っていた。萬田が完全犯罪成立と喜んだ直後、ガシャンというガラスが割れる音が響く。コナンたちの野球の球が原本の家の中に入ってしまったのだ。コナンらは原本の家に向かい、萬田は…。

コナンら少年探偵団、灰原は小説家の萬田年久の弟子、原本高平が家の中で殺害されているのを発見する。捜査にあたる目暮警部らは物盗りの犯行と考えるが、コナンは知り合いの犯行と推理。空き巣なら「執筆中　入室厳禁」という札がかけられた部屋の扉を開けないと考えたのだ。検死官によれば、原本の死亡推定時刻は約2時間前の午後3時頃。目暮がアリバイを確認すると、萬田は昨晩からホテルの部屋にカンヅメで、その時刻も部屋にいたと証言する。 高木刑事はホテルと原本の家が近い事を指摘。すると、島木はホテルのエレベーターホールにいたと説明し、萬田がホテルを抜け出すのは無理だと証言する。コナンは机の引き出しの中に鏡しかない事に着目。何かを取り除いたように見える事から、犯人の目的は引き出しの中の物だったと推理する。哀はもう1つの部屋に不可解な点があると目暮らに伝え、その部屋へと移動する。 その部屋では、棚のミニカーや人形などのコレクションが逆さまにひっくり返っていた。その時、ノベルがやってきて、ミニカーをひっくり返す。目暮は現場に猫を放した萬田に注意。そこにハウスキーパーの市村が現れる。市村は、物をひっくり返したのは原本だと考える。市村を困らせるため、他のいたずらもよくやるという。だが、コナンは、コレクションの一部が壊れているのに気付き、犯人の仕業と推理。原本ならもっと大切に扱うと考えたのだ。 この後、萬田の次回作がミステリーという話題に。すると、市村がデビュー作は推理物にすると原本が話していた事を明かす。その話に萬田は動揺し、話題を変える。抜けていたモノが今日揃ったと原本が話していた事を思い出した萬田は、頼まれて購入したものはあるかと市村に訊ねる。市村は歯医者の予約を取ってあげたくらいだという。話を聞いたコナンは誰が犯人かに気付き、物がひっくり返った謎も解く…。

小五郎とコナンが書店で立ち読みしていると、目暮警部が乗るパトカーが走り抜ける。小五郎らはパトカーに同乗し、殺人現場へ向かう。マンションの一室には小説家、斉川村子の遺体。傍らにはブロンズ製の置物が転がっている。殺害時刻は昨夜7時から9時の間。後頭部を置物で殴打されて即死だという。 遺体の第一発見者は迷宮出版の担当編集、遠野舜一とマンション管理人の村田啓三。遠野は昨日の打ち合わせの時に頼まれた資料を今朝届けに行ったという。だが、部屋から応答がないため、遠野は管理人に鍵を開けてもらい、居間で村子の遺体を発見。遠野は昨夜の8時頃まで村子の部屋にいたという。 遠野は数日前に大蛇谷良を名乗る人物から、命を頂くという内容の葉書が村子宛に届いていた事を告白。大蛇谷は村子の代表作に出てくる天才的犯罪者だ。高木刑事は部屋に鍵がかかっていた事に着目。担当編集の遠野と管理人の村田なら村子の部屋の合鍵を持っている可能性は高い。この後、数日前に村子と村田が激しく言い争っていたという情報が寄せられるが、村田はそれを否定する。 小五郎らが犯人の手がかりを捜す中、コナンは流しの三角コーナーでガリを発見。すると遠野は昨夜、寿司を出前した事を明かす。村子はガリが苦手だったため、そのガリを捨てたと遠野は推測する。しかし、コナンはガリがしっとりしている事に違和感を持ち、第一発見者のどちらかが今朝捨てたと推理する。 遠野が村子を訪ねたのは昨夜6時半で、7時半に村子に頼まれて寿司屋に出前を注文。8時に出前が届いた後、遠野は部屋を後にして8時15分に居酒屋で友人と合流したという。そして、殺害は寿司を食べた1時間後という司法解剖の結果が出た後、昨夜9時頃に宅配屋が村子の部屋の前にいる村田を目撃していた事が明らかに。目暮らが村田に疑いの眼差しを向ける中、コナンはメモ用紙を発見し、その内容から犯人のトリックを暴く…。

コナンと蘭は園子に誘われ、森へ紅葉狩りに出掛ける。実は、この森はドラマ「冬の紅葉」のロケ地。資産家の令嬢と青年将校が小枝に赤いハンカチを結んだ枯れ木の下で再会するシーンが有名になり、園子も京極真との再会を願い、赤いハンカチを小枝に結び付けようと考えていた。だが、同じような考えのファンが大勢いるようで、木立の枝には多数の赤いハンカチが結ばれていた。 園子は自分が結んだハンカチの下で京極と再会したいと考え、全てのハンカチを取り除く事に。その時、ドラマのＡＤを名乗るホヅミが現れる。ホヅミは脚本家にこの場所を教えたのは自分だと明かす。ロケハン中に枝に結んだ赤いハンカチを発見し、それを元に脚本家が物語を書き換えたという。だが、ドラマがブームになり、ハンカチを枝に結ぶ人が増えたため、山の持ち主には怒られたらしい。話を聞いた園子は気まずくなり、ハンカチを結ぶのを自粛する。 話が一段落すると、ホヅミは園子らに言伝を頼む。赤いハンカチが結んであった元の木の場所を知りたいとファンに頼まれたらしく、駅前の赤樹旅館のロビーにある伝言ノートに木が見つかった事と場所を書き込んでほしいという。そのファンには何かあったらノートに書き込むと話してあるらしい。コナンらは言われた通り、旅館の伝言ノートに言伝を書き込み、ファミレスで食事をとる。食事中、園子はやはりハンカチを結びたいと言い出す。 結局、コナンらは再び森へ入る。そこでコナンはホヅミの手帳が落ちているのを発見。ページの一ヶ所に血痕が残り、そのページには「4月1日 ＡＭ6時 局前集合 バス弁当手配」と書かれていた。この後、コナンは手にベットリと血が付いている事に気付く。手帳に付着した血が乾いていなかったのだ。そして、コナンらは近くで胸にナイフが突き刺さったまま絶命したホヅミを発見する…。

森の中でホヅミの遺体が発見され、群馬県警の山村刑事が捜査を行う。蘭と園子はホヅミがドラマ「冬の紅葉」のADで、言伝を頼まれた事などを山村に伝える。山村もそのドラマの再放送を見ているという。山村は「ホヅミ」と名前をカタカナでノートに書かせた事に疑問を持つ。コナンはホヅミが普段からカタカナを使っていると推理。拾った手帳にもホヅミと書かれていたからだ。 山村は血の跡が残るホヅミの手帳に目をつける。蘭は4月1日のページにだけ血痕が残り、ホヅミの指に血が付いている事から、それをダイイングメッセージと考える。そして鑑識の結果、ホヅミの死亡推定時刻は午後5時頃と判明。ホヅミは一度腹部を刺された後、胸部を刺されていた。身元がわかる物は犯人に全て抜き取られていたため、山村はドラマの制作スタッフに電話して身元を確認する事に。その頃、別の刑事は森の中で無人のテントを発見する。 この後、コナン、山村らはホヅミに頼み事をしたファンが宿泊する可能性が高い赤樹旅館に向かう。そのファンは今朝チェックインしたとホヅミは話していたが、それに該当する宿泊客は3人。容疑者は口の悪い若者の大隈勇、メガネをかけた老人の綿貫辰三、片言の日本語を喋る外国人のハンス・バックリリーという3人に絞られる。だが、3人はドラマの事を全く知らないという。 そんな折、ドラマの制作会社に問い合わせた刑事から報告が入る。ホヅミという名前のADは存在しないという。その刑事は報告の後、制作会社の名簿のコピーを山村に手渡す。コナンは名簿を見て何かに気付き、ライトを片手に森へと戻る。そしてコナンはある木を見つけると、根本の土を掘り起こす。すると、そこから白骨化した頭蓋骨が現れ、コナンは…。

登校前、コナンら少年探偵団は同級生の千春のアパートに立ち寄る。千春からアパートにゴミの出し方に物凄く厳しい岩田巌という人がいると教えられ、彼を見学する事になったのだ。千春によれば、岩田は3ヶ月位前に引っ越してきたという。そして、コナンらがアパートに着くと、ちょうど脇のゴミ収集所で岩田がヤクザ風の男、鶴間にゴミの出し方を注意していた。 岩田がゴミの出し方に厳しくなった理由は、引っ越して間もなく起きた放火。夜中に誰かが出したゴミに火が放たれ、偶然気づいた岩田が消火したが、それ以来、岩田はゴミの出し方に厳しくなったという。元太は規則にうるさい岩田が周りに恨まれないかと心配する。そして、3日後に殺人事件が起きてしまう。だが、岩田は被害者ではなく、加害者だった。 事件を担当する高木刑事は、ゴミの出し方が原因だとコナンらに明かす。前の晩、夜中3時頃に片山美砂がゴミを出し、岩田はそれを注意。すると、美砂は落ちていた鉄パイプで岩田に殴りかかったという。身の危険を感じた岩田が美砂を突き飛ばし、彼女は後頭部を電柱に打って絶命してしまったのだ。岩田はすぐに自首し、正当防衛を主張。美砂はスナックのホステスで、よく夜中にゴミを出していたという。町内会長も注意したようだが、美砂は開き直っていたらしい。そして、美砂は何度も注意する岩田を疎ましく思っていたのだ。 事件の目撃者はなく、高木は岩田の供述を信じていいかと悩む。そして、高木、コナンらは岩田が以前住んでいたマンションの管理人、岡野から話を聞き、人物像を探る事に。岡野によれば、岩田は温厚な性格で、揉め事は1度もなかったという。元太はゴミの出し方を注意する岩田とのギャップに違和感を持つ。さらに岩田が賃貸契約を更新した直後に突然、引っ越した事が判明。話を聞いたコナンは岩田が美砂を殺したのは偶発的な事件ではないと推理し…。

午前中、コナンや元太、歩美、光彦、灰原は5時間目の学活の話題を話す。予定していたドッジボールは雨で中止になりそうなため、代わりに何をやるのか、気になっているのだ。4時間目の授業中、東尾マリアは消しゴムを忘れた歩美に声をかけようとするが、何もできずに終わる。そして、坂本たくまは鉛筆の芯が全部折れて困ってもクラスメイトに相談できずにいた。転校生のマリアと大怪我で学校を休んでいたたくまは1年B組に馴染めずにいるのだ。 4時間目が終わると、担任の小林澄子は給食の後の昼休みに人と会うので教室を空けて欲しいと生徒たちにお願いする。昼休みを図書館で過したコナンらは、小林が何かを企んでいると推測する。そして昼休みが終わり、コナンらが教室に戻ると、黒板に一枚の貼り紙。そこには「小林先生はあずかった　君たちにいばしょがわかるかな？　怪人二百面相」と書かれていた…。 生徒たちが驚く中、コナンは自分の机の中から3と記された紙を見つけ、これは小林が生徒に仕掛けた推理ゲームだと判断する。小林はヒントを出し、自分が隠れている場所を生徒に捜させようとしているのだ。この後、歩美の机から2、光彦の机から1、元太の机から朱書きで5、そしてマリアの机から4と記された紙が見つかる。さらにコナンは黒板に貼られた紙の裏にサイコロの絵が描かれている事に気付き、誰かの机に6と記された紙もあると推理する。 すると、たくまが6と記された紙が机に入っている事を渋々明かす。元太や歩美はたくまの名前を思い出せずにいたが、コナンは正しく言い当てる。実はコナンもたくまの名前を忘れていたが、小林のヒントを元に名前を推理していた。既にコナンは小林の暗号を解いてしまったのだ。そして、コナンが皆に暗号の謎を語ろうとしたその時、校内放送が流れ、職員室に呼ばれてしまう。残された元太らは、マリア、たくまらと協力して暗号を解こうとするが…。

放課後、コナンら少年探偵団は読書感想文を書くため、読む本を図書室で選ぶ。歩美が選んだ本は最後のページが破られていた。だが、歩美はその本が読みたいと主張。コナンは本の背表紙の図書カードを確認し、最後に借りた1年A組の内藤司に話を聞く事に。一方、図書館を出た廊下で光彦と話していた元太は男に突き飛ばされる。男が来た理科室の方には人だかりができている。 コナンと歩美はA組の教室へ行くが司は休みだった。クラスの女子によれば司は無断欠席したという。この後、その女子は歩美が借りた「アレックの冒険」を見て、司が読んでいた本だと気付く。大切な物を無くした主人公のアレックが、無くした物を取り戻せる力を持つ「ふたたびの石」を見つけ出す内容だという。コナンと歩美は本の事を聞くため、司の家へ向かう事に。 その頃、光彦と元太は理科室へ。野次馬の1人に話を聞くと、大事な石が何者かに盗まれたという。元太は突き飛ばした男が犯人と推理し、光彦と共に男の後を追う。この後、コナンと歩美は理科室の前を通り、米花博物館から借りた再来石が無くなった事を知る。コナンは再来石とふたたび石が似ている点から、犯人が「アレックの冒険」を読んだ可能性があると推理する。 元太と光彦は男の後を追うが、男に追跡がバレてしまう。そして、コナンと歩美が司の自宅、焼き鳥の内藤へ入ると、そこには元太らの姿。男は司の父親だった。コナンらは父親に許可をもらい、司の部屋を調べさせてもらう。そこでコナンらは司の母親の遺影を発見する。遺影の横の写真立てには海をバックに微笑む司と母親の写真。コナンはこの写真を見て全ての謎を解く…。

杯戸中央病院の廊下にジェイムズ・ブラック、ジョディ・スターリング、赤井秀一の姿。ジェイムズらは病室で意識不明のまま眠る水無怜奈を心配する。このままの状態が続けば組織にこの場所を知られる危険性があるからだ。毛利探偵事務所では、小五郎と蘭が些細な事から口論になり、本堂瑛祐がとばっちりを受ける。本堂は蘭と偶然会い、事務所に遊びに来ているのだ。 この後、事務所の電話が鳴る。しかし、本堂が誤って電話を切ってしまい、小五郎らは夕方まで暇を持て余す。そして、コナンが読んでいた漫画誌の話から、去年メジャーデビューした人気ミュージシャン、板垣ロクの話題に。蘭はインディーズの頃からロクのファンだった園子の言葉を思い出す。ロクがデビュー1年足らずで充電期間に入ってしまい、園子はロクに何かあったに違いないと話していた。すると、事務所に柱谷と息子の巧が現れる。 巧はロクが橋から落とされるところを目撃したと証言する。柱谷によれば、TVでロクが出演するCMを見た巧は、ノコギリの兄ちゃんが殺されたと騒ぎ始めたという。ロクの髪は銀色でギザギザに立っているため、巧にはノコギリのように映るのだ。柱谷はロクが急に休みに入ったと知り、心配になって小五郎に相談しに来たという。先ほど電話をかけてきたのは柱谷だった。 巧がロクを目撃したのは柱谷の車で初詣に行く途中。ちょうど花火が上がった時だったようだが、どこの橋かは覚えていないという。ある男が橋から落としたカバンから血だらけのロクの顔が出ていたらしい。巧はその男の腕には釘の絵が描かれ、車の傍には大きな光るトンカチが見えたと証言する。 小五郎は巧の言っている事がウソだと疑ってかかる。だが、本堂は巧の頚動脈に手を当て、巧がウソをついていないと判断。コナンは頚動脈に手を当てる本堂に動揺する。怜奈がコナンにやった動作と同じだったからだ。その時、テレビの臨時ニュースで、堤無津川からロクの遺体が発見されたと報じられ…。

堤無津川から人気ミュージシャン、板垣ロクの遺体が発見される。コナンは小五郎、蘭、本堂、目撃者の巧、父親の柱谷と現場へ向かう。一行が最初に足を運んだのは杯戸新橋。だが、杯戸新橋、杯戸中央橋、杯戸大橋のどの橋が現場だったのか、巧の記憶が曖昧なため、特定は難航する。さらに巧が目撃した大きな光るトンカチの謎も解明できない。 この後、ニュースでロクの死を知った園子から蘭の携帯電話に連絡が入る。蘭はロクと釘の関係性を園子に質問。園子によれば、蛇の頭に釘が刺さった絵はロクがインディーズ時代のバンドのマーク、ネイル・スネイクだという。ロクを川に落とした男の腕に描かれた釘の絵は、そのマークのタトゥーだったのだ。蘭はロクのファンがタトゥーを彫るショップを園子に教えてもらう。 そして、コナンらは杯戸中央橋付近にあるタトゥーショップへ。しかし、ショップの旗のマークを見た巧は、自分が見た絵ではないと証言。すると、コナンはバンドのマークが別のものに替わったと推理する。旗を留める画びょうが取れていたからだ。店員は旗を張り替えようとしていた事を認め、新しいマークの旗を見せる。そのマークを見た巧は自分が見たものだと証言する。 店員によれば、マークが替わると知ったコアな3人のファンが既に新しいマークのタトゥーを彫っているという。店員はタトゥーを入れた桐谷、安居、関内の写真を取り出す。だが、3人とも腕にタトゥーを入れているため、捜している男が誰かは判断できない。しかも、巧は男の顔を覚えていないという。 店を後にしたコナンらは最後に杯戸大橋を確認するが、結局、どの橋が現場なのかは特定できなかった。この後、コナンは重なる自分と柱の影を見て、ビルの方へと駆け出す。そして、コナンはロクを川に突き落とした人物、どの橋で犯行が行われたのか、証拠がどの辺に沈んでいるかに気付き…。

黒ずくめの組織のジンとウォッカはキャンティ、コルンと連絡を取りながら水無怜奈の行方を捜していた。その頃、怜奈はFBI監視の下、意識不明の状態のまま病院のベッドにいた。キャンティは怜奈がFBIに洗脳されて寝返っていないかと心配するが、ジンはそれを否定。怜奈は組織に紛れ込んだネズミから激しい尋問を受けても何も吐かなかったという過去があるからだ。 翌朝、小五郎はコナンと蘭、そして遊びに来た本堂瑛祐と喫茶店ポアロへ行く。本堂はインターネットで面白い事件を見つけたと報告する。だが、小五郎は事件を解決しても報酬が得られないため、取り合おうとしない。本堂によれば、その事件はホームズの小説「赤毛連盟」に似ているという。コナンは「赤毛連盟」という言葉に興味を示し、小五郎は話を聞いても良いと意見を変える。 本堂が事件を見つけたのは、とあるHPの日記コーナー。日記には高い報酬のバイトについて書かれているという。「赤毛連盟」と似ているのは報酬が高い点。バイトの依頼主はゴミの無害化を研究する団体で、仕事内容は燃えるゴミの日に、あるゴミ置き場のゴミをゴミ収集車が来る前に回収し、次の燃えるゴミの日に、前に回収したゴミとその時に出されたゴミを交換するのみ。それだけで1回5万円もの報酬が口座に振り込まれるという。 日記を書いている人物は、依頼主が「もういい」と言うまで続ける条件で2週間前からバイトを開始。しかし、そのバイトには不審な点も…。回収したゴミを依頼主が調べた形跡はなく、ゴミを回収する目的がわからないという。小五郎はゴミを回収している隙に依頼主が近くでよからぬ事をやっていると推理する。そのゴミ置き場は鳥矢町3丁目の公園近くにあるらしい。コナンらはゴミの回収に間に合う時間だったため、そのゴミ置き場へ行ってみるが…。

ゴミ置き場付近では銃殺事件が起こり、目暮警部と高木刑事が捜査をしていた。被害者は近くに住む船本兼世。貴金属が盗まれ、物盗り目的の犯行と判断される。だが、息子の透司は交通事故の事を母親に話したため、口封じに殺されたと訴える。透司は水無怜奈の交通事故の目撃者だった…。だが、コナンは事故の事を目暮らに知られないように話をすり替える。 目暮によれば、兼世は週4回ゴミ出しを兼ねて早朝ジョギングをしていたという。だが、ジョギング中ではなく、自宅で殺害されたため、目暮は物盗りの犯行として捜査。交通事故の事も調べたが、痕跡もなかったという。この後、コナンらが事件現場となる兼世の自宅へ向かうと、そこには1ヶ月前に左足を骨折して車椅子に乗る夫、船本達仁の姿。犯行現場の兼世の部屋は2階にあり、達仁の部屋はその隣りに位置していた。達仁が2階に上がる時は家政婦の茂野孝美が肩を貸しているという。 そして、コナンらは兼世が頭を撃たれた部屋のベランダへ。目暮によれば、犯人はフック付きロープを使ってベランダに登り、扉を割って鍵を開けて侵入したという。だが、扉の鍵の部分のガラスが割られていたのは下だけ。コナンは上の鍵の部分が割られていない事を不審に思う。だが、兼世はよくベランダから星を眺めていたため、上の鍵は掛け忘れたと判断される。 犯行時刻は兼世が帰宅した直後の一昨日夜9時から10時の間。それ以前に部屋に身を潜めていた犯人に背後から狙われたと推理される。犯行時刻、孝美は友人2人と下のリビングに。達仁は疲れて部屋で休んでいたという。小五郎はアリバイのない達仁を疑うが、弾の入射角度からすると犯人は身長180cm以上。達仁は車椅子に乗っている上、身長160cmで犯行は不可能だった。この後、孝子が夕食を作る事に。その時、コナンは車椅子に付着するネギの切れ端を発見。さらにコナンは卵の賞味期限が昨日の2月4日だった事から何かに気付き…。

阿笠博士に連れられ、群馬のスキー場にやってきたコナン、歩美、光彦、元太、哀。コナンはゲレンデでスノーボードを楽しみ、歩美や光彦、元太はロッジ前で雪ダルマ作りに夢中になる。そして、滑り終えたコナンに哀、阿笠は黒ずくめの組織、水無怜奈が関わる一連の事件について質問。コナンは怜奈の交通事故を目撃した透司との再会は偶然ではなく、本堂瑛祐の仕業だと哀らに告げる。 本堂は怜奈の居場所を知るために探りを入れてきた人物の仲間と推理するコナン。だが、コナンはドジな本堂が本当にその人物の仲間と確信できずにいた。コナンはロクの事件で本堂が流した涙の理由も理解できていないという。その頃、雪ダルマを作っていた歩美は、後ずさりした拍子に隣にいた板橋一八が作っていた雪ダルマにぶつかってしまう。 すると仲間の1人、小倉朔子が歩美を叱り付ける。その雪ダルマは卒業制作の試作品で、作っているのは板橋、朔子、木山鍛治、尾上麻華の4人。彼らは美大の彫刻科に通う大学生で、板橋が雪像の基礎となる形を作っているという。卒業制作のテーマは「雪男の嘆き」らしい。この後、朔子が板橋を急かし、4人はギクシャク。特に女性2人は仲が悪く、朔子は足を引きずる麻華に皮肉を言う。その様子を見ていた光彦らは雪ダルマで朔子を驚かせようと計画する。 この後、板橋は吹雪の中、雪像作りに励み、ほかの3人はおのおの自分の部屋で過す。そんな中、読書をしていた朔子は携帯電話で何者かに呼び出される。昼頃、コナンらが食堂で食事をしていると、板橋、木山、尾上が慌てた様子でやってくる。朔子の行方がわからなくなったらしく、コナンらも手分けして朔子を捜す事に。だが、外は猛吹雪で捜索は困難を極める。そして、元太らがロッジ裏で自分たちが作った雪ダルマの首が落ちているのを発見した後、コナンが崖の下にある池に何か浮いているのに気付く。コナンが眼鏡の望遠機能で確認すると、それは朔子の遺体だった…。

コナンらは崖下にある温泉が流れ込む池で溺死した小倉朔子を発見。遺体の足にはスノーボードのブーツ、そして池にはスノーボードが浮いていた。群馬県警の山村刑事は事件と事故、両方の可能性を探りながら捜査を進める。この後、山村はロッジ前にある卒業制作の雪ダルマに気付く。板橋一八は崖の近くで雪ダルマを作っていたが、朔子の悲鳴は聞いていないという。 さらに山村は近くに落ちているリンゴやバナナに気付く。山村が卒業制作のパーツと勘違いすると、光彦は自分たちの頭が取れた雪ダルマのパーツだと説明する。そして、山村が光彦らの雪ダルマに近づこうとすると、元太が声をかけて注意。雪ダルマには探偵バッジが埋まっているという。この後、雪ダルマにつけていた手袋が風で吹き飛ばされ、元太は追いかけた拍子に転倒する。 元太は雪に顔面を突っ込み、鼻血を流してしまう。転倒しただけで鼻血が出たため、歩美は雪の中に何かが埋まっていると思う。すると、元太は何も埋まっていなかったが、変な味がしたと明かす。元太によれば、雪はしょっぱい味がしたという。この発言にコナン、哀は驚いて反応する。この後、司法解剖の結果が出て、朔子の胃から池と同じ水質の水が出てきた事が判明。光彦らは事故の可能性が高いと考えるが、コナンは殺人の線で推理を進めていく。 山村は朔子の溺死に事件性はないと判断し、事故として県警本部に報告の電話を入れる。だが、近くにいた阿笠は事故とは限らないと山村に疑問を提起する。この後、板橋、木山鍛治、尾上麻華はロッジ前に呼び出される。コナンは変声機を使って阿笠に成り済まし、朔子が亡くなったのは事故ではなく、殺人事件だと3人に告げる。続けて、コナンは犯人が3人の中にいると断言して…。

コナン、少年探偵団は米花中央公園に向かう途中、高木刑事と千葉刑事に偶然会う。昨夜、近くに住む袋小路の家に泥棒が侵入し、300万円近くが盗まれたという。袋小路は長身の痩せた犯人を目撃するが、目出し帽に軍手をつけていたため、人相もわからず、指紋も残っていないという。この後、コナンらが公園に行くと、米花署員たちが池に潜む攻撃的なパックリガメを捕獲しようと悪戦苦闘していた。コナンらはパックリガメの捕獲を見物に来たのだ。 元太はカメを無責任に捨てた飼い主を捜し出そうと提案。その矢先、コナンは見物人の中に不審な人物、木俣泉を見つける。コナンが声をかけると、泉は恋人ができてカメが邪魔になり、昨日の朝捨てたと告白。だが、この直後に自分が飼い主だと主張する二本松二郎が現れる。コナンは泉が飼い主と言っている事を二本松に告げる。すると、二本松は嘘だと白状し、小さい頃にミドリガメを捨てた罪滅ぼしのためにパックリガメを引き取りたいと明かす。 結局、泉が二本松にカメを引き渡す事になり、一件落着と思いきや、パックリガメは次々に発見され、合計4匹見つかってしまう。すると、二本松は全部引き取りたいと職員に訴える。そのやさしさに感動した光彦は二本松の両手を握りしめ、二本松が片方の人差し指に包帯を巻いている事に気付く。この後、二本松はミドリガメに関して間違った発言をする。コナンは二本松がミドリガメを飼った事はないと気付き、何か別の企みがあると推理する。 コナンらは企みを調べるため、二本松のアパートへ行き、大家さんから話を聞く。すると、二本松に借金がある事が判明。その頃、公園では2匹目のパックリガメが捕獲される。二本松は4匹捕まったら引き取ると職員に伝え、公園を後に。コナンらはそんな二本松を尾行し、カメ4匹の内の1匹にだけ関心を持っている事がわかる。さらにコナンらは二本松と借金取りの話を盗み聞き。お目当てのカメが手に入れば100万円の借金が返せるというが…。

画家、及川武頼（おいかわたけより）の別荘に怪盗キッドから犯行の予告状が届く。狙われているのは及川の新作「青嵐」で、予告された犯行時刻は明日20時。及川の義父、神原晴仁（かんばらはるひと）は「青嵐」の事を心配するが、及川は警察に通報し、小五郎にも仕事を依頼して万全の備えをしていた。 　翌日、及川の別荘にたくさんの報道陣が集まる。警備を指揮する中森警部は、現場に入るなと報道陣に注意を促す。だが、「青嵐」はTVの生中継でお披露目される予定。及川がサインを入れて絵が完成するところをオンエアするのだ。この後、小五郎、コナン、蘭は別荘の中へ。及川が小五郎らをアトリエに案内しようとすると、神原が声をかけてくる。神原は風景画で有名な画家だが、10年前に手を傷めて以来、筆を握らなくなったという。 小五郎らがアトリエに入ると「青嵐」は白い布で覆われていた。及川は完成前の絵を人に見せない主義だという。天井には予告状が届いた後に及川が取り付けた監視カメラ。部屋のドア前では機動隊員が警備にあたるが、絵を見られるのを防ぐためにアトリエの中には機動隊員を入れていない。 犯行予告の時間まで30分に迫った時、及川は絵を最終チェックしたいので監視カメラを10分位切ってほしいと言い出す。この後、及川は中森からトランシーバーを借りてアトリエの中に入る。そして、及川のチェックが終わり、監視カメラの電源が入れられると、神原が及川のいるアトリエの中へ入っていく。 その頃、居間では中森らが絵の話題を話す。新作は４点セットの最後の１枚。１作目「紅蓮」が花、２作目「金色」が月、３作目「純白」が鳥、そして４作目「青嵐」が風。４作品で花鳥風月を表しているのだ。３作品を競り落とした大金持ちが４作目の完成を心待ちにしているという。その時、別荘が突然停電に…。及川によれば、アトリエには神原が残っているという。中森らがドアを破って室内を確認すると、「青嵐」は盗まれ、血だらけの神原が倒れていた…。

画家、及川武頼（おいかわたけより）の別荘から新作「青嵐」が盗まれ、同時に及川の義父、神原晴仁（かんばらはるひと）がナイフで刺殺される。捜査にあたる目暮警部は怪盗キッドの犯行の可能性が高いと判断。そして、報道陣に取材を受けた及川は「青嵐」を描く事は永遠にないと発言する。後からオリジナルが出てくれば、そちらを本物と認めざるを得ないからだ。 コナンは怪盗キッドが目暮、佐藤刑事、高木刑事、千葉刑事の中の１人に変装していると気付き、報道陣に聞き込みを行う。TVスタッフによれば、目暮らが別荘に来た時、ぐったりした日売テレビのスタッフが人混みから連れ出されたという。話を聞いたコナンはその際にTVスタッフに変装したキッドが４人の中の１人に入れ替わったと推理。コナンは不審な荷物があったら携帯に連絡して欲しいとTVスタッフに頼み、今度はアトリエ前の機動隊員たちに話を聞く。 機動隊員らによれば、監視カメラの電源が入った後、神原がアトリエに入り、及川と神原は１、２分間、一緒にアトリエにいたという。コナンは及川が加害者の可能性を探るが、機動隊員は及川に不審な点はなかったと証言。及川と神原が一緒にアトリエにいた時の様子は、監視カメラの死角にいたため、映っていなかったという。及川の上着の表面に付いた血は、及川が中森らと一緒にアトリエに入った時に付着したもの。暗闇の中、及川が偶然見つけた神原を抱きかかえた時に付いたものだという。 さらに機動隊員たちは鑑識の話をコナンに伝える。鑑識は神原のセーターの胸の部分に付いた“く”の字型の血の跡、そして左手の親指の付け根に残っていた楕円型の跡を気にしていたという。この後、コナンは裏庭を警備していた機動隊員から釣り糸が落ちていた事を聞き出す。釣り糸を手渡されたコナンは、犯人のトリックに気付き、何かを探すために地面をライトで照らす。そして、コナンは小さな穴の開いた石を見つけ出し…。

コナンと蘭は小五郎が運転するレンタカーで温泉へ向かう。そこに目暮警部から携帯に連絡が入る。目暮は携帯を取った蘭に車に爆弾が仕掛けられている事を明かす。目暮によれば、車は10キロ走行すると爆破装置が起動する仕掛けだという。だが、すでに車は10キロを走行していた。目暮は走り続けろと指示。車は時速20キロ以下になると同時に爆破する装置がセットされているという。 そして、目暮は近くに給水塔があるかを確認。その直後、前方の高い給水塔が爆発して倒壊する。犯人は脅しではない事を証明するため、車が通りかかる時間に給水塔を爆破したのだ。この後、目暮は杉山と名乗る男性から連絡があったと小五郎らに状況を説明。杉山は小五郎が米花レンタカーから借りた車に爆破装置を仕掛けたと明かしてきたという。 小五郎はレンタカー会社のアルバイト店員が杉山という名前だったと説明。小五郎は杉山にこの日の半額キャンペーンの温泉を紹介され、その温泉に向かっていたのだ。杉山は有名な探偵である小五郎を殺せば話題になると話していたという。目暮は高速道路に入れという杉山の指示を伝え、小五郎は車を高速道路の入口へと走らせる。コナンは犯人がこの日を選んだ理由を考える…。 　この後、付近の道路に緊急配備が敷かれ、上空からは白鳥が乗った警視庁のヘリが車の行方を見守る。小五郎が運転する車は白バイに誘導されて高速道路に入り、目暮と千葉刑事が乗った黒パトが後に続く。車内では、小五郎がガソリンメーターを見て驚きの声をあげる。ガソリンの残量が半分を切っていたのだ。ギリギリの時速20キロで走っても１時間もつかどうか…。 ガソリンが尽きれば車が停まって爆発するため、小五郎はその前に２人を脱出させると言ってコナンと蘭を励ます。そして、千葉は黒パトを並走させ、窓を開けるように指示を出す。だが、窓もドアも仕掛けが施され、開ける事ができない。コナンは車を時速20キロ以上で走らせながら停める方法を考えるが…。

　コナンは光彦、歩美らと帝丹小学校の図書室で読書をする。元太は椅子の上に重ねた本の上に乗り、書架の上の方にある本を取ろうとするがバランスを崩して落下。担任の小林先生は散乱した本を元の場所に戻そうとして書架の隙間に何かを発見する。それは古い革の財布で、中には１枚の紙が入っていた。 　コナンはこの財布に見覚えがあり、紙に記された「ありがとう、一年A組、毛利蘭」という文章を見る前に言い当てる。元太らが驚いたため、コナンは蘭から昔の話を聞いたと慌てて誤魔化す。この後、コナンは10年前に起きた財布にまつわる不思議な思い出を光彦、歩美らに話し始める…。 　10年前、満月の夜に帝丹小学校の図書館にお化けが出るという噂が流れる。小１の新一は噂の真偽を確かめるため、満月の夜に図書館へ向かい、蘭も心配して新一についていく。噂によると、そのお化けは帽子を被り、気味悪い声で鳴くという。そして、新一らは警備員の目を盗んで図書館へ侵入。新一は館内を調べ、お化けがいない事を確信する。月明かりに照らされたカーテンが人影に見え、笑い声のような音は窓の隙間から入る風の音だったのだ。 　噂の真相を暴いた新一は蘭と一緒に帰ろうとする。その時、２人は書架の上に座る帽子を被った謎の男に声をかけられる。新一の弟を名乗る謎の男は革の財布を取り出し、中に入っている宝を見つけ出せるかと新一に挑戦。蘭は断ろうとするが、新一は男の挑戦を受けて立つ事に。男に渡された財布の中の紙には「ハイドの怒りを鎮めよ」という暗号が記されていたが…。

　コナンは図書館にあった財布にまつわる思い出話を続ける。10年前、謎の男の挑戦を受けた新一は蘭、阿笠博士に協力してもらいながら第１、第２の暗号を解読し、「オクホの証を消し去り 濁った声で孤独を噛みしめろ」という第３の暗号を手に入れる。新一は暗号の前半部分を解読し、奥穂郵便局に向かってほしいと車を運転する阿笠に頼む。２回とも謎の男が好きだと話していた赤い物に次の暗号が隠されていたため、新一は赤いポストに何かあると推理する。 　工藤邸では妃英理が新一と出掛けた蘭を心配していた。だが、優作と有希子は阿笠と一緒なので心配いらないと英理を安心させる。この後、英理は警視庁から優作宛に電話があった事を報告。それは優作が警察に協力して怪盗から宝石を守った事へのお礼の連絡だった。英理が帰った後、有希子は優作に言われ、役作りのために弟子入りした事がある奇術師との打ち合わせを思い出す。 　その頃、新一らは奥穂郵便局に到着。しかし、ポストを調べても手がかりはない。新一は前にあるヘアサロンの店主と新聞配達の会話を偶然聞き、閑古鳥という言葉をヒントに誰もいない周辺の通りを歩いて調べる事に。ペットショップにある赤いフード、とある民家の庭にある赤い屋根の犬小屋、喫茶店の前に停まる赤いバイクなどを見て回った後、新一らは一時停止の赤い標識に目を留める。そして、蘭は標識のポールに貼ってある次の暗号を見つける。 　新たな暗号は「米花中国士東」で、最後の東は四角で囲ってある。新一らが児童公園で暗号を解読しようとしていると、一台の車が目の前に停車する。車から現れたのは小五郎と目暮警部。まだ刑事だった小五郎は目暮と郵便局で聞き込みをしていたのだ。小五郎と目暮は暗号を見て、麻雀を打ちたくなったと言い出す。麻雀という言葉を聞いた新一は暗号を解くきっかけを掴み…。

　妃　英理が法律事務所で仕事をしていると、玄関の呼び鈴が鳴る。英理がドアを開けると、そこには花束を持った蘭とコナンの姿。蘭は記念日を祝福しようとするが、英理は何の記念日か忘れている。実は、この日は英理と小五郎が初デートした日。昨夜、蘭は本棚を整理中に古いアルバムを見つけ、記念日を知ったのだ。だが、記念日の事を教えられても、英理は素っ気ない態度をとる。 　この後、蘭は花を生ける花瓶を探し、本棚の横にある花瓶を取ってとコナンに頼む。だが、コナンがその花瓶を抱きかかえると、英理は棚の花瓶を使ってと言って、本棚横にあった花瓶を元の場所に戻す。その時、事務所の電話が鳴り、英理は電話の相手に呼び出される。英理は猫のゴロの世話を蘭に頼むと、急いで出掛けてしまう。蘭が誰に呼び出されたか、気にしていると、ゴロが本棚横の花瓶をひっくり返し、中から英理と男性が写った１枚の写真が出てくる。 　コナンは英理が写真の男性に呼び出されたと推理。写真の裏に書かれた電話番号が事務所の電話の着信履歴に残っていたからだ。蘭はこの写真を見せたくないので別の花瓶を使わせたと推理。さらに、花瓶の中から紙くずに混じり、結婚指輪が出てきたため、蘭は英理が男性と浮気していると勘繰る。この後、蘭はコナンと一緒に英理の後を追い、ドッグカフェで２人の姿を発見。蘭は英理に真相を確かめようとするが、コナンはしばらく様子を見ようと提案する。 　浮気相手の疑いがある男、戸部はテーブルにやってきた子犬を抱いた女の子に赤ちゃん言葉で話しかける。この後、蘭は戸部の腕にある無数の生傷に気付き、悪い男と決め付ける。さらに、蘭は目に涙を浮かべて「震えが止まらない」と漏らす英理を見て動揺。蘭は戸部が英理を誘惑した挙句、捨てる気だと思い、戸部を厳しく睨み付ける。その時、コナンは戸部を観察して正体に気付くが…。

　夕方、米花公園裏で立松新三郎（たてまつしんざぶろう）と小此木清隆（おこのぎきよたか）が車に跳ねられ、近くにいた小五郎とコナンが救急車を手配する。コナンは立松の顔に見覚えがあった。半月前、立松が日本一運の悪い人として紹介される番組が放送されたのだ。小五郎は立松らが運悪く交通事故に遭ったと考えるが、目撃した若者は車が２人を狙って突っ込んだと証言する。 　２人が搬送された米花中央病院では、高木刑事が目撃者の証言を小五郎らに伝える。犯人は帽子を目深に被り、サングラスをかけた人物。立松と小此木が会釈してすれ違おうとした時、車が突っ込んでいき、立松は辛うじてかわしたが、小此木は跳ね飛ばされてしまったという。小五郎らは２人のどちらか１人が犯人に狙われたと推理する。この後、千葉刑事に連れられ、小此木の甥、榊一馬（さかきかずま）と婚約者の一倉知美（いちくらともみ）が病院に現れる。 　千葉によれば、小此木は資産家で、血縁は榊のみ。小此木が亡くなれば、全財産は榊のものになるという。高木は事件が遭った夕方６時半のアリバイを確認。榊は自宅マンション、知美は銀座の東都デパートにいたという。その時間、デパートでは爆弾騒ぎがあり、知美は５階の女子トイレで時限爆弾が発見されたというメールを榊に送信。爆弾騒ぎがあったのは事実だが、それは悪質なイタズラ。偽物の爆弾は知美の話と違い、６階の男子トイレで発見されたという。 　この後、皆の前に姿を現した立松は、犯人が口封じのために自分を轢き殺そうとしたと告白。一昨日、立松はスーパーから出た直後に引ったくりに遭い、昨夜には犯人から口を封じるという殺人予告の電話があったという。立松は引ったくり犯と車の運転者は同一人物だったと証言し、無関係の小此木を巻き込んだ事を謝罪。だが、コナンらは引ったくりの口封じで殺人を犯すのかと不審に思う。翌朝、事件現場で推理を巡らせていたコナンは、小五郎の言葉をヒントに逆転の発想で事件の真相に気付き、裏付けの捜査を進める…。

　コナンは、少年探偵団、哀、阿笠博士と共にサッカー競技場でサンデーカップ準決勝を観戦する。元太、歩美、光彦は応援していた東京スピリッツがPK戦で敗れ、落ち込んでしまう。帰り道、阿笠は車でビルの地下駐車場に立ち寄る。阿笠は評判のチーズケーキをご馳走して元気付けるつもりなのだ。コナンの励ましもあり、歩美と光彦は元気を取り戻すが、元太だけはふて腐れたまま。 　元太が八つ当たりして蹴ったサッカーボールは駐車中の車の屋根に落下。車の持ち主、児島乾史（こじまかんじ）に怒られてしまう。この後、転がってきたボールで車にキズと泥がついたというルトガー・ハイネンが現れる。コナンらは日本語が上手なドイツ人、ルトガーと仲良くなる。３ヶ国語が話せるルトガーは日本人の妻を持つバツイチ。やはりチーズケーキを買いに来たという。 　この後、ルトガーの携帯にイギリスにいる元妻から連絡。ルトガーは息子の進学の事で元妻と話し合うため、阿笠が代わりにケーキを買ってきてあげる事に。阿笠らはケーキを食べに向かうが、元太はふて腐れて駐車場に残る。コナンらが店内でケーキを食べている頃、元太は壁に向かってボールを蹴って練習。その時、ガゴッという物音が響き、驚いた元太は空振りして尻餅をつく。 　ケーキを食べ終えたコナンらは駐車場に向かう。駐車場の入口に差し掛かった時、稲垣大将（いながきひろまさ）がいきなり飛び込んできて歩美と激突してしまう。稲垣は謝罪した後、散乱した紙袋の中身を拾い集め、慌ててその場を去っていく。コナンは稲垣が拾い忘れた免許証に気付いてを拾い上げる。 　気を失っていた元太が目覚めると、ゲート出入口で玄田辰造（げんだたつぞう）が作業員と言い争っていた。ゲートの機械の調子が悪く、車を外に出せないらしい。元太はボールを探そうと辺りを見渡し、頭から血を流して倒れるルトガーを発見する。駆けつけたコナンは誰がやったのかと虫の息のルトガーに質問。すると、ルトガーは「はんにん」と言って元太の方を指さし…。

　地下駐車場でルトガーが殴打され、病院に搬送される。目暮警部と高木刑事が現場に駆け付け、凶器の鉄パイプが発見されるが、元太は自分が蹴ったボールでケガしたと思い込んで呆然とする。犯行時刻に駐車場にいたのは元太を除くと児島乾史、玄田辰造、稲垣大将の３人。ルトガーは元太を指さして「犯人」と呟き、気絶する前に「エル」と言い残したため、コナンは犯人が元太と何らかの共通点を持ち、エルという言葉に関係する人物と推理する。 　この後、高木は容疑者３人に事情聴取を行う。犯行時刻、児島は車の中で競馬中継を聞いていたと説明する。光彦は、漢字は異なるが元太と同じ名字の児島を犯人と推理。歩美は、ルトガーが東京スピリッツのポロシャツを着た元太を指さしたのは、東京スピリッツのヒデの背番号と同じ11のシャツを着る児島が犯人だからだと考える。だが、コナンと哀は２人の推理の誤りを指摘する。 　玄田は女性に頼まれたバッグを買いに来たが、売っていなかったため、別のお店に行こうとしたら地下駐車場の出口ゲートが故障していたという。光彦と歩美は玄田が元太のように太って、元太と発音が似た名字だったため、犯人だと推理する。しかし、コナンと哀が２人の推理の間違いを指摘する。 　稲垣はビル６階で行われる新人アイドルの撮影会に来たという。光彦は稲垣が落とした免許証に注目。稲垣大将の「稲」の字を除くとガキ大将と読めるため、ルトガーはガキ大将の元太を指さして稲垣が犯人だと伝えたと推理する。歩美は稲垣のLoveと書かれた帽子に着目。ルトガーが言い残した「エル」はLoveの事だと訴える。だが、コナンと哀は２人の推理のおかしな点を指摘する。 　この時、コナンは哀の言葉をヒントに同じ綴りで英語とドイツ語では別の意味を持つ言葉がある事に気付く。コナンはそれを足掛かりに元太と同じイタズラ坊主が犯人だというルトガーの残したメッセージの意味を解明。コナンは阿笠の背後に回り、変声機を使って阿笠の声で推理した事を語り始める…。

月曜の午後７時半から時間内に逃げる５人を捕まえると賞金が貰える30分番組の生放送がスタート。コナンと蘭はこの番組が流れる家電店のＴＶの前を過ぎて商店街にある30分計れる砂時計の前に。そこに現れた小五郎はレストランが混んでいたため、８時に予約を入れたとコナンらに説明。小五郎は８時に砂時計の前に集合しようと告げ、パチンコ店へ入っていく。８時まで30分あるため、コナンはミステリー専門書店へ、蘭は洋服屋へ行って時間を潰す事に。 コナンは２階にある書店に行くため、商店街とマンションが一体化した建物、ブロードウェイの正面入口へ。そして、コナンが階段を登り始めたその時、２階から女性の悲鳴が聞こえてくる。コナンが現場に駆け付けると、そこには、しゃがみ込む女性店員、山口史織（やまぐちしおり）と倒れた男、西山幸男（にしやまゆきお）、携帯で警察に通報する店員、小出秀樹（こいでひでき）の姿。 西山の背中には刺された傷。コナンは刺されて間もないため、犯人が建物内にいる可能性が高いと考える。その時、コナンは哀に肩を叩かれる。偶然、哀も２階にある別の書店に来ていたのだ。コナンらは西山のポケットに財布があるため、物取りの犯行ではないと推理する。この後、警官２人が到着し、騒ぎに気付いた蘭は小五郎を呼びに行く。続いて、目暮警部と白鳥警部も現場に到着。だが、コナンと哀は警察の到着が早過ぎる事に違和感を抱く。 目暮は第一発見者の史織と小出に話を聞く。小出によれば、西山はこの建物では嫌がらせをする人物として有名だったという。そんな中、コナンは野次馬の中にいる不審な若い女性、水野薫子（みずのかおるこ）に気付く。犯行後、時間が経っていないため、コナンは外に出られる唯一の場所、正面玄関に向かい、そこで甘栗を売る亮二（りょうじ）に話を聞く。亮二によると、悲鳴が聞こえる前も後も階段を降りてきた人物は１人もいないという。話を聞いたコナンは犯人が建物内にいると確信して…。

瀬戸内海に面した島の小高い丘に立つ洋館。広い庭一面にはラベンダーの花が咲き誇っている。そこにメイド、水口香奈（みずぐちかな）の悲鳴が響く。令嬢が施錠された部屋で首を吊って死んでいたのだ。半年後、洋館を訪れた高校生探偵は新事実を付き止め、香奈が令嬢を殺害した犯人として疑われる。警察の厳しい尋問を受けた香奈は断崖から飛び降りてしまう…。 コナンは小五郎が運転するレンタカーで、蘭、大阪から来た服部平次、遠山和葉と共に桜の名所に来ていた。コナンは平次と２人きりになると、水無怜奈が大阪にいたか、真偽を確かめて欲しいと頼む。コナンは大阪の通天閣をバックにコンビニ袋を持った水無の写真をファンのHPで発見したのだ。コナンが水無の事を探る本堂瑛祐について、平次に説明していると、傅久（でんきゅう）という若い修行僧が小五郎に気付いて声をかけてくる。 傅久は謎を解いて欲しいと小五郎に依頼。傅久によれば、先日、和尚を訪ねてきた女性が部屋から消えてしまったという。その女性は寺の離れに宿泊した翌朝、腹に刃物が刺さった状態で絶命。だが、警察に連絡した後、傅久らが離れに行くと女性と共に畳に流れていた血までもが消えてしまったというのだ。小五郎らは近くにある寺に行って和尚からも話を聞く事に。 傅久が奉公している昇岳寺に到着後、小五郎は女性の事を住職の釈蓮（しゃくれん）に訊ねる。すると、釈蓮は離れに小五郎らを案内する。その離れには４つの部屋があり、一部屋の広さは8畳。そして、小五郎らは死体があったという北に面した部屋へ向かう。傅久は死体があった場所を指差し、平次とコナンはその場所の畳を持ち上げて不審な点がないか調べる。 蘭と和葉は部屋の隅、床の間の方に目を向ける。床の間の前にはガラスケースに入った小さな仏像。釈蓮によれば、その仏像は四天王の１人、多聞天。西の部屋には広目天、南の部屋には増長天、東の部屋には持国天の仏像が置かれているという。この後、小五郎らはレンタカーを停めた場所に戻り、このまま帰るか、泊って翌日に調べ直すかを相談。そこに血相を変えた傅久が現れる。 傅久は離れの真ん中で腹に刃物が刺さった女性が死んでいると小五郎らに説明。部屋はこの間と同じ北の部屋だという。すぐに平次らは部屋に駆けつけるが、女性の死体はなかった。すると、釈蓮は、女性の姿は母親が恋しい傅久が心に生み出した幻だと説明。18年前、母親は傅久を寺に預け、海に身を投げたという。女性が消えたという３日前は来客すらなかったと釈蓮は説明する。 だが、平次は３日前には女性がいたと反論。続いて、コナンが畳の隙間で見つけたピアスの留め金を取り出し、女性がいた事を証明する。すると、釈蓮は2ヶ月前まで奉公していた修行僧２人のピアスだと説明。釈蓮はその２人が変装して街に遊びに出ていたと明かす。傅久によれば、２人は離れでお酒を飲んでいた事を釈蓮に怒られ、寺を出て行ってしまったという。 コナンと平次はそれでも納得できずに離れを調べるが、畳に血の跡は見つからない。結局、女性がいた証拠を見つけられず、車がある場所へ戻る事に。だが、コナンと平次は腑に落ちない。畳表に見つけた煙草の焦げ跡とビールの染みを、最初に離れに行った時に気付かなかった事が引っかかっているのだ。車から離れまでは走って往復７、８分。時間は十分あるため、平次は畳を入れ替えたと推理する。 この後、小五郎らは車の所で待っていた蘭、和葉と合流。その時、コナンはメガネに貼り付いた落葉から何かに気付き、平次も和葉の風車を見て何かに気付く。２人はトリックを見破ったのだ。コナンらは寺に戻り、傅久にトリックの仕掛けを明らかにする。四天王を納めたガラスケースの底に裏から畳表を貼り、血の染み込んだ畳の上に載せていたのだ。平次は、この仕掛けを作ったのは出ていった修行僧２人で、それを利用したのが釈蓮だと推理する。 さらに今夜の死体は女装した釈蓮だと推理する平次。釈蓮が死体のフリをしいのは、同じ事が２度あれば、傅久の錯覚だと思い込ませる事ができるから。釈蓮は風車のように並べられた畳の配置を換えた上で、このトリックを使って畳に染み込んだ血を隠したのだ。この後、コナンらが離れに向かうと、そこには釈蓮の姿。観念した釈蓮はコナンらに真相を告白する。

マンションの一室で強盗殺人が起き、血相を変えた小五郎とコナンがやってくる。被害者は小五郎の知り合い、井上弘子（いのうえひろこ）。遺体の前では同 居中だった恋人の高岡　明（たかおかあきら）がうな垂れている。死亡推定時刻は昼11時から１時の間。室内は荒らされ、床にはつぼみのミニヒマワリの鉢が転 がり、電気コードのコンセントは倒れた椅子に引っ掛かって抜けている。 小五郎は弘子が営むバー「ヒマワリ」の常連。弘子は好きなヒマワリを店名にしたという。高岡は自主映画の監督で、最近メジャー映画を撮影する事が決まった ばかり。故郷の福島、白砂海岸の鳴き砂を題材にした作品で、高岡は昨日から福島へ下見に行っていたという。高岡の才能を信じて生活を支えていた弘子の苦労 が報われた時に起きた事件。小五郎は犯人への怒りを露わにする。 向かいの煙草屋は、死亡推定時間の前後にマンションに入った人はいなかったと証言。夕方４時頃、電気屋が大きな段ボール箱を抱えてマンションに入ったとい う。第一発見者の木塚　修（きづかおさむ）は脚本家志望で、高岡のバイト仲間。高岡が木塚に映画の事を相談するため、２人は５時に部屋で待ち合わせ。木塚は 鍵のかかってないドアを開けて死体を発見、110番通報したのだ。 通報を受けて目暮警部、高木刑事らが現場に到着したのが５時20分。その少し前に高岡は帰宅したという。死亡推定時刻、木塚はバイト先の電気会社の倉庫 で作業していた事が立証されている。この後、高岡は部屋にあるTV雑誌のお笑い番組に弘子がつけた赤線に気付く。弘子はこの日もお笑い番組を見ようとして いたのか、３時から５時に放送する番組に赤線がつけてあった。 この後、高岡のアリバイも立証されている。12時２分に福島にある銀行のCDの防犯カメラに姿が映っていたのだ。高岡は昨日からの行動を高木に詳しく説明。その間にコナンは部屋のヒマワリを見て何かに気付く。そして、コナンはビデオデッキや弘子の靴、バッグの中身を調べて犯人を推理する。

コナンは歩美、元太、光彦、哀と共に阿笠の車でキャンプ場に向かうが、途中の森の中でタイヤがパンクしてしまう。一行は途方に暮れるが、運良く近くに茅葺き屋根の農家を発見。コナンらは農家に住む田中伊和江（たなかいわえ）に頼んで一晩泊めてもらう事に。玄関に入った阿笠は田中のスリッパの隣りに別のスリッパを発見。そのスリッパは10年前に料理人になると言って家を出ていった孫、祥太のモノだった。 そして、光彦らは囲炉裏のある部屋に飾られた写真立てに気付く。田中は祥太の写真だと説明した後、祥太は薄情者だとぼやく。祥太は毎月かなりの額を送金してくるが、一度も顔を見せないという。この後、歩美が水槽の金魚を見て喜ぶと、田中は祥太が飼っていた金魚だと説明する。その時、光彦は木戸の隙から覗く人影を発見して悲鳴をあげる。 覗いていたのは、安達頼人（あだちらいと）、香原風雅（かはらふうが）、大庭　茜（おおばあかね）。３人は車で森林浴に来たが、道に迷ってガス欠になったという。田中は泊めて欲しいという３人の頼みを了承するが急に不機嫌に。入室後、風雅は自分たちがホストだと阿笠に告白。風雅が店のNo.２、頼人がNo.１で、茜は２人の上客だという。この後、風雅は金魚について、頼人は水槽の底にある石についての知識を披露。茜は２人が意外にも物知りだった事に驚く。 夕食後、田中は皆を２階に案内し、部屋割りを決める。子供たち、阿笠と頼人と風雅、茜がそれぞれの部屋に分かれて寝る事に。そして深夜、激しい雨が降り出す。光彦は１階のトイレに行った後、物音に気付いて台所へ向かう。そこで驚きの光景を目撃した光彦は、２階の部屋に戻ってコナンに台所で見た事を伝えようとする。その時、外から茜の悲鳴が聞こえてくる。コナンらが外に向かうと、そこには茜を抱きかかえる頼人の姿。喉元を切られた茜はこの直後、絶命してしまう…。

金融会社の社長令嬢、茜が何者かに殺害され、群馬県警の山村刑事らが捜査を開始する。第一発見者、頼人はトイレに行こうとした時に悲鳴を聞き、現場に駆け付けたという。山村は事情聴取をしようとするが、風雅が拒否したため、家にある刃物を調べる事に。すると、光彦が夜中に赤い柄の包丁を研ぐ田中の姿を見たと証言。だが、田中は包丁を持っている事すら否定する。 この後、山村の指示を受けたコナンらは奥の部屋で待機。その時、阿笠はテントを張る時に使用する金槌がバッグの中から無くなっている事に気付く。コナンが金槌の事を警官に確認すると、金槌は近くの森の中で発見されたという。コナンは犯人が使 用した可能性もあると訴えるが、警官は刃物ではないという理由で取り合おうとしない。 そして、警官と話していたコナンは、タンスの上にある桐の箱に気付いて中を調べる。箱の中には柄が赤い包丁が入っていた。手入れされた包丁には祥太の文字が刻まれており、コナンは田中が包丁の事を隠した理由を推理する。この後、山村は田中宅にあった刃物類、キャンプ道具、赤い柄の包丁からルミノール反応が出なかった事をコナンらに伝える。 続いて、山村は部屋の中に泥の足跡が残っている理由をコナンらに訊ねる。コナンは茜を部屋に運んだ時についたと答える。しかし、コナンは何かが引っかかり、茜を発見した時の状況を回想。そして、コナンは茜を発見した時、１人だけ靴を履いていた人物がいた事を思い出す。 この後、歩美は水槽の水が昨夜より減っている事に気付いて水を加える。歩美は金魚が水槽の水を飲んだと思って水を加えたのだ。その時、コナンは水槽の水が減っている本当の理由、そして金槌が森の中で発見された理由に気付く。コナンは茜を殺した犯人がわかったのだ・・・。

元太はたくさんの警官が登場するドラマが米花公園で撮影されたと気付き、コナン、光彦、歩美、灰原を現場へ案内する。帰り道、歩美は顔見知りの秋本靖代（あきもとやすよ）と偶然会う。靖代はお巡りさんにお菓子を届けに行くところだという。靖代はその巡査の名前を知らず、２人は深夜に路上であいさつを交わすだけの間柄。ヒゲを生やし、メガネをかけた制服の巡査だという。 この後、コナンらは靖代と米花駅前交番を訪ねるが、応対した新井（あらい）巡査は、そんな巡査はいないと主張する。制服警官はヒゲ自体が禁止。つまり、その巡査はニセ者なのだ。コナンらは高木刑事を呼び出して事情を説明する。靖代がニセ巡査に会ったのは残業で帰りが遅くなったここ１週間。靖代はニセ巡査が老夫婦に付き添ったり、酔っぱらいを支えたりする姿を目撃したという。 コナンはその人物がニセ警官を装った理由を考える。新井は警官を装って悪事を企んでいると推理。ここ１週間、連続して空き巣事件が起きているという。この後、靖代は「鉄龍」というラーメン屋で何度か老夫婦を見かけたと高木に伝え、一行は「鉄龍」に向かう。高木は店主の小田原鉄二（おだわらてつじ）に事情を説明。そこにニセ警官に付き添われた老夫婦が偶然通りかかる。 その老夫婦は高柳（たかやなぎ）夫妻。高木は夫妻に話を聞くが、２人は親切な警官だったと口を揃え、新しい情報を得る事はできなかった。その時、昨夜遅くに空き巣事件が起きたという情報が入ってくる。新井はニセ警官が犯人と推理するが、靖代は悪い事をするような人ではないとニセ警官を庇う。 そして靖代と別れた後、コナンは警官の制服の入手方法を考え、ドラマの衣装なら手に入れる事ができたと推理。公園でドラマを撮影していた日売テレビに問い合わせる。この後、コナン、高木らは通行人に聞き込みを行い、ニセ警官が現れ始めたのは１週間前と判明。それは空き巣事件が始まった日であると同時に靖代が残業を始めた日でもあった…。

コナンは蘭と園子の会話から本堂瑛祐が水無怜奈を捜し回っている事に気付く。そんな折、コナンは水無と本堂の調査を頼んでいた平次から連絡を受ける。平次は小さい頃の本堂を知る人物を見つけたとコナンに報告。その人物とは通天閣近くのお好み焼き屋の店長。幼い本堂は父親に連れられ、よくお店に来ていたという。本堂の父親は仕事仲間もお店に連れてきたようだが、数年前からパッタリ来なくなったらしい。今の店長が知っている情報はここまでだった。 本堂の父親と仲が良かった前の店長はすでに他界。だが、前店長がかわいがっていた孫なら他の情報も知っているかもしれないという。本堂の父親に会っている可能性がある孫は現在、東京で模型店を経営しているらしい。この後、平次は本堂の父親が黒ずくめの外国人とよく来ていたという気になる情報を加える。電話を切った後、コナンは阿笠に会ってこの情報を付け加える。 早速、阿笠はお好み焼き屋の客だったと偽って孫に連絡。孫は本堂の父親と思われる常連客が写る写真を１枚持っているという。阿笠は孫に頼んで写真を見せて貰う事に。孫は予定していたジムをキャンセルしてくれるという。阿笠とコナン、哀は約束した午後８時に孫のマンションを訪ねる。すると孫は玄関の呼び鈴を鳴らすコナンたちに背後から接近し、阿笠の頬に拳銃を突きつける！？ だが、拳銃はただのオモチャだった。無類のガンマニアだった前店長の知り合いなら、この冗談が通じると思ったらしい。孫の名前は西郡宗兵（にしぐんそうへい）。西郡は阿笠らを散らかった部屋の中に案内する。早速、西郡は問題の写真を見せようとするが、アルバムが見つからない。アルバムを諦めた西郡はパソコンに入れた同じ写真のデータを開こうとするが、何とデータは消去されていた。消した覚えがない西郡が不思議がると、コナンは何者かが部屋に忍び込んだと推理。コナンは人が忍び込んだいくつもの証拠を発見していたのだ…。

西郡の部屋に何者かが侵入し、本堂の父親と思われる男性の写真が消えてしまう。犯人の可能性が高いのは、元彼女の早織（さおり）、モデラー仲間の多湖（たご）と古庄（ふるしょう）。３人は部屋の合鍵を持っているのだ。西郡はコナンに促され、３人に電話して探りを入れる事に。最初に西郡が電話した早織は買い物に出ていたという。早織は西郡を心配し、たまに良い物を食べる事、ちゃんと風呂に入る事を忠告して電話を切る。 続いて、西郡は多湖に連絡。多湖は部屋で戦車の模型を作っていたという。多湖は明日までに兵隊の模型を仕上げてほしいと西郡に頼む。徹夜になりそうな西郡は洗い物や洗濯物が溜まっていると愚痴る。すると、多湖は近所迷惑になる夜は控え、明日やった方が良いと西郡に提言。多湖は西郡を気遣い、朝行って寝ている間に洗い物などをやっておくとやさしい言葉をかける。 この後、部屋の呼び鈴が鳴り、西郡は多湖との電話を切る。呼び鈴を鳴らしたのは荷物を届けに来た配達員だった。コナンは配達員に応対する西郡の動きをジッと凝視する。最後に西郡は古庄に電話。古庄は風邪を引いて家で寝ていたという。古庄は部屋が散らかっていた事が風邪の一因と考え、部屋の掃除を西郡に勧める。西郡の部屋は色々な物が散乱しているのだ。 さらに古庄は最近ウイルスが蔓延しているため、ジオラマ写真が入っている西郡のパソコンの事を心配。古庄はウイルス感染を懸念してウイルスソフトのアップグレードを西郡に勧める。この後、コナンは部屋にある椅子を手で触り、湿っている事に気付く。コナンはスリッパも調べるが、湿った物はなかった。 西郡は３人の中に怪しい人物はいなかったと証言。皆、いつも通りだったという。すると、コナンは３人の体型を西郡に確認。西郡によれば、早織は身長150センチで太り気味、多湖は早織より小柄、古庄は身長180センチで痩せているという。話を聞いたコナンは３人の中に犯人がいると断言する…。

コナンと哀は木の上から助けた子猫の飼い主を捜す。そこに喫茶「チャチャ」の石上保（いしがみたもつ）が現れ、飼い主だと名乗り出る。子猫のチビを捜していたという石上は、お礼をすると言って２人を店内に案内。店内では、小五郎が競馬中継を聞きていた。その時、向かいのビルから血相を変えた今岡文枝（いまおかふみえ）が石上を呼びに来る。石上、コナンらがオフィス・カネマルの事務室に行くと、金庫前で男性が頭から血を流して倒れていた。 遺体の周囲には陶器の破片が散乱し、壁際の棚には大小の招き猫が並んでいる。この後、目暮警部らが現場に到着し、騒ぎに気付いた小五郎も現場へ向かう。被害者は金丸研三（かねまるけんぞう）、65歳。死因は招き猫による撲殺で、棚には招き猫一体分の空白ができている。死亡推定時刻は午前11時から午後１時の間。週１回掃除に来る文枝が１時30分に来て遺体を発見したという。 小五郎は帳簿を見て、30万円の借金がある文枝を疑う。その時、刑事が隣の社長室でメモ帳を発見。そこには12時30分に村井千佳（むらいちか）という女性と会う予定が記されていた。すると、石上はその時間に若い女性がビルに入る姿を目撃したと証言。10分後、その女性は逃げるように出ていったという。 この後、繁華街で千佳の身柄が確保される。文枝によると、部屋の招き猫は全て右手を挙げたもの。右手はお金、左手は人を招くらしく、金の亡者だった金丸は前者だけ集めていたという。部屋を調べていたコナンは社長室に掃除機がかけられ、掃除機の中にゴミパックがない事に気付く。そこに刑事に連れられ、千佳がやってくる。バッグから借用書が見つかると、千佳は犯行を認める。 その頃、コナンは社長室のソファの下で招き猫の破片を発見。その破片は招き猫の指先だった。千佳はブランド品を揃えるために金丸から借金。お金が返せない千佳は、金丸が金庫を開けた時、背後から招き猫で頭を殴ったという。しかし、コナンは部屋の状況を見て犯人は別にいると推理する…。

　警視庁内を歩く佐藤刑事は同僚たちにチラチラと見られる。佐藤は視線に気付き、何を見ているのかと詰め寄るが、同僚たちは話をはぐらかす。この後、高木刑事は同僚たちが声をかけられ、白鳥警部に佐藤刑事がはめた指輪の事を質問される。その時、佐藤の携帯電話が鳴る。高木は何の事だかわからずに電話中の佐藤に視線を向け、左手薬指にはめられた指輪に初めて気付く。 　高木は婚約した人がはめる左手薬指の指輪に動揺。白鳥や同僚たちは高木が渡した婚約指輪と勘違いするが、高木は自分が渡した指輪ではないと否定する。同僚たちはざわめき出し、電話中の佐藤は静かにしてと怒鳴る。佐藤の電話の相手は蘭。蘭は人が死んでいると連絡してきたのだ。佐藤は高木に声をかけて現場へ向かう。だが、高木は佐藤の指輪の事が気になって仕方がない。 　半日前…。蘭は小五郎、コナンとミステリー作家、諸口益貴（もろぐちまさたか）の別荘に来ていた。小五郎は諸口が指にはめたダイヤの指輪に驚く。その指輪はデビュー100作を記念して作った物で、裏側には100thと刻まれていた。諸口が指輪を自慢していると、カセットテープが止まる音がする。フリーライターの出島覚治（でじまかくじ）は今時珍しくカセットテープレコーダーを使用しているのだ。出島がデジタル録音は心配だと明かすと、横にいたカメラマンの垂水　亘（たるみわたる）も同調し、アナログの話題で盛り上がる。 　すると、雑誌編集者の穴吹晴栄（あなぶきはるえ）が無駄話せず、仕事をして欲しいと２人を注意する。小五郎らは明朝に控える対談のリハーサル中。諸口と小五郎のミステリー対談が雑誌に掲載されるのだ。この後、諸口は今月号の対談の予告ページを見て、穴吹に定規を要求する。穴吹から金製メジャーを手渡された諸口は文字の大きさを確認。諸口は自分の名前が他の作家の名前より１ミリ小さいとわかると、穴吹を怒鳴り散らす。コナンは細かい事に気を配るミステリー作家は神経質だと予想していた。諸口は神経質な性格なのだ。 　さらに諸口は、前の担当編集だった秋場（あきば）は優秀だったとぼやく。秋場はトリックに関する専門知識の調査など、骨身を惜しまず尽くしてくれたという。その秋場の遺体が密室の自宅で発見されたのが今年の春。秋場の死は自殺と判断されたという。そして翌朝５時、穴吹は諸口が起きてこないため、部屋へ呼びに行くが返事はない。ドアは閉められ、合鍵もなく、コナンは子供がやっと通れる換気窓から部屋へ潜入し、絶命した諸口を発見した。その時、コナンは諸口の指輪に刻まれた文字が逆になっている事に気付く…。 　高木と佐藤は諸口邸に到着すると捜査を開始する。諸口の死因は青酸性毒物による窒息死。口にコーヒーがついている事から、コーヒーに毒物が混ぜてあったと判断される。部屋は密室で、諸口が鍵を手に持っていた事から、小五郎は自殺と推理。秋場の死に責任を感じて自殺したと考える。この後、コナンは、諸口の指輪の事を高木に報告。コナンは、神経質な諸口は逆にはめないと訴える。すると、高木は指輪目的の殺人だと推理し、犯人が本物と偽物をすり替えた時に逆にはめたと考える。穴吹も諸口が指輪を外した事はないと証言する。 　コナンは殺人の疑いも強いため、密室の謎を考える。犯人が指輪をすり替えられるのは諸口が亡くなった後。コナンはどうやって犯人が部屋を出たかを推理する。犯人が鍵をかけた後、外部から何らかの方法で諸口の手に鍵を戻した可能性もあると考えるコナン。だが、換気窓と遺体の距離は４メートル近くあり、普通に考えれば、そんな事は出来るはずがなかった。 　鑑識を待つ間、佐藤は事情聴取を行う。遺体が発見される前、出島は部屋でテープレコーダーを直していたと証言。垂水は部屋で別の仕事のネガを整理、穴吹は部屋で別の作家のゲラをチェックしていたという。コナンは金製メジャーの事を穴吹に質問。穴吹は扉、窓など、トリックに使えそうな物を諸口に頼まれて測っていたと説明する。すると、垂水が秋場に同じ事を良く聞かされたと明かす。３人は秋場と同期入社で、途中から出島はフリーになったという。 　この後、鑑識が別荘に到着する。鑑識課員によれば、諸口がはめていた指輪は本物。犯人の目的は指輪ではなかった。そして、指輪を外すと指に丸く輪になって血の跡が残っていたという。遺体のアゴの下に切った跡があるため、ひげを剃った時にアゴを切り、その血が付着したと判断される。最後に鑑識課員はコーヒーカップ、ドアノブなどから諸口以外の指紋は検出されなかったと報告。話が途切れると、少し前に佐藤の指輪に気付いた蘭が、不謹慎だと気にしつつ高木に婚約を祝う言葉をかける。だが、高木は自分が贈った指輪ではないと蘭に説明。２人のやりとりを聞いていたコナンはある言葉に閃き、犯人が指輪を外した本当の理由を見抜く。コナンは誰が犯人なのかに気付いたのだ…。

携帯電話で話す男性。電話の相手は男性に解散ライブの中止を伝える。解散ライブでファンに別れのあいさつをしたい男性は食い下がるが、電話の相手は赤字覚悟の開催はできないと聞く耳を持たない。さらに電話の相手は嫌がる男性にバラエティやトーク番組への出演を強要する。一方的に電話を切られた男性は、机の引き出しから大きなナイフを取り出して刃を見つめる…。 　コナン、少年探偵団、灰原は阿笠博士と共に日売テレビにやってくる。沖野ヨーコに招待され、仮面ヤイバーの撮影を見学するのだ。だが、撮影の遅れで見学は中止になり、コナンらは代わりにテレビ局の中を見て回る事に。すると、そこに井上和香と山本梓が現れ、ヨーコに声をかけてくる。３人はこれからクイズ番組の収録で対戦するという。皆で話していると、今度は奇抜な扮装とメイクをしたサタン鬼塚が通り掛かり、元太は仮面ヤイバーの怪人だと騒ぎ出す。 鬼塚が去った後、ヨーコはロックグループ、三途のIIIのボーカルだと鬼塚の事を説明。すると光彦は姉の頼みを思い出す。光彦は姉からテレビ局で鬼塚に会ったらサインをもらってきてと頼まれていたのだ。ヨーコは収録に行ってしまったため、コナンらは自分たちで鬼塚の控え室を探してサインをもらう事に。 鬼塚のマネージャー、横森は控え室に入り、すでに鬼塚がいる事に驚く。バラエティ番組へ出演する鬼塚は暇だったので早めに来たという。鬼塚は昼飯の出前を横森に頼む。鬼塚は味の好みがあり、ラーメン、炒飯、餃子を３店舗に分けて注文する。続いて、鬼塚は探している鏡の話を横森に切り出す。横森は鬼塚が欲しがっている鏡を見つけたので、これから取りに行くと伝える。 さらに鬼塚は昼飯の後、仮眠を取るので出番まで起こさないで欲しいと付け加える。鬼塚は昨晩、芸能事務所社長の漆原典児（うるしはらてんじ）とやりあって寝ていないと明かす。最後に鬼塚は社長が日売テレビに来ている事を確かめ、横森は漆原が２階上の応接室にいる事を教える。コナンたちは鬼塚の控え室を探して局内を歩き回る。その時、出前持ちの格好をした男性が後ろを横切っていく。この後、漆原のいる応接室にメイクしていない鬼塚がニット帽、レインコート姿で現れる。鬼塚は漆原と少し話した後、ナイフを取り出し…。 　この後、コナンたちは鬼塚の控え室前に辿り着く。光彦がドアをノックしようとすると、横森が足早にやってきて阻止。その時、控え室から鬼塚が出てくる。光彦がサインを頼むと、鬼塚は快く引き受ける。歩美は控え室を覗き込み、テーブルの上に折り紙を発見。テーブルには５羽の折り鶴、三角定規、煙草、吸い殻の入った灰皿などが置いてある。横森が買ってきた手鏡を鬼塚に渡した直後、パトカーのサイレンが聞こえてくる。そこへ血相を変えたADの三島がやってきて鬼塚らを応接室に案内。応接室では、漆原が殺害されていた。 　目暮警部、高木刑事らは応接室で捜査を開始。漆原の死亡推定時刻は午後１時で、死因は刃物による出血死。漆原はナイフで腹部を数カ所刺された後、背中を刺されていた。第一発見者の三島は午後２時に予定していた打ち合わせが遅れる事を伝えるために応接室に来て遺体を発見したという。目暮は漆原の事務所に所属する鬼塚に話を聞き、午後１時前後のアリバイを確認。鬼塚は控え室で出前を食べて仮眠を取った後、折り紙を折っていたと証言する。 午前11時から午後２時まで１人だったという鬼塚の話を聞いた目暮は犯行時刻のアリバイはないと判断。疑われた鬼塚はメイクしたまま局内をうろつけば目立つと身の潔白を訴える。だが、高木はメイクを落とせば犯行は可能だと反論。鬼塚によればメイクにかかる時間は30分。犯行前にメイクを落とし、犯行後にメイクすれば、殺害は可能だと目暮は考える。だが、横森は控え室に鏡がないため、メイクはできないと証言。目暮らは確認のため、控え室に移動する。 すぐに高木は手鏡を発見するが、横森は買ってきたばかりの鏡と説明する。目暮は鬼塚のバッグから出前持ちの服と帽子を発見。鬼塚はバラエティ番組で着る衣裳だと説明する。コナンは灰皿の吸い殻には紫色の口紅が付着しているのに、出前の箸やレンゲには口紅が付着していないという不審な点を指摘する。鬼塚は食事の時はテッシュで口紅を落とすと説明。口紅なら鏡がなくても塗れるという。この後、メイクの話をしていた鬼塚が突然目を押さえる。鬼塚はドライアイらしく、横森は目薬をさすように勧めるが鬼塚は頑なに拒否する。 煙草の事が気になるコナンは、折り紙を折っていた時、煙草を吸っていたかを鬼塚に質問。鬼塚は煙草を吸っていたと答えるが、コナンは鬼塚がウソをついている事を見破り、犯人だと目星をつける。あとは鬼塚が鏡を調達し、消したトリックを見破るのみ。コナンは鏡の謎について推理を巡らせる。そして、コナンは歩美や鬼塚の会話をヒントに鏡のトリックを解く…。

　東京拘置所の接見室で、妃 英理は竹内浩明（たけうちひろあき）と面会する。竹内は居酒屋で酒を飲んだ後、車で被害者を跳ね、そのまま逃走したのだ。担当検事の九条は竹内を10日も拘留。妃は釈放されない訳を訊ねるが、竹内は何も答えない。面会後、妃は拘置所を出た所で九条と遭遇。妃は竹内が自首し、犯行を認めている事を理由に釈放を請求するが、九条はそれを断る。 　小五郎、コナン、蘭は妃を手助けするため、警察署にある事故車両を調べる。車内を見たコナンは運転席の狭さに疑問を持つ。男性の竹内が座るにしては狭すぎるのだ。係員によれば、九条も座席の狭さを気にしていたという。続いて、小五郎らは事故現場へ移動し、目撃者のタクシー運転手から事故の状況を聞く。犯人の顔を見ていない運転手に対し、コナンは犯人が小さい人だったかを確認。すると、運転手は犯人が女性だった可能性を九条に聞かれた事を明かす。最後に運転手は犯人が逃げ去る時、頭の横辺りが光っていたと証言する。 　この後、コナンと蘭が妃の事務所を訪ねると、妃は竹内の妻、麻里子（まりこ）と話していた。帰り際、麻里子の頭の横がキラリと光り、それを見たコナンはハッとなる。麻里子のメガネの縁には宝石の装飾があるのだ。麻里子が帰った後、蘭はタクシー運転手の証言を妃に報告。犯人が女性かを九条が気にしていた事を告げると、妃は竹内が麻里子の身代わりになっているかもしれないと推測。九条が保釈に応じないのは、このためだったのだ。現在、麻里子は建設会社の社長代理。昨年、社長だった父親が脳溢血で倒れ、１人娘の麻里子が代理を務めているという。竹内はその会社の部長なのだ。 　妃は通っているスポーツジムで窃盗現場を発見。偶然、同じジムに通っている九条が犯人を取り押さえる。この時、妃は九条の狙いが麻里子と気付いた事を告げ、竹内の釈放を請求。すると、九条はようやく竹内の保釈を認める。保釈後、コナンと蘭が見守る中、妃は麻里子の身代わりになっているのかと竹内に質問。竹内が動揺しながら否定すると、妃は九条に嘘は通じないと言い放つ。すると、竹内は九条の事なら自分の方がよく知っていると意味深長な事を言う。 　竹内の言葉が引っ掛かったコナンは探偵事務所に戻ると、新聞の縮刷版を調べ、竹内の会社がマンションの手抜き工事で騒がれた５年前の記事を見つける。政界を巻き込む疑獄事件に発展するはずが、子会社の設計事務所の所長が自殺した事によって立ち消えに。コナンらは九条がこの事件を捜査していたと推理する。この後、探偵事務所に竹内が死んだという信じられない連絡が入る。 　すぐに小五郎らは竹内のマンションへ向かう。妃は竹内が６階の自宅ベランダから飛び降りて自殺したと小五郎らに説明。竹内は九条の目の前で飛び降りたという。コナンは竹内に自殺する理由がないため、この自殺を疑問に思う。後日、九条は竹内の葬儀に参列。この時、麻里子は竹内の死を九条のせいにする。表に出た九条は記者たちに囲まれ、小五郎とコナンは九条が逃げる手助けをする。そして、待っていた妃に車に乗り込んでその場を離れる。 車内で、妃は自殺前に竹内のマンションを訪ねた理由を九条に質問。竹内は本当の事を話したいので自宅に来て欲しいと連絡してきたという。九条は５年前の事件についても言及。自殺した所長の部下だった竹内の証言を突破口に自演の全容を解明できるはずだったという。ところが、竹内は突然証言を翻して起訴を断念する事に。その後、竹内は社長の娘、麻里子と結婚したという。 続いて、九条は竹内が亡くなった日の事を話し始める。九条は約束した８時にマンションへ行き、エレベーター前で麻里子と会ったという。麻里子は竹内から変なメールが届いたため、慌てて外出先から帰ってきたところだった。そして麻里子と九条の目の前で竹内は頭から飛び込むようにベランダから外へ落ちていったという。その夜、小五郎は竹内の行きつけのお店を訪ね、ママから竹内が死ぬ前の晩に離婚してやり直すと話していたという情報を入手する。 後日、コナンは遺体検案書に目を通し、ジャージのズボンを穿いた竹内が上着を着ていた点を不審に思う。小五郎も竹内の自殺に疑問を持っており、２人は竹内のマンションを調べる事に。検案書には頭部にレンガによる打撲痕と記載されていたが、竹内が落ちた駐車場にレンガはない。花壇のレンガはベランダから離れすぎているのだ。この後、コナンは上を見上げ、ベランダの不審な点に気付く。小五郎、コナンは管理人に頼んで竹内の部屋も捜査。コナンが気になったのはベランダにある衛星放送のアンテナ。竹内の家だけがとんでもない方向に向いていたのだ。さらにコナンはベランダと部屋の中を調べ、竹内は自殺ではなく、他殺されたと確信する…。

　工藤新一としてコナンは大阪の服部平次と携帯電話で会話する。互いに今月解決した事件の数を報告しあい、解決数の多いコナンは１番だと勝ち誇る。すると、平次は２番だと発言し、新一よりも頭が切れる探偵がいた事を明かす。そして、平次は３年前の山形県のスキー場での事件を回想する…。 　３年前、平次と和葉が通う改方学園中等部は山形県のスキー場に来ていた。和葉はこの山に伝わる雪女の民話を同級生から教えられる。それは、雪女が男に銀色の衣と大事な物を交換しようと持ち掛け、男が心臓を奪われてしまう銀衣伝説。心臓を奪われた男の風呂敷には銀の衣ではなく、雪の塊が入っていたという。さらに同級生は４年前に民話と似た事件が起きたと和葉に明かす。 　昼食時、平次と和葉は食堂で俳優の箕輪奨兵（みのわしょうへい）を見かける。箕輪は実際に起きた事件が題材の映画を撮影するため、雪山に来ていた。それは銀衣伝説を準えた事件で、亡くなったのは箕輪の友人でもあるスタントマンの水上二朗（みずかみじろう）。その時、箕輪も現場にいたという。ファンに事件について語る箕輪に対し、同じく水上の友人で映画監督の大山守蔵（おおやまもりぞう）は茶化すなと注意する。 　だが、箕輪は友人をネタに映画を撮影する大山に人の事を言える立場ではないと言い返す。すると今度はスタントマンの三俣耕介（みまたこうすけ）が口を挟んでくる。三俣は水上が亡くなった事によって後釜に収まった後輩。さらに水上の婚約者だったメイクの立石雫（たていししずく）も話に入ってくる。水上は立石という婚約者を残して自殺してしまったらしい。 　この後、大山らの前に探偵の片品陸人（かたしなりくと）が現れる。片品は管轄外の水上の事件を追ってクビになった元刑事。片品はこの中の誰かが水上を殺害したと睨んでいた。水上はスキー場のペアリフトに１人で乗り、拳銃で頭を撃って絶命。片品は、遺体の横に置かれたバッグに大量の雪が詰められていた事が引っ掛かっているのだ。しかし、箕輪は雪女が犯人だと発言する。 話を聞いていた平次は人間がやったから犯罪だと啖呵を切る。すると、立石らはさっきも同じ事を言って絡んできた中学生がいたと笑い出す。その頃、スキー場のリフトには新一と蘭の姿。平次の前に箕輪らに絡んだのは中学時代の新一だった。この後も平次はその中学生が新一だったと気付かずに話を続ける。こうして中学時代の平次と新一の推理合戦は始まったのだ…。 　３年前、平次は吹雪の中、リフトを調べに行こうとして和葉に止められる。そこにリフトを調べ終えた新一と蘭が戻ってくる。そんな平次の様子を母親の靜華がビデオで撮影。同様に有希子も新一を撮影していた。ホテルでは、大山らが吹雪を眺め、同じように吹雪いていた４年前の事件の日を思い出す…。当時、水上はスタントマンを辞め、俳優になろうと考えていたのだ。 　この後、吹雪が落ち着き、撮影が再開される事に。新一と蘭はリフトとゲレンデの距離が３メートルと近い場所が2カ所ある事を確認。その時、新一らはファンにせがまれ、プロ級のスキーの腕前を披露する箕輪を見かける。ゲレンデの撮影に向かうため、立石と三俣は一足先にリフトに乗り、大山、箕輪、片品、そして平次と和葉も後に続く。 　ゲレンデに降りた三俣はリフトから降りられず下へ戻る立石に声をかける。その時、パンという音が響く。上のリフト降り場にいた新一は大山の後ろのリフトに乗った箕輪が絶命している事に気付く。箕輪の身に４年前の水上と同じ事が起きてしまったのだ。山形県警は箕輪がこめかみを拳銃で撃って自殺したと判断。遺体の横のバッグには４年前と同じように雪がぎっしり詰まっていた。 この後、止められていたリフトが動き出し、平次が現場に到着。現場を調べた平次は３つの疑問点を挙げる。１つ目は箕輪がリフトに乗せていたストック。先に付いている輪のはめ方が２本共上下逆さになっていた。２つ目は箕輪が乗っていたリフトの座面右側の割れたような跡。平次は何かの細工に使われたと推理する。３つ目は箕輪の脇にあった布バッグが凍っている事。平次はこの３つの事を刑事に指摘する。すると、刑事は少し前に同じ３つの事を指摘した中学生がいた事を明かす。その中学生は一足先に現場を後にしたという。 　その頃、新一は下のリフト乗り場へ戻り、箕輪がリフトに乗った時の様子をビデオで撮影した人を捜す。静華が名乗り出ると、新一はビデオを見せてもらい、箕輪らがリフトに乗った順番を確認。そんな新一の姿を優作と有希子は双眼鏡で眺める。水上の事件をヒントに小説を書こうとしていた優作は、すでに犯人が誰かわかっていた。事件解決のカギは、もう１つの銀衣伝説にあった…。

　コナンは子供の頃の本堂瑛祐と父親が写っている写真を入手したと平次に電話で報告する。さらにコナンは西郡宗兵の友人から聞いた本堂の父親らの会話の内容も平次に伝え、２人は本堂の父親が黒ずくめの組織と何らかの関わりがあると睨む。平次は深入りしようとするコナンを心配する。電話後、コナンは中学時代の同級生のお見舞いに行くという蘭と園子と共に西米花病院へ向かう。 　見舞い後、園子は病院の廊下にいる本堂に気付く。本堂は水無怜奈の写真を手に看護師から話を聞いていた。本堂は怜奈が何処かの病院に入院中と感づいているのだ。園子は写真の女性を見て、アナウンサーの怜奈だと気付く。すると、本堂は怜奈とは別人だと否定し、10年前に家出した実姉だと説明する。 姉が看護師になると話していた事、ケガした本堂を姉がよく病院に運んだ事などから、本堂は姉が病院にいると考えていた。本堂によると、姉と本堂の血は皆に分け与える事ができるタイプ。家出前、姉は大ケガした本堂に大量の血を輸血してくれたという。コナンは本堂が本当に実姉を捜していると感じ取る。 　園子はその姉と怜奈が同一人物だと推理。すると、蘭は小五郎の友人に庵野という怜奈の大ファンがいる事と明かし、庵野が所有する怜奈のビデオを見て確かめようと提案する。昼食中、蘭は庵野の家に連絡を入れるが、電話に出た男性に間違い電話だと切られる。蘭は小五郎に番号を確かめ、間違いはないと判明。この後、蘭らは小五郎から教わった庵野の実家を訪ねる事に。 　応対した母親の光子は、さっきも庵野の家に電話をかけたばかりで、番号に変更はないと説明。光子は庵野が風邪を引き、予定していた旅行を取り止めた事も明かす。さらに昨日、庵野は携帯の番号が変わったと話していたという。この後、コナンは庵野が悩みを抱えている事を光子から聞き出す。庵野は新事業の資金を友人に持ち逃げされ、光子はこれからその資金を銀行に振り込みに行くという。話を聞いたコナンは庵野が何に巻き込まれているかに気付き…。

　コナンと蘭、園子、本堂は庵野に本堂の姉の写真を見せる。すると、庵野は怜奈の若い頃にしか見えないと断言。庵野が所有する古いビデオも確認する事に。そのビデオは怜奈が工場の爆発事故を報じる報道番組。そこには輸血のため、AB型の人を探す看護師にAB型だと申し出る怜奈の姿が映っていた。 　ビデオを確認した本堂は怜奈が自分の姉ではないときっぱり否定。その時、コナンは本堂と姉が皆に分け与える事ができるタイプの血液だった事を思い出し、本堂の血液は誰にでも輸血できるO型の可能性が高いと判断する。つまり、本堂の姉の血液もO型の可能性が高く、怜奈と姉は別人という事になる。 　この後、コナンは阿笠邸から杯戸中央病院にいるジョディに連絡し、本堂が病院に現れるかもしれないと報告する。続けて、コナンは怜奈と本堂の姉が別人だと説明。コナンは黒ずくめの組織が本堂の父親絡みの何らかの理由で怜奈を姉そっくりに整形したと睨んでいるのだ。電話の最後にコナンは怜奈の血液型をジョディに確認。ジョディはRH＋のAB型だと教える。 　電話を切った後、コナンは阿笠と灰原に状況を説明。コナンは本堂が怜奈を捜している理由を把握し、それを止めさせようと考える。怜奈に似た本堂は組織の目に留まりかねないからだ。後日、蘭と園子、小五郎が本堂と姉の事を毛利探偵事務所で話し合っていると、そこにコナンが帰宅してくる。その直後、蘭は前に本堂の血液型を聞いた事があると園子に報告する。 　その発言に驚いたコナンは本堂の血液型を蘭に確認。すると、トイレに入っていた本堂が現れ、自らO型だと明かす。皆が本当にO型かと確認すると、本堂は明日知り合いの家に母親の遺留品を取りに行くと説明。そこには母子手帳もあるらしく、一緒にくれば本堂の血液型を確かめられるという。偶然にも小五郎はその家から仕事の依頼を受けていた。１年前、一人息子が妙な殺され方をしたという。翌日、コナンは小五郎、本堂らと共にその家を訪ねるが…。

　小五郎、本堂、蘭と共に奥平邸を訪ねたコナン。小五郎への依頼は丁度１年前に息子の鍛吾が亡くなった事件を調べ直す事。父親の奥平角蔵（おくだいらかくぞう）は家の誰かが犯人と考えていた。事件当日、角蔵と妻の詠子（えいこ）、家政婦の田端菊代（たばたきくよ）、執事の瀬川旗郎（せがわはたろう）は夜７時から12時まで居間でビデオを観賞。鍛吾はその最中に家のプールで溺死。死亡推定時刻は夜９時から10時の間だという。 話を聞いた小五郎は家の者の犯行は不可能と考える。すると、角蔵は鍛吾が右手に白い手袋をはめた遺体写真を公開。その手袋は２年前の同じ日に車ごと崖から転落して死亡した前の執事である瀬川の兄が運転中にはめていたもの。鍛吾が溺死した３日後に自分の書斎から左手の手袋が見つかり、次は自分が狙われると疑心暗鬼になる角蔵。この後、小五郎らは居間を調べる事に。角蔵は小五郎らの案内を瀬川に命じ、菊代にはコーヒーのお代わりを注文する。さらに角蔵は書斎の整理を手伝わせるので詠子を呼んできて欲しいと瀬川に頼む。 　だが、詠子は口うるさい角蔵の手伝いを嫌がり、瀬川が鍛吾の車を手入れしてから角蔵の整理を手伝う事に。代わりに詠子が小五郎らを居間に案内。その際、詠子は鍛吾が前妻の息子だった事を明かす。この後、本堂が昔事故に遭った時の話題になり、お見舞いに行った詠子は姉がかなりの血を本堂に輸血していたと語る。話を聞いたコナンは本堂の姉と水無怜奈が別人だと判断する。 　居間を調べ終えたコナンはプールを見たいと頼む。そこにコーヒーのミルクを買い出しに行っていた菊代が現れる。雨が降っていたため、詠子は小五郎らをプールに案内して欲しいと菊代に頼み、代わりに自分がコーヒーを入れると発言。この後、高価な壺が割れる音が書斎から聞こえてくる。菊代と瀬川が書斎に向かうと、今度は「開けるな」という角蔵の叫び声が響き、コナンらも書斎へ駆けつけるが…。そこでは、角蔵がロープで首を吊って絶命していた…。

　角蔵の首吊り死体が発見され、目暮警部、高木刑事らが捜査にあたる。角蔵の足元には「黄泉からの殺人者」という本が置かれていた。表紙の「黄泉」という文字には、かなりの血が付着し、その下には平仮名の「こ」のような文字が血を垂らして書かれていた。目暮らはこれをダイニングメッセージと判断し、角蔵を殺害した犯人は家にいる誰かと推理する。 　この後、目暮は角蔵が首を吊る前のアリバイを確認。菊代はコーヒーに入れるミルクを近所のスーパーに買いに行ったと説明し、レシートを取り出す。詠子は角蔵にコーヒーを持って行こうとしたが、キッチンにコーヒーが見当たらなかったと証言。菊代はコーヒーをキッチンに置いたまま買い物に出たため、その間に誰かがコーヒーに睡眠薬を入れ、角蔵に持っていったのだ。 　小五郎は瀬川の事を疑うが、瀬川はガレージで鍛吾の車を手入れしていたと反論。その後、詠子らがいる応接室に入った時に壺が割れる音がしたという。皆が話をする中、コナンは机の上にメモ帳を発見。そこには今日のPM4時頃から眠りの小五郎推理ショーと書かれていた。角蔵は小五郎の推理を楽しみにしていたのだ。高木はこのメモ書きから自殺の可能性は極めて低いと判断する。 　さらにコナンはテーブル下のじゅうたんの濡れた跡に気付く。コーヒーのようだが、テーブルの上はきれいになっていた。書斎には本の山があり、届いたばかりの大判の本はドア付近に。これを見た本堂は犯人が大判の本をトリックに使ったと推理する。この後、本堂は大事な母親の写真をプールで転んだ時に落とした事に気付く。本堂らが見に行くと、写真はプールの底に落ちていた。 　ドジな本堂は写真に気付いた直後、雨に足を滑らせ、プールの中へ倒れてしまう。鍛吾と身長がほぼ同じだという本堂の眉毛の辺りにプールの水アカの線が残り、それを見たコナンは何かに気付く。さらに蘭と本堂のやりとりを見たコナンは残忍な殺人方法を使った犯人の正体を見破り…。

　コナンは本堂瑛祐の姉と水無怜奈が別人だった事を灰原に報告するが、本堂と怜奈が兄姉ではないという確信を持てずにいた。帰宅後、コナンは、冬休みに入ってから本堂と連絡が取れなくなった事を蘭に教えてもらう。冬休み前、本堂は杯戸中央病院で手掛かりを見つけたと話していたらしく、コナンは怜奈の入院先が本堂にバレたと考える。 　だが、本堂の言う手掛かりとは音信不通だった父親の事。本堂は父親の会社の仲間を見つけたらしく、父親も会社の人と姉の行方を捜しているかもしれないという。この後、コナンは阿笠邸にジョディを呼び、本堂が杯戸中央病院で父親の仲間を見つけた事を報告。ジョディは本堂の父親の仲間、つまりCIAが動いている事実に困惑した後、本堂の父親について調べた事を明かす。 　本堂の父親の本名はイーサン・本堂。日系２世のアメリカ人で、30年前にCIAに入った諜報員。その３年後にイーサンは日本で結婚し、黒ずくめの組織の情報を探っていたらしい。さらにジョディはイーサンが４年前に横浜の廃倉庫で殺害された事を告白。目撃したホームレスの証言によれば、イーサンが若い女性に拳銃で撃たれた後、女性の仲間と思われる黒ずくめの男性２人が現れたという。 　その男性２人の特徴を聞いたコナンはジンとウォッカの事を思い浮かべる。この後、ジョディはイーサンの事を調べたのはCIAの赤井だと告白。彼の情報がガセだった事は一度もないという。さらジョディは女性が怜奈と瓜二つだったというホームレスの証言を明かす。怜奈はCIAの事を調べるため、娘に成り済ましてイーサンに近づくが、正体がバレたために銃殺されたようだ。 　この後、コナンらは杯戸中央病院に行き、本堂と接触した看護師から話を聞く事に。移動の車内でコナンは蘭に連絡を入れ、本堂が父親の会社の仲間を見つけた時の詳しい状況を確認。蘭から本堂、父親に関する話を聞いたコナンは、病院に潜伏しているのはCIAではなく黒ずくめの組織と考えて…。

　杯戸中央病院の看護師、塩田まさ江（しおたまさえ）の話から黒ずくめの組織の仲間が患者として病院に潜伏している事が判明。その人物の入院時期は12月18日から21日の４日間に絞られる。さらに、まさ江は本堂瑛祐を別の病院で手術した事を思い出してコナンに教える。本堂は白血病だったらしく、大阪に引っ越す前に手術したという。話を聞いたコナンは本堂の胸の丸い傷跡を思い出す。 　この後、FBIのジェイムズは潜伏する組織の仲間を３人に絞り込んだと写真を見せながらコナン、ジョディ、赤井に報告。その３人とは、18日に右足骨折で入院した新木張太郎（しんきちょうたろう）、19日に頸椎捻挫で入院した楠田陸道（くすだりくみち）、21日に急性腰痛で入院した西矢忠吾（にしやちゅうご）。３人は個室を希望し、見舞い客は１人もいないという。 　赤井は怜奈が入院している事もFBIが匿っている事もバレていないと考える。バレていれば仲間が見舞い客を装って病院に現れるからだ。話を聞いたジョディは怜奈の病室へ行き、警護中のビルに３人の事を伝える。この後、コナンらが見守る中、院長は怜奈に意識があるかを確認。院長が昏睡状態と診断した後、ジェイムズらは３人の中から組織の仲間を割り出す方法を考える。 　だが、FBIが動けば組織にバレる危険が高い。するとコナンはある方法を思いついたと皆に伝える。コナンは別の部屋で説明すると言ってジョディ、ジェイムズ、赤井、さらに警護中のビルを病室の外へ誘う。この後、コナンは忘れ物を取りに部屋へ戻り、ベッドで眠る怜奈の様子を確認するが、直ぐに病室を出てドアを閉める。その時、怜奈はふっと薄目を開ける…。 　コナンはすぐにビルに病室へ戻ってもらった後、自分が直接３人に話を聞くとジョディらに伝える。子供なら相手も油断するからだ。コナンに小型ビデオカメラを取り付け、後でジョディらにも映像を確認してもらう事に。そして、コナンは３人との接触を無事に終え、ジョディらと映像を確認するが…。

　コナンは３人の容疑者と接触し、楠田が黒ずくめの組織の仲間と割り出す。だが、ジェイムズらはすぐに楠田を捕まえず、尻尾を出すまで様子を見る事に。そして夜、楠田はナースステーションに侵入し、怜奈の事を探るために写真撮影を行う。それを看護師の１人に目撃されるが、写真撮影した事へのお咎めはなし。楠田はこの行動を不審に思い、看護師に何者かと声をかける。 　その時、看護師の横から拳銃を持ったジョディと捜査官が姿を現す。ジョディらはFBIと名乗り、楠田を捕まえようとする。だが、楠田は小型プラスチック爆弾を取り出し、爆破すると脅しながら逃走。楠田は駐車場の車に乗って逃げ去るが、それに気付いた赤井が車で追跡する。ジェイムズは組織に連絡される前に楠田を確保しろと携帯電話で赤井に指示を出す。 　すると、赤井の車の座席下に隠れていたコナンが姿を現し、楠田の携帯を水に沈めておいたと伝える。それを知らない楠田は携帯が故障している事に慌てふためく。そして、楠田は運転しながら追跡してくる車に発砲。その際、楠田は追跡しているのが赤井だと気付き、その直後に拳銃で自殺してしまう。 　駆け付けたジョディは怜奈の居場所が組織にバレなかった事に一安心するが、赤井は組織に確実にバレると断言。楠田が定期的に潜入先の病院の調査報告を組織にしていれば、組織は連絡が途切れた杯戸中央病院が怪しいと考えるからだ。その頃、首都高速を運転中のウォッカは、杯戸中央病院にたくさんのFBIがいたと助手席のジン、後部席のベルモットに報告する。 　この後、ジンはキール（怜奈）を連れ出す方法を考えるウォッカに対し、次の手を打っていると報告。ジンは自分の頬骨を撃ったシルバーブレット（赤井）をこの件に乗じて処理しようと考え、ベルモットはもう１発のシルバーブレットであるコナン、新一の姿を思い浮かべる。その頃、赤井らは相談の末、怜奈を別の病院に移動せず、病院に乗り込んでくる組織を迎え撃つ事にするが…。

　赤井は捜査のために黒ずくめの組織に潜り込んだ過去があり、灰原の姉の宮野明美と恋人同士だった事が判明。その頃、姿を消した本堂は怜奈の病室を突き止める。この後、FBIを名乗るアンドレ・キャメルが病院に現れ、ジョディらと共にFBIの作戦会議に参加。ジェイムズは車３台を使って組織を攪乱しつつ怜奈を病院から連れ出す計画を伝える。これは何かあった時の最終手段だという。 　翌日、病院の近辺では、ほぼ同時刻にファミレスの集団食中毒、駅の異臭騒ぎ、映画館の火事という３つの事件が起きる。その頃、病院にジェイムズ宛の荷物が届く。荷物の依頼主は自殺した組織の仲間、楠田。中身はコロンバインという花の植木鉢で、コナンはこの花に「必ず手に入れる」「断固として勝つ」という花言葉がある事を皆に伝える。黒ずくめの組織はFBIに宣戦布告してきたのだ。 　この後、病院に３つの事件に巻き込まれたケガ人や病人が殺到。玄関口はFBIのチェックができない程、混乱してしまう。ジェイムズらは３つの事件を組織の仕業と推理。ジョディは、組織が事故の被害者を装った仲間を病院に紛れ込ませようとしていると考える。だが、組織が捕まるようなリスクを負う真似はしないと反論する赤井。赤井は組織に別の狙いがあると推理する。 　そんな中、コナンは植木鉢から音が聞こえる事に気付き、植木鉢を調べた赤井が時計と時限装置を発見する。ジョディらは植木鉢に爆弾が仕掛けられていると判断。だが、トラップだらけの爆弾の解体には時間がかかるため、赤井は人気のない場所に運ぶ事を勧める。爆発時刻の12時30分まで残りは31分強。ジョディは７キロ先のゴミ処理場に自分が爆弾を運ぶと申し出る。 　すると道に詳しいというキャメルがナビ役を買って出る。結局、ジョディはキャメルとゴミ処理場へ向かう事に。２人が病院を出た後、コナンと赤井は爆弾が気付かれやすいように設置されていた事、爆発時刻まで30分以上もあった事に疑問を抱く。ジェイムズは組織の真の狙いがわからず、頭を悩ませるが…。

　杯戸中央病院の患者たちに見舞い品を装った爆弾が送られてくる。爆発時刻の午後５時まではあと４時間。爆薬本体に刺さった信管を取り外せば爆発は解除できるという。病院に送られた爆弾は約60個。黒ずくめの組織が病院をケガ人、病人で溢れさせたのは、パニックに紛れて複数の宅配業者に大量の荷物を届けさせるためだったのだ。ジェイムズらは捜査官を総動員して爆弾の回収を行う。 　この後、ジョディが爆弾を回収していると、テレビに入院着姿の水無怜奈が映る。怜奈は明日から仕事復帰するとカメラに向かって報告。ジェイムズはティムから怜奈がTV出演している事を聞き、近くにいたコナン、赤井も驚く。怜奈の病室は捜査官３人が張り込んでいたが、ジェイムズはすぐに捜査官を怜奈の病室へ向かわせるように手配。だが、コナンは怜奈の病室に行くなと止める。 　ジョディは怜奈の病室に向かうと、そこには大勢の捜査官たちとベッドで眠る怜奈の姿。続いて、コナンと赤井も怜奈の病室に駆け付ける。赤井はFBIが組織に騙された事を皆に伝える。TVの映像は怜奈が昔、爆発事故に巻き込まれ、番組復帰した時の映像を合成処理したモノだった。組織の狙いは怜奈の病室にFBIを集める事。回収した爆弾に発信器が取り付けられていたのだ。 　通りを走る車の中では、ジンとウォッカがパソコンに映る病室の配置図を見て、怜奈の病室を第４病棟の307号室と特定する。組織に怜奈の病室がバレたと察したジェイムズは、車３台を使って組織を攪乱しつつ怜奈を病院から連れ出す作戦を実行すると捜査官に指示を出す。 すると、コナンは阿笠の小さな車に乗せて運ぼうと提案。大きな車で運ぶと思っている組織の裏をかこうという作戦だ。しかし、赤井は一般市民をこれ以上巻き込めないと断る。代わりに赤井はコナンの言葉から、ある妙策を思いつく。この後、怜奈を乗せた車を誰が運転するかが議題になり、名乗り出たキャメルが運転する事に。だが、ジョディはキャメルのある言葉が引っ掛かって…。

赤と黒のクラッシュ　遺言　FBIはバン３台を使い、赤井が思いついた作戦を実行。キャメルが運転する３号車のバンに水無怜奈を乗せ、作戦は成功するかに思えた。だが、ジンは３号車にキール（怜奈）が乗っていると判断。３号車にはFBIの２人しか乗っていないが、ジンは助手席に座っているのが怜奈だと見抜く。赤井は怜奈にサングラスをかけたり発信器を持たせたりしてFBIの捜査官に見せかけていたのだ。 　この後、組織の車１台とバイク４台は３号車の追跡を開始。気付かれたと察したキャメルは追跡を振り切ろうとする。その時、爆弾のケースがキャメルに振り下ろされ、３号車はガードレールにぶつかって止まる。そして白煙が上がった３号車の助手席から怜奈が降り立つ。FBIの無線でジンらが助けに来た事を知った怜奈は爆弾のケースでキャメルを殴り、サイドブレーキを引いたのだ。 　怜奈は２、３日前に意識を取り戻した事をベルモットに報告。そして、キャンティはジンに命令され、キャメルを始末しようとする。その時、ドーンという大音響と共に３号車が爆発。この後、野次馬が集まってきたため、ジンらはその場を後にする。すると、土手に身を潜めていたキャメルが携帯電話で作戦が成功した事を赤井に報告。赤井とコナンはわざと怜奈を組織に渡したのだ。 　この事実に驚きが隠せないジョディ。キャメルに運転テクニックをアピールさせたのも、組織に怜奈を奪還させたのも作戦の内。赤井はコナンと相談して組織がFBIを出し抜いたと錯覚させる作戦を考えたのだ。ジョディが気絶させられたのも予定通り。３号車の爆発は運転手が死んだと思わせる偽装で、キャメルはガードレールの切れ目に運転席のドアが来るように車を操作していた。 　ジェイムズは組織に繋がる唯一の人物である怜奈を相手に渡した事を不思議がる。すると、赤井は昨夜コナンの策略に乗り、怜奈とある契約を結んだ事を告白。昨夜、コナンと赤井は病院に隠れていた本堂を怜奈の病室に誘い出していた。そして、本堂が呼びかけると、怜奈は目を覚まして…。

　怜奈の正体はCIAの諜報員で、本堂の姉の瑛海（ひでみ）だった。本堂は幼い頃の骨髄移植によって血液型が変わっていたのだ。さらに怜奈が父親のイーサン本堂を殺害した時の真相も明らかに。イーサンは娘の怜奈を組織から守るため、自ら殺害される道を選んだのだ。そして、コナンと赤井が怜奈を再び組織に戻したのは色々探ってもらうためだった。 　この後、コナンと赤井は怜奈との契約内容をジェイムズらに報告する。怜奈は組織の情報をCIA本部に報告した後、FBIにも流すと約束。代わりに怜奈は本堂への証人保護プログラムの適用を赤井に提示したという。その頃、キール（怜奈）はジンらと車で移動。キールは病院がFBIに荷担していなかった事をジンらに伝え、病院に危害を加えないと約束させる。だが、ジンは今回の一件に疑問を抱き、簡単にキールを奪い返せたのには何か裏があると考えていた。 　後日、コナンは元太、歩美、光彦、阿笠博士、灰原とニュー米花ホテルのバイキングに向かう。途中、コナンは今回の一件を灰原に報告。灰原は子供の考えに耳を貸す切れ者の赤井に興味を持ち、会いたいと言い出すが、コナンはお茶を濁す。結果的に灰原の姉が殺害される原因を赤井が作ったからだ。 　コナンらがホテルに到着後、高木刑事がパトカーでやってくる。高木は殺人事件が起きた事をコナンに教える。殺害されたのはホテルの39階に事務所を構える外国人タレントプロダクションの社長、須内廉治（すのうち　れんじ）。事務所に戻った秘書が上半身の数カ所を拳銃で撃たれた須内を発見したという。 　この日、社長はタレントの卵と会う約束をしていたようだが、秘書は相手の顔も名前もわからないという。秘書から通報があったのは２、３分前で、犯行時刻はその１、２分前。犯行時刻から５分以上経過しているが、コナンは犯人がまだホテルの中にいると推理する。この後、目暮警部が秘書のイリーナ・パーマーから話を聞いていると、高木が怪しい外国人２人を連れてくる…。

　ニュー米花ホテルで外国人タレントプロダクションの社長、須内が殺害される。容疑者は屋上のレストラン街をうろついていたモデルのトビー・ケインズ、そのフロアのトイレに潜んでいた英語教師のハル・バックナー、そして階段を降りていたFBIのキャメルの３人に絞られる。この後、コナンから連絡を受けたジョディが到着。ジョディは任務の事が明かせないため、キャメルの恋人とウソをつき、日本から戻らない自分を心配してキャメルが来日したと誤魔化す。 　この後、千葉刑事は屋上にあるトイレの用具入れから、犯人のものと思われるレインコートと手袋、拳銃を発見。コートのサイズがピッタリ合うトビーが疑われる。だが、トビーは他の２人も無理すれば着られると反論し、秘書のイリーナも犯人の可能性があると主張。話を聞いた目暮警部はイリーナの証言の真偽を疑い始め、彼女も容疑者の1人に加える。 　須内の遺体を調べていたコナンは、何かを摘んでいたような形の右手に着目。すると、ジョディは机の上の千切った跡があるメモ用紙とペン軸に気付く。メモ用紙の端には僅かな血痕があり、うっすらと何かが書かれた跡も発見される。そして鑑定の結果、血液も筆跡も須内のものと判明。メモ用紙には「Bring my tux（私のタキシードを取って来てくれ）」と書かれていた。 　その頃、埠頭ではキール（水無怜奈）が携帯電話で誰かと仕事の話をしていた。そしてキールが電話を切ると、ジンがキールの背中に銃口をあてながら誰と話していたかを確認。キールはテレビ局の人事部長だと釈明。キールはアナウンサーを続ける事ができないと判断し、部長に仕事を辞めると伝えたのだ。この後、組織に疑われているキールはジンに用件を訊ねる。すると、ジンは疑いを晴らすために赤井秀一を消せという上からの命令をキールに伝える…。

　キールはジンに脅され、赤井に２人きりで会おうという連絡を入れる。赤井から事情を聞いたジェイムズは罠かもしれないと勘繰る。だが、赤井は罠の場合、行かなければキールが殺されると考え、キールと会う覚悟を決める。その頃、須内の殺害事件は捜査が停滞。待ち時間ができると、容疑者のハルは塾の授業に出たいと要求。イリーナもホテルのレセプションへ行きたいと言い出す。 　結局、目暮刑事は２人の要求を受け入れ、高木刑事がイリーナ、千葉刑事がハルに同行する事に。容疑者のトビーは殺人事件があっても仕事を優先する２人に呆れる。このやりとりを見たコナンは犯人がメモを持ち去った理由に気付き、「Bring　my　tux（私のタキシードを取って来てくれ）」と筆記体で書かれたメモの事を思い浮かべる。 　この後、コナンは携帯電話の調子が悪いというジョディに自分の携帯を貸す事に。その際、コナンは見た目で決めちゃダメだと意味深な発言。この一言によってジョディもメモの謎に気付かされる。すると、目暮が判りやすく説明してくれとコナンに頼む。コナンは新一に聞いた呪文と言い訳しながら、犯人を見抜く方法を目暮に説明。容疑者の人数分イスを用意し、ある呪文を言えば犯人がわかるという。 　その頃、赤井の携帯にキールから落ち合う時間と場所を伝えるメールが届く。２人が会うのは今夜19時、来葉峠の７つ目のカーブを抜けた先。メールを確認した赤井は車に乗り込み、杯戸中央病院を後にする。そして、ニュー米花ホテルの一室には容疑者のイリーナ、ハル、トビー、キャメルが集められる。目暮は容疑者４人にイスの前に立つように指示。そして、目暮がコナンに教わった呪文を言うと、１人を残して３人の容疑者がイスに腰を下ろし…。

　キールが来葉峠で待っていると、赤井が車に乗って逆方向からやってくる。赤井はキールが１人で来た確証を得るため、先回りして色々と探っていたという。キールは確証を得られたかと赤井に確認。そんなキールの首には小さな丸い穴が開いたバンドが巻かれていた。バンドにカメラが内蔵されているのだ。ジンとウォッカは駐車した車内でモニターに映る赤井の様子を見ていた。 　そんな中、赤井は高飛びを手助けする代わりに提供してくれる情報が何かをキールに訊ねる。その直後にドンという音と共にキールの銃口が火をふく。肺を撃ち抜かれた赤井は後ろを振り返って状況を察知。赤井は谷を越えた遠くの道路に停まっているジンの車に気付いたのだ。この後、ジンはとどめを刺せとキールに命令。キールが躊躇していると、ジンは頭を撃てと再び命令する。 　腹を括ったキールは銃口を赤井の額に向けて拳銃を撃つ。ジンは倒れ込んだ赤井を見て会心の笑みを浮かべる。その時、パトカーがサイレンを鳴らして走ってくる。近くで事故が起きたらしく、ジンは後始末して立ち去れとキールに指示を出す。キールは赤井の遺体の横にスイッチを入れた爆弾ケースを置き、車に乗ってその場を後にする。 　そして、パトカーが赤井の車に近づいた瞬間に爆弾が爆発。その頃、ジョディは赤井の携帯に連絡を入れ、繋がらない事を不審に思う。この後、ジョディは杯戸中央病院に行きたいと言っていたコナンに一緒に行こうと誘う。だが、コナンは不吉な13日の金曜日なので帰宅して寝ると誘いを断る。 　コナン、少年探偵団、阿笠博士と別れた後、ジョディは13日の金曜日という言葉を思い出し、不吉な予感を抱く。そして、病院に戻ったジョディは赤井がキールに会いに行った事をジェイムズから教えられる。この後、来葉峠で車が炎上し、遺体が発見されたニュースがテレビで流れる。事実を受け入れられないジョディは、遺体が赤井なのかを確認するため、警視庁へ向かうが…。

　事務所でくつろぐ小五郎はテレビを一瞥。テレビは格闘家の永作司朗（ながさくしろう）と女性タレントの結婚が間近に迫っている事を報じていた。この後、蘭はお母さんを迎えに行こうと小五郎に声をかける。蘭と小五郎は午後10時に妃英理と食事する約束をしているのだ。今、英理は事務所ではなく美容室にいるという。さらに蘭はコナンにも出掛ける支度をするように伝える。 　葉坂美容室の浴室では、美容師の葉坂皆代（はさかみなよ）が永作の髪をカットしようとしていた。皆代は永作の髪を切るのもこれが最後と決めていた。皆代は永作の元彼女で、この日も皆代は結婚を控える永作のために人目を避けて浴室でカットしているのだ。そして午後８時、予約していた英理の声が店から聞こえてくる。この後、皆代はお店へ行って英理のカットの準備を始める。 　一方、小五郎はコナン、蘭と車で美容室に向かう。美容室では英理のカラーリングが終了。カラーが定着するまで10分間かかり、その間に皆代はゴミ出しがてらコンビニに行く。そして小五郎らが美容室付近の坂道を登った時、ガツン、ドサッという音が鳴り響く。小五郎は車を急停車。外に出たコナンはガードレール越しに崖下を覗き込み、ゴミ置き場に倒れている男性を発見する。 　小五郎が警察に連絡しようとすると、今度はカラカラという音が鳴り響く。髪のセットを終えた英理が外の騒ぎに気付き、皆代と一緒に様子を見に行く事に。この後、現場に駆け付けた目暮警部、高木刑事は捜査を開始する。倒れていた男性は永作で、すでに絶命。死因は首の頸動脈切断による失血死だった。 　目暮は小五郎の話を踏まえ、何者かが永作の首を切った後、ガードレール越しにゴミ置き場に放り投げたと推理。永作の体重が90キロもあるため、目暮らは男性が犯人だと睨む。コナンは野次馬の中の皆代に声をかけ、近くに理髪店か美容室はないかと訊ねる。コナンは永作の首に血に混じった髪の毛の切れ端を発見したのだ。しかもコナンは皆代が美容師という事にもすでに気付き…。

　格闘家、永作司朗の遺体がゴミ置き場で発見され、近くで美容室を営む元恋人の美容師、葉坂皆代に疑惑の目が向けられる。だが、妃英理が皆代のアリバイを証言。犯行時刻、皆代は英理の髪を手入れしていて、そばを離れたのはほんのわずかな時間だけだったという。それでもコナンは皆代が犯人だと疑い、90キロもある永作の遺体を店からゴミ置き場へ移動させた方法を考える。 　この後、コナンは美容室の裏口に置かれた粗大ゴミと思しき机や椅子に気付く。分別された新聞、雑誌を見た蘭は、皆代の性格は几帳面だと察する。皆代はスクーターで細い裏道を通ってゴミ出しがてらコンビニに行った時の状況を目暮らに説明。続いて、皆代は目暮らをコンビニへ案内する。その時、コナンは近くの道路標識を一瞥し、ホコリが取れた柱に細い筋の跡を発見。柱の根元にはタバコの吸い殻やゴミが一箇所に丸く集まっていた。 　目暮はコンビニの店長に皆代の来店時間を確認。そしてレシートによって皆代の来店は午後８時28分と判明する。店長によれば、皆代が店に居たのは４、５分だという。さらに店長は皆代のスクーターの調子が悪いと証言。皆代はスクーターを手で押しながら来たという。店長の証言により、皆代が犯人の可能性は低くなる。そして、店長の話を聞いた英理は疑われている皆代を擁護する。 　だが、皆代を犯人と睨むコナンは、皆代の服に金髪の毛が付いているとウソをついて揺さぶり、動揺する姿を見て皆代が犯人だと確信。続いて、コナンは短時間に90キロもある永作の遺体を移動させたトリックを考える。その時、蘭はコナンが額にケガしている事に気付く。そのケガはガツン、ドサッという音に驚いた小五郎が車を急停車させた時にぶつけてできたものだった。コナンは急ブレーキした時の事を思い出して何かに気付く。すると、コナンは崖の上の道にあるガードレールを調べ、永作の遺体を移動させたトリックを見破る…。

　書店へ寄り道したコナン、少年探偵団、灰原は、病み上がりの本堂瑛祐、参考書を見に来た蘭、園子と偶然会う。そして店を出たコナンらを謎の男が尾行。コナンは本堂を監視するFBI捜査官が男の正体と推理する。この後、蘭、園子、コナンは本堂の復帰祝いをカラオケBOXで行う事に。コナンらがカラオケBOXの３号室に入ると、謎の男も後を追うように同じ店へ入店する。 　男は３号室に忘れ物をしたので、コナンらが退室したら声をかけてほしいと店員に頼み、５号室へ入る。コナンは曲を歌った後、本堂がいない事に気付く。蘭によれば本堂はトイレに行ったという。その時、２号室の本間恭太（ほんまきょうた）が間違えて３号室へ。間違いに気付いた本間は慌てて部屋を出ると、廊下で４号室の有元懇治（ありもとこんじ）にぶつかって転倒する。 　その様子を見ていたコナンらは、釣り竿ケースとクーラーBOXを持った玉井邦夫（たまいくにお）が受付している姿を見かける。そして本堂がトイレに行って30分が経過。本堂は具合を悪そうにして３号室に戻ってくる。この後、コナンらが退店しようとすると、５号室の方から店員の悲鳴が聞こえてくる。 　５号室では茂庭 巽（もにわたつみ）が頭から血を流して絶命していた。すぐにコナンは店内の間取りを確認する。５号室は廊下を曲がった先にあり、受付からは死角になっていた。そして廊下を曲がった先にはタバコの自動販売機、男女のトイレがあった。５号室に戻ったコナンは、茂庭が尾行していた男と気付き、トイレに長時間行っていた本堂が犯人なのかと勘ぐり始める。 　この後、目暮警部らが現場に到着。茂庭は頭部を鈍器のような物で何度も殴られ、顔には返り血を浴びないように上着が掛けられていた。鑑識課員は遺体の上着からカメラを発見し、目暮はフィルムの現像を手配。そして店員の証言により、被害者が入店後、誰も退店していない事が判明する。２号室の本間、４号室の有元、１号室の玉井が疑われるが、コナンは本堂が怪しいと睨み…。

　カラオケBOXの５号室で絶命した茂庭が発見される。被害者が入店後、誰も退店していないため、目暮警部、高木刑事は客の部屋を回り、事情聴取しながら凶器を探す。１号室の玉井は釣りの帰りにカラオケに立ち寄ったと説明する。玉井は釣り竿を流してしまい、クーラーBOXの魚はスーパーで購入。早く帰ると家族に怪しまれるため、カラオケで時間を潰していたという。 　２号室の本間は会社のカラオケ大会が近いため、１人で練習していたと説明。目暮がテーブルに置かれたタバコのカートンの事を聞くと、本間はヘビースモーカーだと明かす。蘭、園子、本堂のいる３号室も確認するが凶器らしい物は見つからない。続いて、４号室の有元は彼女とジム帰りに店に立ち寄ったと説明。テーブル上のペットボトルの飲料は不味くて１口しか飲んでいないという。 　結局、目暮らは全員の部屋、トイレを見て回るが凶器は発見できず仕舞い。その時、茂庭のカメラのフィルムを現像してきた千葉刑事が店にやってくる。その写真は本堂、園子らを写したものだった。写真を見た玉井、本間、有元は自分たちには関係ないと訴える。３人は茂庭の顔すら知らないという。この後、玉井はストーカーにつきまとわれた本堂が犯人と疑い出す。 　すると、園子が茂庭の目当ては自分だったと主張。どの写真も中心に写っていたのは園子だった。園子が写真を持ちながら抗議していると、１枚の写真が本間のパンパンになった靴の上に落ちてしまう。コナンはその写真を拾った後、茂庭がFBI捜査官ではないと察する。さらにコナンは思い出すように何かに気付く。そして、容疑者たちの会話をヒントに凶器のトリックを見破る。 　この後、目暮は死亡推定時刻を踏まえ、防犯カメラの映像を確認し、本間、本堂、有元、玉井の４人の中に必ず犯人がいると断言する。だが、本間、有元、玉井は凶器がないと身の潔白を訴える。すると、コナンは園子の声を借りて凶器があると反論。そしてコナンは園子に麻酔銃を発射し、解決劇を始める…。

コナンが少年探偵団、灰原と学校の下駄箱の所にいると、ジョディから携帯に連絡が入る。ジョディは水無怜奈から連絡があったとコナンに報告。組織のバーボンという切れ者がシェリー（灰原）の事を探っているという。この後、光彦は元太の下駄箱に仕事依頼の手紙を入れる少年に気付く。 少年は１年A組の杉浦開人（すぎうらかいと）。開人の父親は木馬荘というアパートの大家で、そのアパートの住人３人の中の１人が夜な夜な怪しげな行動をしているため、開人は何をやっているかを少年探偵団に突き止めて欲しいという。そしてコナンらは明日、土曜の昼に開人の家にお邪魔する事に。この時、開人はコナンの事を「クロシ…」と呼ぼうとして「江戸川君」と訂正する。 　翌日、コナンらは木馬荘を訪ねて呆然となる。木馬荘は火事で全焼していた。捜査を担当する弓長警部によれば、開人は少し火傷を負い、今は病院にいるという。開人の父親は大火傷を負って重傷。母親は友人と旅行中で、住人３人は外出中で無事だという。するとコナンは火事が起きた時間を確認し、弓長は深夜２時頃と時間を教える。この後、焼け跡から開人のノートが発見される。 　最後に日記が書かれたのは昨日。開人は住人３人を赤い人、白い人、黄色い人と記していた。日記によれば、昨日深夜に黄色い人が父親と口喧嘩していたという。その内容から元太は黄色い人が火を付けたと推理。この後、弓長は住人３人をコナンたちの前に連れてくる。その時、灰原は３人の鋭い視線に怯え出し、近くに黒ずくめの組織の連中がいるとコナンに告げる。 　そして３人が警察と話をするため、パトカーに戻ると、コナンは３人の事を弓長に質問。顔に絆創膏を貼った細井竜平（ほそいりゅうへい）は大工、メガネをかけた沖矢昴（おきやすばる）は大学院生、小太りの真壁吟也（まかべぎんや）はフリーターだという。日記の内容から黄色い人が犯人とわかるが、名前、服装、職業からは色を連想する事はできず、コナンは…。

　杉浦開人の父親が大家をしている木馬荘が全焼し、放火の容疑者は住人の細井竜平、沖矢昴、真壁吟也に絞られる。そんな中、コナンは開人の日記を解読。車好きの開人は住人の特徴から車を連想していたのだ。アパートの植物にホースで水をまいていた人物は消防車を連想して赤い人、よくケガをしてバンソウコウを携帯している人物は救急車を連想して白い人とあだ名をつけていた。 　そしてコナンは犯人である黄色い人と呼ばれる人物を推理する･･･。 この後、元太らが阿笠博士の話をしていると、沖矢が博士に会いたいと頼んでくる。そして一行は阿笠の家へ。沖矢は新しい住居が決まるまで住ませてほしいと阿笠に頼む。哀が嫌がると、コナンは新一の家が空いている提案。コナンはホームズファンに悪い人はいないと沖矢を信用し、沖矢は工藤邸を借りる事に。 　後日、コナン、光彦らは昼休みに紙飛行機のニュースについて話す。一昨日、昨日の２日間で100機近くの紙飛行機が都内で回収されたという。その頃、蘭は掃除をするため、園子と共に工藤邸を訪ねていた。するとそこで家を借りていた沖矢と遭遇してしまう。何も聞いていない蘭らは沖矢を泥棒と勘違いするが、すぐに誤解は解ける。そして、会話をしていると東都大学に通う沖矢には、探偵のような推理力があると判明する。 　園子は新一よりも探偵として上だと主張し、沖矢と新一を勝負させようと蘭に提案する。園子が２人を対決させるために選んだのは紙飛行機の事件。早速、蘭は園子の家の庭に落ちていた紙飛行機の現物の写真を新一（コナン）の携帯にメールし、園子も現物の紙飛行機を沖矢に見せる。コナン（新一）も沖矢もすぐに紙飛行機が意味するものはSOSと推理し、２人の推理対決が始まる…。

　新一（コナン）と沖矢の推理対決が始まり、２人とも紙飛行機はSOSを意味すると解読する。紙飛行機にはモールス信号の符号でSOSと書かれていたのだ。コナンは新一として、他の紙飛行機の画像が欲しいというメールを蘭に返信。蘭は新一に自分の事は話すなと頼まれ、沖矢にメールの相手は金一というクラスメイトだとウソをつく。この後、園子は工藤邸に来る前に立ち寄った飲食店の看板に紙飛行機がひっかかっていた事を思い出し、蘭と取りに行く事に。 　そして授業中のコナンに蘭から次のメールが届く。メールに貼付された昨日の紙飛行機は一昨日のモノとは模様が異なり、コナンは新しい模様を携帯のアンテナマークと解読。同じ頃、沖矢も紙飛行機を飛ばした人は電波の届かない場所に囚われていると推理する。この後、テレビで逃走中の誘拐犯がビルから投身自殺した事が報じられる。誘拐された造船会社社長、代田の行方はわかっていないという。沖矢は監禁されたその社長が犯人の目を盗んで紙飛行機を飛ばしていると推理する。 　さらにテレビは紙飛行機の続報を伝え、沖矢は今朝発見された紙飛行機の解読に取りかかる。その頃、コナンも携帯の電波が届かない場所に監禁された社長が飛行機を飛ばしていると推理。社長は監禁されたまま放置されている可能性が高く、コナンは飲まず食わずの状態なら社長の身が危険だと考える。そして、コナンにも今朝の紙飛行機の画像が蘭から送られる。この後、コナンと沖矢は画像を頼りに社長が飛ばしたイカ型紙飛行機を作る。 　紙飛行機には和文のモールス符号で「べ」と記されていた。二人はその暗号が記されたイカ型飛行機から監禁されている社長の居場所を絞り込むことに成功する。コナンは新一として社長が監禁されている場所を蘭に伝え、蘭は単身そこに向かうのだが･･･

　小五郎は雑誌の企画で人気占い師、紫條麗華（しじょうれいか）と対談。場所は麗華の屋敷で行われ、編集者の田村雅生（たむらまさお）、星空出版社長の葛城健輔（かつらぎけんすけ）も対談に立ち会う。コナンと蘭もその様子を見学する。途中、家政婦兼内弟子の白石優華（しらいしゆうか）はテレビ局から電話がかかってきた事を伝えるが、麗華は仕事中だと電話に出ない。 　対談後、優華は紅茶とケーキを皆に持ってくるが、麗華は紅茶が渋いと小言を言う。その時、玄関のチャイムが鳴り、女優の緑川（みどりかわ）くららがやってくる。この日はくららが麗華に占ってもらう日だった。だが、麗華は小五郎の事を占うので、少し待って欲しいとくららに頼む。すると、くららはその前に話があると麗華の２人きりに。くららは支払いを待って欲しいと麗華に懇願。麗華は秘密をバラせば人気はガタ落ちになるとくららを脅す。さらに麗華は弱みを持つ金持ちを紹介すれば許してあげるとくららに告げる。 　この後、麗華は小五郎の宿命を見るため、１時間ほど２階の自室に１人でこもる事に。蘭はそんな麗華を呼び止め占って欲しい事があると頼む。麗華は時間ができたら連絡すると約束した後、星座表の模様が描かれたキーホルダーを鍵から外し、お守り代わりだと蘭に手渡す。この後、コナンは葛城と優華の会話を偶然耳にする。優華が書く予定だった雑誌の連載が麗華の意見によって中止になったという。優華は麗華が自分を嫌っていると思って落ち込む。 　夕方、コナンは裏庭から空を眺め、ベランダの手すりや屋根の上を歩き回るルリビタキという青い鳥を見つける。そして夜、蘭は夕飯の準備ができたと麗華の自室に声をかけるが麗華から返事は帰ってこない。心配したコナン、小五郎、葛城、田村はベランダから部屋の中を確認し、胸にナイフが突き刺さり、血を流して倒れている麗華を発見。葛城は屋根にはい上がり、天窓のステンドグラスを足で踏み破って部屋に入るが、すでに麗華は絶命していた…。

　番組制作会社社長、染井彰吾（そめいしょうご）と社員の久住舞子（くずみまいこ）は毛利探偵事務所を訪ね、小五郎に番組出演を依頼。探偵に24時間密着する番組を制作したいという。小五郎はいい返事をしないが、沖野ヨーコがナレーションを務めると聞いて出演を快諾。後日、東都TVのプロデューサー、中目頼策（なかめらいさく）の自宅でヨーコも交えて打ち合わせをする事に。 事務所を後にした染井は中目に電話をかけ、小五郎が出演をOKした事を報告。すると、中目はキックバックの話を切り出す。中目は染井に制作費を水増し請求させ、浮いた金を自分に回そうと企んでいた。だが、染井はすでに断った話だと中目の悪巧みを拒否。すると、中目は仕事を頼まないような口ぶりになり、別の話を切り出す。中目は舞子を気に入っており、自分の秘書にしたいと要求。中目は小五郎が自宅に来た時に詳しく話そうと言って電話を切る。 　打ち合わせ当日。雨が降る中、小五郎はコナン、蘭と共に中目の自宅マンション前で染井、ヨーコが来るのを待つ。そして集合時間から30分以上過ぎた午後７時30分頃、染井が車に乗ってやってくる。コナンは染井の上着がかなり濡れている事を不思議に思う。ヨーコは都合が悪くなって来られないという。 自宅前に到着後、染井は呼び鈴を鳴らすが返事はなし。すると、染井は何かあったかもしれないと小五郎に打ち明ける。最近、中目は立ち上げた番組のヤラセ問題に責任を感じ、死にたいと漏らしていたという。染井は管理人を呼び、鍵を借りて家の中へ。染井はリビング、小五郎は書斎を調べる事に。 この後、染井が中目を呼ぶ声が聞こえてくる。コナンがリビングへ向かうと、染井が倒れた中目を揺すっていた。テーブルには倒れたコーヒーカップと手付かずのケーキ、床にはこぼれたコーヒーの染みができていた。小五郎はコーヒーに青酸系の毒物が混入されていたと睨む。中目は絶命しているのだ。コナンはコーヒーカップを調べ、中目は自殺ではなく、殺されたと推理して…。

　東都TVのプロデューサー、中目が密室の自宅で毒殺される。殺害時、室内に誰かがいた事も判明し、事件は謎を深める。目暮警部は染井を犯人と疑い、高木刑事は話を聞くため、染井の制作会社に連絡する。社員によれば、ここ２、３日体調が悪かった染井は仕事を休んでいたらしく、小五郎に密着する番組が中止になっていた事も判明する。さらにその社員はこの日の夕方６時半に会社近くの薬局で染井を目撃。その時刻は中目が殺害された時刻だった。 　高木はすぐに薬局に連絡を入れ、店員は染井が来店した時、小五郎から染井の携帯に連絡があったと証言。その前に舞子という女性からも連絡があったという。話を聞いたコナンは染井の部下、舞子を思い浮かべる。その時、コナンはテーブルのケーキに入った切れ目を発見。続いてコナンは植木鉢から漂うコーヒーの香りに気づき、染井が真っ先にこの部屋に入った目的を確信する。 　そこへベランダを調べていた小五郎と目暮が戻ってくる。小五郎によれば、ベランダに出る窓の鍵は閉まっていたという。コナンは窓が閉まっていたのにカーテンの下が湿っている事に疑問を抱き、染井の上着が濡れていた事も思い出す。中目の部屋に20階にあり、隣のベランダに行ったり下に降りたりする事は不可能。コナンはこの状況から１つの結論を導き出す。 　この後、高木が制作会社社員の話を目暮に報告していると、コナンはケーキを食べたいと言い出し、ケーキに切れ目がある事、植木鉢にコーヒーがかけられている事を何気なく皆に伝える。話を聞いた高木はテーブル上の本当の配置を推理。本当はテーブルにケーキとコーヒーが２セット用意されていたのだ。 　さらにコナンはフォークが１つ足りない事も指摘する。すると、染井は観念したのか、フォークをポケットから取り出し、自分が中目を殺害したと自白する。だが、染井は犯行時刻に薬局で目撃されており、染井が犯人ではつじつまが合わない。すると、コナンは小五郎の声を借りて事件の真相を暴く！

園子の叔父で鈴木財閥相談役の次郎吉は部下たちを怒鳴りつける。次郎吉は怪盗キッドから宝を守る計画を部下たちに考えさせたが、納得いくものがなかったのだ。次郎吉は伝説のミュール、紫紅の爪（パープルネイル）を餌にキッドを捕まえようと考えていた。この後、次郎吉は部下との会話からキッドが高い所ばかりに出没する事を思い出し、ある名案を思いつく…。 　そして、舞台は東京・銀座へ。上空にはヘリコプター２機が上昇し、交差点の真ん中にはミュールを置いた展示台とそれを囲む警備員４人の姿。その周囲をコナン、蘭、小五郎、園子を含む大観衆が取り巻いている。中森警部は隙だらけの展示場所ではキッドの餌食になると次郎吉に詰め寄る。だが次郎吉はキッドの翼をもぐため、あえてハングライダーで飛び立てない地上を選んだのだ。この日、次郎吉は朝刊にキッドへの挑戦状を掲載していた…。 　この後、次郎吉がスタッフのいる車へ移動すると、上空にハングライダーに乗ったキッドが出現。交差点角のデパート屋上では日売TVがその様子を実況していた。キッドは煙を吹いてボンと破裂。煙が薄れると、キッドは展示台の上に降り立っていた。皆はキッドが飛び降りたと驚くが、コナンはラジコンで飛ばしたダミーを爆発させた事を見破る。キッドは皆の目が奪われている隙に群衆の中から展示台に飛び乗ったのだ。 　ファンの歓声が響き渡る中、キッドは時間なくて予告状を出せなかった事を謝罪する。その時、次郎吉は指示を出し、スタッフが４つのスイッチをオン。すると、地面に長く伸びた袋状のモノから網が飛び出し、交差点を四角く囲い込む。網の高さは約20メートルあり、脱出は困難。次郎吉は勝利を確信して高笑いする。だが、キッドはミュールを奪い、こうなる事は想定済みだと微笑む。そしてリポーターが脱出法を聞くと、キッドはテレポーテーションと宣言する。 　この後、中森はキッドに飛びかかり、警備員もキッドのマントに手を伸ばす。が、キッドは一瞬早く煙を出して姿を消してしまう。コナンは群衆に紛れ込んだと推理。次郎吉はダミーのミュールに付けた発信器の位置をスタッフに確認し、網付近の警備を固める。すると、キッドのカードが上空からコナンの足元に落ちてくる。カードには発信器が貼り付けられ、裏には「Three」の文字。さらに「Two」「One」というカードが連続して空から落ちてくる。 　すると、デパートの電光掲示板の前で煙が上がり、煙の中からキッドが現れる。キッドは宣言通り、デパートの屋上に瞬間移動していた。ミュールの片方がダミーだと気付いたキッドは明晩この場所にもう片方の本物を用意して欲しいとTVカメラを通して次郎吉に訴える。この後、キッドは屋上からハングライダーを使って空へ。コナンはサッカーボールを蹴り、キッドのモノクルを弾き飛ばす。キッドは地上のコナンに気付くが、そのまま飛び去っていく。 　次郎吉邸の執務室に集まったコナン、次郎吉、中森、小五郎、蘭、園子。次郎吉はキッドが瞬時移動したトリックを考える。次郎吉は交差点の四隅のビルを１日借り切り、出入り口を全て封鎖しており、エレベーターでの移動は不可能だった。コナンはキッドが仲間と連携してミュールだけ屋上に持っていったと推理。だが、次郎吉はこの推理を否定し、警備員の１人を部屋に呼ぶ。 その警備員はキッドが消える直前に群衆が殺到した時、群衆の１人が持っていたハンバーガーのケチャップが手に付着したという。警備員はその手でキッドのマントを掴んだらしく、次郎吉は屋上にキッドが現れた時の映像を流す。マントには赤い手形がついていた。つまり、地上と屋上のキッドは同一人物。キッドは20秒足らずで地上から30メートル上の屋上へ瞬間移動したのだ。 　翌朝、少年探偵団はキッドの話題で持ちきり。コナンは瞬間移動のトリックを暴くと目を輝かせる。そして夕方…。銀座の交差点のミュールが置かれた展示台は、すでに四角い網で仕切られ、その中には機動隊員の姿。次郎吉はTV局も閉め出し、中森とも協力し、なりふり構わずキッドを捕らえようとしていた。　この後、黒い革ジャンの男が奇妙な銃を発砲し、カードが付いたパラシュートが出てくる。そこからキッドの音声が流れ、今夜のマジックショーの中止を伝える。間近で観る観客もTVカメラもないのでテンションが上がらないという。 　中森は群衆に紛れ込んだキッドを捜せと機動隊員に指示。コナンは昨晩の事を振り返るが、カード３枚を放ちながらビルの中に入ったり隠れたりする事は不可能。コナンは姿を隠さず、誰にも気付かれずに短時間で屋上へ移動したトリックを考える。この後、群衆に紛れたキッドは皆を扇動し、群衆は網の中へなだれ込む。さらにTV局スタッフの要求が通り、屋上からのTV中継も再開される。コナンはこの状況にしないと出来ないトリックだと睨む。その時、コナンの後頭部に銃が突きつけられる。それは帽子を被ったキッドだった…。 　だが、コナンはオモチャの銃と気付いて全く怯まない。すると、キッドはサーストンの法則の事をコナンに質問。それはマジックでやってはいけない３つのタブーの話。同じマジックを繰り返すと、見破られる危険性は高まるが、キッドはそのタブーを犯しても見破られなければ最高の奇術になると自信をみせる。この後、キッドは再び銃を発砲し、ショーを開演する事を宣言。群衆から大歓声が巻き起こる。TV局はキッドが現れるまで昨夜のVTRを放送。コナンは瞬間移動の時の映像を見て何か重要な事に気付く。VTRに映るデパートの電光掲示板には下から上へと「大好きな女性大募集」という文字が流れていた…。

　小五郎はコナン、蘭と長野県にある虎田家の屋敷を訪ね、当主の虎田直信（とらだなおのぶ）から転落死した跡取り息子の義郎（よしろう）の話を聞く。義郎は竜巻に遭って岩場に落下し、遺体は丸１日経ってから発見されたという。遺体写真には死んだムカデの姿。ムカデは血が乾く前に置かれたらしく、誰かが瀕死の義郎を見殺しにしたというのだ。遺体を発見したのは次男の繁次（しげつぐ）。コナンが犯人の心当たりを聞くと、直信の妻、達栄（たつえ）は虎田家と長年いがみ合う龍尾家の中に犯人はいると訴える。 　一方、龍尾家の屋敷では、平次と和葉が当主の龍尾為史（たつおためふみ）から亡くなった息子の康司（こうじ）の話を聞いていた。康司は身体を縛られた上に頭を鈍器で何度も殴られて撲殺され、血が乾く前にムカデの死骸を置かれたという。為史の母、盛代（しげよ）は義郎の死を龍尾家のせいだと逆恨みした虎田家の誰かの仕業だと訴える。遺体はもう１人の息子、景（あきら）が流鏑馬の練習の帰りに発見したという。 　この後、小五郎らは、裏の林で妻の綾華（あやか）が見守る中、次の祭りに向けて流鏑馬の練習に励む景から話を聞く。この際、景は大阪弁の少年探偵にも話を聞かれた事を明かし、コナンと蘭は平次の事を思い浮かべる。その頃、平次と和葉は虎田家を訪ね、繁次に話を聞いていた。平次も繁次から武将と同じ名前の探偵の話を教えられ、小五郎やコナンを思い浮かべる。この後、６年前に事故死した甲斐玄人（かいくろと）の話に。前年まで祭りで流鏑馬の射手を任されていた甲斐は練習中に崖から転落したという。 　平次と和葉は、甲斐の遺体を発見した義郎の妻、由衣（ゆい）に話を聞くため、馬小屋へ向かう。馬小屋では、長野県警刑事の大和敢助（やまとかんすけ）がすでに由衣を尋問していて、後から小五郎らもやってくる。蘭と和葉は再会を喜び、平次もコナンとの再会に笑顔を見せる。敢助は６年前、甲斐の遺体のそばにムカデの死骸があったかを確認し、由衣はなかったと証言する。 　この後、小五郎らは義郎、康司の事件を整理する。共通するのは発見者が身内という点。由衣は６年前の事件と義郎の事件も見殺しにされた点では共通していると主張する。甲斐の死因は餓死で、発見されたのは転落して１週間後。村の交番の巡査だった甲斐は皆に慕われ、村中で必死に捜索したが、落ち葉に埋もれて発見が遅れたという。繁次は、義郎の時は夜明けから捜し始めたと振り返る。だが由衣は穴へ行く途中で偶然見つけたはずと指摘し、繁次は慌てて訂正。小五郎が穴の事を訊くと、宝探しをしている繁次はその穴だと明かす。 　由衣は生前、義郎と康司がよく密談していたと告白。２人は敢助に会いに行くと話していたという。虎田家の人が密談の内容を知らなかったため、コナン、平次、小五郎は龍尾家の人に話を聞きに行く。だが、為史は密談している事すら知らなかった。ただ、康司は義郎が亡くなった後、何かに怯えていたという。コナンは両家がいがみ合う理由を質問するが、盛代は理由を忘れていた。両家のしがらみは薄れ、景は自分や綾華、義郎、繁次が仲良くしていた事を明かす。 　綾華によれば、甲斐はその年の祭りで的を外し、そのショックで自ら崖から落ちたという噂もあるという。この後、雨が降り出し、コナン、平次らは龍尾家の屋敷に泊まる事になり、虎田家に残っていた蘭と和葉は就寝。だが、和葉は床がきしむ音に気付いて蘭を起こす。すると２、３度、稲妻が閃き、その度に鎧武者の影が障子に映る。蘭と和葉は鎧武者の影に絶叫する。 　翌朝、コナン、平次、小五郎は綾華と共に虎田家へ。綾華は虎田家に景が使っている馬を借りているという。一行が虎田家に到着すると、蘭らが達栄に鎧武者を見たと話していた。蘭は兜にフサフサした毛が付いていたと言い、平次はその兜が武田信玄の諏訪法性の兜だと気付く。信玄の兜の話になると、綾華は急に怯え始め、トイレの中へ駆け込む。綾華はトイレにこもってしまい、直信から連絡を受けた景と盛代が迎えに来�